seq1 = pF1KE0608.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KE0608/gi568815596r_157315680.tfa (gi568815596r:157315680_157544020), 228341 bp

>pF1KE0608 1077
>gi568815596r:157315680_157544020 (Chr2)

(complement)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-224  (109274-109323)   100% ->
225-279  (109597-109651)   100% ->
280-382  (113059-113161)   100% ->
383-476  (113369-113462)   100% ->
477-546  (116601-116670)   100% ->
547-613  (125432-125498)   100% ->
614-1077  (127878-128341)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTTACAAAGGCTCCTGCAACACAGCAGCAATGGCAATTTGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTTACAAAGGCTCCTGCAACACAGCAGCAATGGCAATTTGGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTGCGCTGGGCCAGCGTATAGCTCTTACTCCACACTCACCGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTGCGCTGGGCCAGCGTATAGCTCTTACTCCACACTCACCGGCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTACGATGGACGATAATAGAAGGATTCAAATGCTAGCAGACACGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTACGATGGACGATAATAGAAGGATTCAAATGCTAGCAGACACGGTGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTCTGCCTCGGGGACGAAAGCAG         CTTGCTTTGACCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 ACTCTGCCTCGGGGACGAAAGCAGGTA...CAGCTTGCTTTGACCAGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTTCTTTAAGTGACTTTTCCTGGTCTCAAAG         AAAGCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109291 AAGTTCTTTAAGTGACTTTTCCTGGTCTCAAAGGTA...CAGAAAGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTACTGTGGAGAAGCAGGATAATGAAACATTTGGATTTGAAATTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109605 TTACTGTGGAGAAGCAGGATAATGAAACATTTGGATTTGAAATTCAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       TCTTACAGGCCCCAGAATCAGAATGCCTGCTCCTCGGAAATGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109655 ...CAGTCTTACAGGCCCCAGAATCAGAATGCCTGCTCCTCGGAAATGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACTTTGATATGCAAAATACAGGAGGACAGCCCAGCTCACTGTGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113103 CACTTTGATATGCAAAATACAGGAGGACAGCCCAGCTCACTGTGCTGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCAAGCTG         GTGATGTCCTTGCAAATATCAATGGTGTGAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113153 TGCAAGCTGGTA...CAGGTGATGTCCTTGCAAATATCAATGGTGTGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACAGAAGGTTTTACCTACAAACAAGTCGTTGACCTGATCAGATCGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113401 ACAGAAGGTTTTACCTACAAACAAGTCGTTGACCTGATCAGATCGTCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAACCTGCTAAC         GATAGAGACTCTTAATGGAACAATGATTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113451 AAACCTGCTAACGTA...CAGGATAGAGACTCTTAATGGAACAATGATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAAAGAACGGAGCTTGAAGCAAAGCTGCAGGTTTTAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116630 TGAAAAGAACGGAGCTTGAAGCAAAGCTGCAGGTTTTAAAGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAAACTTTGAAACAAAAATGGGTGGAGTACAGATCTCTGCAGTTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125432 CAAACTTTGAAACAAAAATGGGTGGAGTACAGATCTCTGCAGTTACAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACATCGTCTGCTTCATG         GTGATGCAGCTAATTGCCCCAGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125482 ACATCGTCTGCTTCATGGTA...TAGGTGATGCAGCTAATTGCCCCAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGAAAACATGGACTTGGATGAATTGTCTTTGTTTGGACCCCTGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127902 TGGAAAACATGGACTTGGATGAATTGTCTTTGTTTGGACCCCTGCCTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCAGGCCCAGCCCTTGTGGACCGGAATCGATTATCCAGTGAGAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127952 CCAGGCCCAGCCCTTGTGGACCGGAATCGATTATCCAGTGAGAGCAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAAGAGCTGGCTGAGCTCCATGACGATGGACAGTGAAGATGGCTACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128002 TAAGAGCTGGCTGAGCTCCATGACGATGGACAGTGAAGATGGCTACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CGTGTGTGTCTGAGGACTCCAGCAGGGGTGCCTTCAGTCGGCAGACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128052 CGTGTGTGTCTGAGGACTCCAGCAGGGGTGCCTTCAGTCGGCAGACGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACAGATGATGAGTGCTTTATCCCCAAGGAGGGGGATGATTTTCTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128102 ACAGATGATGAGTGCTTTATCCCCAAGGAGGGGGATGATTTTCTGAGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTCATCTTCAAGGAGGAACCGGAGCATCAGTAACACCAGCAGCGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128152 GTCATCTTCAAGGAGGAACCGGAGCATCAGTAACACCAGCAGCGGATCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTCTCCCTTGTGGGAGGGCAACTTATCAAGCATGTTTGGGACCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128202 TGTCTCCCTTGTGGGAGGGCAACTTATCAAGCATGTTTGGGACCCTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGGAAGAGCAGAAAGGGAAGTGTCCGAAAGCAACTCTTGAAATTTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128252 CGGAAGAGCAGAAAGGGAAGTGTCCGAAAGCAACTCTTGAAATTTATCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGGCCTTCATCGTGCTGTGGAAGAGGAAGAAAGTCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128302 TGGCCTTCATCGTGCTGTGGAAGAGGAAGAAAGTCGCTTT