seq1 = pF1KE0606.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE0606/gi568815596f_132317043.tfa (gi568815596f:132317043_132745603), 428561 bp

>pF1KE0606 1359
>gi568815596f:132317043_132745603 (Chr2)

1-856  (100001-100856)   100% ->
857-1359  (328059-328561)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCACCCAGCCTCCCGGGCAGTGACTGCTCCCAAATCATTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCACCCAGCCTCCCGGGCAGTGACTGCTCCCAAATCATTGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTCATGTCCCCGAGTTTGAGGTGGCCACCTGGATCAAAATCACCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTCATGTCCCCGAGTTTGAGGTGGCCACCTGGATCAAAATCACCCTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGGTGTACCTGATCATCTTCGTGATGGGCCTTCTGGGGAACAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGGTGTACCTGATCATCTTCGTGATGGGCCTTCTGGGGAACAGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCATTCGGGTCACCCAGGTGCTGCAGAAGAAAGGATACTTGCAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCATTCGGGTCACCCAGGTGCTGCAGAAGAAAGGATACTTGCAGAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGACAGACCACATGGTGAGTTTGGCTTGCTCGGACATCTTGGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGACAGACCACATGGTGAGTTTGGCTTGCTCGGACATCTTGGTGTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATCGGCATGCCCATGGAGTTCTACAGCATCATCTGGAATCCCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCATCGGCATGCCCATGGAGTTCTACAGCATCATCTGGAATCCCCTGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACGTCCAGCTACACCCTGTCCTGCAAGCTGCACACTTTCCTCTTCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACGTCCAGCTACACCCTGTCCTGCAAGCTGCACACTTTCCTCTTCGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCAGCTACGCTACGCTGCTGCACGTGCTGACACTCAGCTTTGAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGCAGCTACGCTACGCTGCTGCACGTGCTGACACTCAGCTTTGAGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACATCGCCATCTGTCACCCCTTCAGGTACAAGGCTGTGTCGGGACCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACATCGCCATCTGTCACCCCTTCAGGTACAAGGCTGTGTCGGGACCTTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGTGAAGCTGCTGATTGGCTTCGTCTGGGTCACCTCCGCCCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGTGAAGCTGCTGATTGGCTTCGTCTGGGTCACCTCCGCCCTGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTGCCCTTGCTGTTTGCCATGGGTACTGAGTACCCCCTGGTGAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTGCCCTTGCTGTTTGCCATGGGTACTGAGTACCCCCTGGTGAACGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAGCCACCGGGGTCTCACTTGCAACCGCTCCAGCACCCGCCACCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAGCCACCGGGGTCTCACTTGCAACCGCTCCAGCACCCGCCACCACGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGCCCGAGACCTCCAATATGTCCATCTGTACCAACCTCTCCAGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGCCCGAGACCTCCAATATGTCCATCTGTACCAACCTCTCCAGCCGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GACCGTGTTCCAGTCCAGCATCTTCGGCGCCTTCGTGGTCTACCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GACCGTGTTCCAGTCCAGCATCTTCGGCGCCTTCGTGGTCTACCTCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCTGCTCTCCGTAGCCTTCATGTGCTGGAACATGATGCAGGTGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCTGCTCTCCGTAGCCTTCATGTGCTGGAACATGATGCAGGTGCTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAAAGCCAGAAGGGCTCGCTGGCCGGGGGCACGCGGCCTCCGCAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAAAGCCAGAAGGGCTCGCTGGCCGGGGGCACGCGGCCTCCGCAGCTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAAGTCCGAGAGCGAAGAGAGCAGGACCGCCAGGAGGCAGACCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAAGTCCGAGAGCGAAGAGAGCAGGACCGCCAGGAGGCAGACCATCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCTGA         GGCTGATTGTTGTGACATTGGCCGTATGCTGGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCTGAGTG...CAGGGCTGATTGTTGTGACATTGGCCGTATGCTGGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCCAACCAGATTCGGAGGATCATGGCTGCGGCCAAACCCAAGCACGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328094 CCCAACCAGATTCGGAGGATCATGGCTGCGGCCAAACCCAAGCACGACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GACGAGGTCCTACTTCCGGGCGTACATGATCCTCCTCCCCTTCTCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328144 GACGAGGTCCTACTTCCGGGCGTACATGATCCTCCTCCCCTTCTCGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CGTTTTTCTACCTCAGCTCGGTCATCAACCCGCTCCTGTACACGGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328194 CGTTTTTCTACCTCAGCTCGGTCATCAACCCGCTCCTGTACACGGTGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TCGCAGCAGTTTCGGCGGGTGTTCGTGCAGGTGCTGTGCTGCCGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328244 TCGCAGCAGTTTCGGCGGGTGTTCGTGCAGGTGCTGTGCTGCCGCCTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCTGCAGCACGCCAACCACGAGAAGCGCCTGCGCGTACATGCGCACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328294 GCTGCAGCACGCCAACCACGAGAAGCGCCTGCGCGTACATGCGCACTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCACCGACAGCGCCCGCTTTGTGCAGCGCCCGTTGCTCTTCGCGTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328344 CCACCGACAGCGCCCGCTTTGTGCAGCGCCCGTTGCTCTTCGCGTCCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CGCCAGTCCTCTGCAAGGAGAACTGAGAAGATTTTCTTAAGCACTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328394 CGCCAGTCCTCTGCAAGGAGAACTGAGAAGATTTTCTTAAGCACTTTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GAGCGAGGCCGAGCCCCAGTCTAAGTCCCAGTCATTGAGTCTCGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328444 GAGCGAGGCCGAGCCCCAGTCTAAGTCCCAGTCATTGAGTCTCGAGTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TAGAGCCCAACTCAGGCGCGAAACCAGCCAATTCTGCTGCAGAGAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328494 TAGAGCCCAACTCAGGCGCGAAACCAGCCAATTCTGCTGCAGAGAATGGT

   1350     .    :    .
   1342 TTTCAGGAGCATGAAGTT
        ||||||||||||||||||
 328544 TTTCAGGAGCATGAAGTT