seq1 = pF1KE0592.tfa, 1428 bp
seq2 = pF1KE0592/gi568815595f_127952835.tfa (gi568815595f:127952835_128169659), 216825 bp

>pF1KE0592 1428
>gi568815595f:127952835_128169659 (Chr3)

1-75  (99994-100068)   94% ->
76-141  (102682-102747)   100% ->
142-220  (102839-102917)   100% ->
221-352  (103875-104006)   100% ->
353-462  (107268-107377)   100% ->
463-616  (107674-107827)   100% ->
617-777  (112043-112203)   100% ->
778-975  (114120-114317)   100% ->
976-1167  (114587-114778)   100% ->
1168-1244  (115149-115225)   100% ->
1245-1428  (116642-116825)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATCAAATTTCTGGAAGTCATCAAGCCCTTCTGTGTCATCCTGCC
        ||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 ATCAAAGTCAAATTTCTGGAAGTCATCAAGCCCTTCTGTGTCATCCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAATTCAGAAGCCAGAGAGGAAG         ATTCAGTTTAAGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100044 GGAAATTCAGAAGCCAGAGAGGAAGGTA...TAGATTCAGTTTAAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTGCTGTGGACCGCTATCACCCTCTTTATCTTCTTAGTGTGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102698 AAGTGCTGTGGACCGCTATCACCCTCTTTATCTTCTTAGTGTGCTGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          ATTCCCCTGTTTGGGATCATGTCTTCAGATTCAGCTGACCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102748 GTA...CAGATTCCCCTGTTTGGGATCATGTCTTCAGATTCAGCTGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTCTATTGGATGAGAGTGATTCTAGCCTCTAACAGAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102880 TTTCTATTGGATGAGAGTGATTCTAGCCTCTAACAGAGGTA...AAGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CATTGATGGAGCTAGGGATCTCTCCTATTGTCACGTCTGGCCTTATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103878 CATTGATGGAGCTAGGGATCTCTCCTATTGTCACGTCTGGCCTTATAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAACTCTTGGCTGGCGCCAAGATAATTGAAGTTGGTGACACCCCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103928 CAACTCTTGGCTGGCGCCAAGATAATTGAAGTTGGTGACACCCCAAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGAGCTCTCTTCAACGGAGCCCAAAAGT         TATTTGGCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103978 CCGAGCTCTCTTCAACGGAGCCCAAAAGTGTA...TAGTATTTGGCATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCATTACTATCGGCCAGTCTATCGTGTATGTGATGACCGGGATGTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107280 TCATTACTATCGGCCAGTCTATCGTGTATGTGATGACCGGGATGTATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACCCTTCTGAAATGGGTGCTGGAATTTGCCTGCTAATCACCATTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107330 GACCCTTCTGAAATGGGTGCTGGAATTTGCCTGCTAATCACCATTCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        CTCTTTGTTGCTGGCTTAATTGTCCTACTTTTGGATGAACTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107380 A...CAGCTCTTTGTTGCTGGCTTAATTGTCCTACTTTTGGATGAACTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCAAAAAGGATATGGCCTTGGCTCTGGTATTTCTCTCTTCATTGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107717 TGCAAAAAGGATATGGCCTTGGCTCTGGTATTTCTCTCTTCATTGCAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACATCTGTGAAACCATCGTATGGAAGGCATTCAGCCCCACTACTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107767 AACATCTGTGAAACCATCGTATGGAAGGCATTCAGCCCCACTACTGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACTGGCCGAG         GAATGGAATTTGAAGGTGCTATCATCGCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107817 CACTGGCCGAGGTA...CAGGAATGGAATTTGAAGGTGCTATCATCGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTTTCCATCTGCTGGCCACACGCACAGACAAGGTCCGAGCCCTTCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112073 TTTTCCATCTGCTGGCCACACGCACAGACAAGGTCCGAGCCCTTCGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCGTTCTACCGCCAGAATCTTCCCAACCTCATGAATCTCATCGCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112123 GCGTTCTACCGCCAGAATCTTCCCAACCTCATGAATCTCATCGCCACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTTGTCTTTGCAGTGGTCATCTATTTCCAG         GGCTTCCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112173 CTTTGTCTTTGCAGTGGTCATCTATTTCCAGGTG...CAGGGCTTCCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGACCTGCCAATCAAGTCGGCCCGCTACCGTGGCCAGTACAACACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114130 TGGACCTGCCAATCAAGTCGGCCCGCTACCGTGGCCAGTACAACACCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCCATCAAGCTCTTCTATACGTCCAACATCCCCATCATCCTGCAGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114180 CCCATCAAGCTCTTCTATACGTCCAACATCCCCATCATCCTGCAGTCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGGTGTCCAACCTTTATGTCATCTCCCAAATGCTCTCAGCTCGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114230 CCTGGTGTCCAACCTTTATGTCATCTCCCAAATGCTCTCAGCTCGCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGGCAACTTGCTGGTCAGCCTGCTGGGCACCTGGTCG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114280 GTGGCAACTTGCTGGTCAGCCTGCTGGGCACCTGGTCGGTA...CAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACGTCTTCTGGGGGCCCAGCACGTGCTTATCCAGTTGGTGGCCTTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114590 ACGTCTTCTGGGGGCCCAGCACGTGCTTATCCAGTTGGTGGCCTTTGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTACCTGTCCCCTCCAGAATCTTTTGGCTCCGTGTTAGAAGACCCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114640 TTACCTGTCCCCTCCAGAATCTTTTGGCTCCGTGTTAGAAGACCCGGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGCAGTTGTATACATAGTGTTCATGCTGGGCTCCTGTGCATTCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114690 ATGCAGTTGTATACATAGTGTTCATGCTGGGCTCCTGTGCATTCTTCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAAACGTGGATTGAGGTCTCAGGTTCCTCTGCCAAAGAT         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114740 AAAACGTGGATTGAGGTCTCAGGTTCCTCTGCCAAAGATGTA...CAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCAAAGCAGCTGAAGGAGCAGCAGATGGTGATGAGAGGCCACCGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115151 TGCAAAGCAGCTGAAGGAGCAGCAGATGGTGATGAGAGGCCACCGAGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCTCCATGGTCCATGAACTCAACCG         GTACATCCCCACAGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115201 CCTCCATGGTCCATGAACTCAACCGGTG...CAGGTACATCCCCACAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCGGCCTTTGGTGGGCTGTGCATCGGGGCCCTCTCGGTCCTGGCTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116658 GCGGCCTTTGGTGGGCTGTGCATCGGGGCCCTCTCGGTCCTGGCTGACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTAGGCGCCATTGGGTCTGGAACCGGGATCCTGCTCGCAGTCACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116708 CCTAGGCGCCATTGGGTCTGGAACCGGGATCCTGCTCGCAGTCACAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTACCAGTACTTTGAGATCTTCGTTAAGGAGCAAAGCGAGGTTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116758 TCTACCAGTACTTTGAGATCTTCGTTAAGGAGCAAAGCGAGGTTGGCAGC

   1500     .    :    .
   1411 ATGGGGGCCCTGCTCTTC
        ||||||||||||||||||
 116808 ATGGGGGCCCTGCTCTTC