seq1 = pF1KE0590.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KE0590/gi568815581r_700952.tfa (gi568815581r:700952_1079678), 378727 bp

>pF1KE0590 1305
>gi568815581r:700952_1079678 (Chr17)

(complement)

1-360  (100001-100360)   100% ->
361-478  (253601-253718)   100% ->
479-612  (255914-256047)   100% ->
613-713  (257222-257322)   100% ->
714-820  (260134-260240)   100% ->
821-1000  (274432-274611)   100% ->
1001-1125  (275873-275997)   100% ->
1126-1305  (278548-278727)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGCTTCCTGGAGGAGCTGCTCGGCGAGAAGCTGGTGACGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGCTTCCTGGAGGAGCTGCTCGGCGAGAAGCTGGTGACGGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGAGGAGGTGGACGTGCACTCGCTGGGCGCCCGCGGCATCTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGAGGAGGTGGACGTGCACTCGCTGGGCGCCCGCGGCATCTCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGTCTCTACTTCGGCTGCAGCCTCAGCGCCCCCTGCGCGCAGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGTCTCTACTTCGGCTGCAGCCTCAGCGCCCCCTGCGCGCAGCTCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAGCCTGGCCGCCTTCTACGGGCGCCTGCGGGGGGACGCGGCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAGCCTGGCCGCCTTCTACGGGCGCCTGCGGGGGGACGCGGCGGCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGGGGCCGGGAGCGGGGGCCGGGGCGGCGGCGGAGCCCGAGCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCGGGGCCGGGAGCGGGGGCCGGGGCGGCGGCGGAGCCCGAGCCGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCGCCTGGAGATCGTCTTCGTGTCCTCGGACCAGGACCAGCGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCGCCTGGAGATCGTCTTCGTGTCCTCGGACCAGGACCAGCGGCAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGACTTCGTGCGGGACATGCCGTGGCTGGCGCTGCCCTACAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGACTTCGTGCGGGACATGCCGTGGCTGGCGCTGCCCTACAAGGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACAGGAAG         CTCAAACTTTGGAACAAATACCGAATTTCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACAGGAAGGTG...CAGCTCAAACTTTGGAACAAATACCGAATTTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACATTCCATCACTAATATTCCTCGACGCCACCACTGGGAAGGTTGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253632 ACATTCCATCACTAATATTCCTCGACGCCACCACTGGGAAGGTTGTGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGGAACGGGCTGCTGGTGATCCGAGATGACCCAGAAG         GTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 253682 AGGAACGGGCTGCTGGTGATCCGAGATGACCCAGAAGGTA...CAGGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGTTCCCCTGGGGACCGAAACCCTTCAGGGAAGTCATTGCAGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255918 GGAGTTCCCCTGGGGACCGAAACCCTTCAGGGAAGTCATTGCAGGGCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCTTAGAAACAATGGGCAGTCTCTGGAGAGCAGCAGCCTGGAGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255968 TGCTTAGAAACAATGGGCAGTCTCTGGAGAGCAGCAGCCTGGAGGGGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CACGTGGGCGTCTATTTCTCCGCACATTGG         TGTCCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 256018 CACGTGGGCGTCTATTTCTCCGCACATTGGGTG...CAGTGTCCGCCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCGAAGCCTCACCCGGGTCCTGGTGGAATCCTACCGGAAGATCAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257233 CCGAAGCCTCACCCGGGTCCTGGTGGAATCCTACCGGAAGATCAAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGGCCAGAACTTCGAGATCATCTTCGTTAGTGCAGACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 257283 CAGGCCAGAACTTCGAGATCATCTTCGTTAGTGCAGACAGGTC...TAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCGGAGGAGTCCTTCAAACAGTACTTCAGTGAGATGCCCTGGCTCGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260135 TCGGAGGAGTCCTTCAAACAGTACTTCAGTGAGATGCCCTGGCTCGCCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCCTACACGGATGAGGCCCGGCGGTCGCGCCTCAACCGGCTGTACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260185 CCCCTACACGGATGAGGCCCGGCGGTCGCGCCTCAACCGGCTGTACGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCAAG         GCATCCCCACGCTCATCATGCTGGACCCGCAGGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260235 TCCAAGGTA...CAGGCATCCCCACGCTCATCATGCTGGACCCGCAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGGTGATCACGCGGCAGGGGCGGGTGGAGGTGCTGAACGACGAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274467 GAGGTGATCACGCGGCAGGGGCGGGTGGAGGTGCTGAACGACGAGGACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCGGGAGTTCCCCTGGCACCCCAAGCCCGTGCTGGAGCTCTCCGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274517 CCGGGAGTTCCCCTGGCACCCCAAGCCCGTGCTGGAGCTCTCCGACTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACGCCGCGCAGCTTAACGAGGGCCCCTGCCTCGTCCTTTTTGTAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 274567 ACGCCGCGCAGCTTAACGAGGGCCCCTGCCTCGTCCTTTTTGTAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001     ATTCTGAGGATGACGGAGAGTCCGAGGCGGCCAAGCAGCTGATTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274617 .CAGATTCTGAGGATGACGGAGAGTCCGAGGCGGCCAAGCAGCTGATTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCGATAGCTGAGAAAATCATTGCCAAGTACAAAGCCAAAGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275919 GCCGATAGCTGAGAAAATCATTGCCAAGTACAAAGCCAAAGAGGAGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CACCCCTTCTGTTCTTCGTAGCCGGGGAG         GATGACATGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 275969 CACCCCTTCTGTTCTTCGTAGCCGGGGAGGTG...CAGGATGACATGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACTCCCTGCGAGATTACACCAACCTGCCTGAGGCTGCCCCTTTGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278560 GACTCCCTGCGAGATTACACCAACCTGCCTGAGGCTGCCCCTTTGCTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CATCCTGGACATGTCAGCCCGGGCCAAGTACGTGATGGACGTGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278610 CATCCTGGACATGTCAGCCCGGGCCAAGTACGTGATGGACGTGGAGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCACCCCCGCCATCGTGGAGGCCTTTGTGAATGACTTCCTAGCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278660 TCACCCCCGCCATCGTGGAGGCCTTTGTGAATGACTTCCTAGCAGAGAAG

   1350     .    :    .
   1288 CTCAAACCGGAGCCCATC
        ||||||||||||||||||
 278710 CTCAAACCGGAGCCCATC