seq1 = pF1KE0585.tfa, 906 bp
seq2 = pF1KE0585/gi568815597f_198132581.tfa (gi568815597f:198132581_198419519), 286939 bp

>pF1KE0585 906
>gi568815597f:198132581_198419519 (Chr1)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-198  (120460-120600)   100% ->
199-261  (129995-130057)   100% ->
262-372  (131545-131655)   100% ->
373-481  (145381-145489)   100% ->
482-589  (146374-146481)   100% ->
590-684  (160365-160459)   100% ->
685-798  (164547-164660)   100% ->
799-906  (186832-186939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGAGCAATCACAAGGAATGCAAGGGCCACCTGTTCCTCAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGAGCAATCACAAGGAATGCAAGGGCCACCTGTTCCTCAGTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCACAG         AAGGCCTTACGACCGGATATGGGCTATAATACAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCACAGGTA...CAGAAGGCCTTACGACCGGATATGGGCTATAATACAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGCCAACTTTCGAATAGAAAAGAAAATTGGTCGCGGACAATTTAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120494 TAGCCAACTTTCGAATAGAAAAGAAAATTGGTCGCGGACAATTTAGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTTATAGAGCAGCCTGTCTCTTGGATGGAGTACCAGTAGCTTTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120544 GTTTATAGAGCAGCCTGTCTCTTGGATGGAGTACCAGTAGCTTTAAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGCAG         ATATTTGATTTAATGGATGCCAAAGCACGTGCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120594 AGTGCAGGTA...TAGATATTTGATTTAATGGATGCCAAAGCACGTGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTGCATCAAAGAAATAGATCTTCTTAAG         CAACTCAACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130029 ATTGCATCAAAGAAATAGATCTTCTTAAGGTA...CAGCAACTCAACCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAAATGTAATAAAATATTATGCATCATTCATTGAAGATAATGAACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131557 CCAAATGTAATAAAATATTATGCATCATTCATTGAAGATAATGAACTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATAGTTTTGGAACTAGCAGATGCTGGCGACCTATCCAGAATGATCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131607 CATAGTTTTGGAACTAGCAGATGCTGGCGACCTATCCAGAATGATCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         CATTTTAAGAAGCAAAAGAGGCTAATTCCTGAAAGAACTGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131657 TA...AAGCATTTTAAGAAGCAAAAGAGGCTAATTCCTGAAAGAACTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGAAGTATTTTGTTCAGCTTTGCAGTGCATTGGAACACATGCATTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145423 TGGAAGTATTTTGTTCAGCTTTGCAGTGCATTGGAACACATGCATTCTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGAGTCATGCATAGAG         ATATAAAACCAGCTAATGTGTTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 145473 AAGAGTCATGCATAGAGGTA...CAGATATAAAACCAGCTAATGTGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTACAGCCACTGGGGTGGTAAAACTTGGAGATCTTGGGCTTGGCCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146398 TTACAGCCACTGGGGTGGTAAAACTTGGAGATCTTGGGCTTGGCCGGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCAGCTCAAAAACCACAGCTGCACATTCTTTAG         TTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 146448 TTCAGCTCAAAAACCACAGCTGCACATTCTTTAGGTA...CAGTTGGTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCTTATTACATGTCTCCAGAGAGAATACATGAAAATGGATACAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160372 GCCTTATTACATGTCTCCAGAGAGAATACATGAAAATGGATACAACTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AATCTGACATCTGGTCTCTTGGCTGTCTACTATATGAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 160422 AATCTGACATCTGGTCTCTTGGCTGTCTACTATATGAGGTA...CAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTGCATTACAAAGTCCTTTCTATGGTGACAAAATGAATTTATACTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164550 GCTGCATTACAAAGTCCTTTCTATGGTGACAAAATGAATTTATACTCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTGTAAGAAGATAGAACAGTGTGACTACCCACCTCTTCCTTCAGATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164600 GTGTAAGAAGATAGAACAGTGTGACTACCCACCTCTTCCTTCAGATCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTCAGAAGAA         CTCCGACAGTTAGTTAATATGTGCATCAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 164650 ATTCAGAAGAAGTA...CAGCTCCGACAGTTAGTTAATATGTGCATCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCAGATCCAGAGAAGCGACCAGACGTCACCTATGTTTATGACGTAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186862 CCAGATCCAGAGAAGCGACCAGACGTCACCTATGTTTATGACGTAGCAAA

    950     .    :    .    :    .
    879 GAGGATGCATGCATGCACTGCAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 186912 GAGGATGCATGCATGCACTGCAAGCAGC