seq1 = pF1KE0566.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE0566/gi568815585f_76891952.tfa (gi568815585f:76891952_77100966), 209015 bp

>pF1KE0566 1221
>gi568815585f:76891952_77100966 (Chr13)

1-320  (100001-100320)   100% ->
321-486  (103112-103277)   100% ->
487-712  (103951-104176)   100% ->
713-1221  (108507-109015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCGGAACCTGCGCTTGGGGCCAAGCTCTGGAGCTGACGCGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCGGAACCTGCGCTTGGGGCCAAGCTCTGGAGCTGACGCGCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAAGGCGCCCCGCGTCCCGGACTGGCGGCTCCGCGCATGCTCCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAAGGCGCCCCGCGTCCCGGACTGGCGGCTCCGCGCATGCTCCTCCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGTCGCAGGCCTCGAGAGGCTCCGGAAGTACTGGGTGCAGCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGTCGCAGGCCTCGAGAGGCTCCGGAAGTACTGGGTGCAGCCTGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCAGGAGGTAGACACGGCACAGGGCGCCGAGATGCGGCGGGGCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGCAGGAGGTAGACACGGCACAGGGCGCCGAGATGCGGCGGGGCGCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGGCTCGGGGACGCGCTTCCTGGTGCTGGGCCCTGGCGCTGCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGGCTCGGGGACGCGCTTCCTGGTGCTGGGCCCTGGCGCTGCTTTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGCGGTGGTTCCGGGCTGGTCCCGGGTCTCGGGCATCCCCTCCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGCGGTGGTTCCGGGCTGGTCCCGGGTCTCGGGCATCCCCTCCCGGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACTGGCCGGTGCCCTACAA         GCGCTTTGACTTCCGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100301 CACTGGCCGGTGCCCTACAAGTG...TAGGCGCTTTGACTTCCGTCCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCTGATCCTTATTGTCAAGCTAAGTATACTTTCTGTCCAACTGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 ACCTGATCCTTATTGTCAAGCTAAGTATACTTTCTGTCCAACTGGCTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTATCCCAGTTATGGAGGGTGATGATGACATTGAAGTTTTTCGATTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103183 CTATCCCAGTTATGGAGGGTGATGATGACATTGAAGTTTTTCGATTACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCCCAGTATGGGAATTTAAATATGGAGACCTCCTGGGACACTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103233 GCCCCAGTATGGGAATTTAAATATGGAGACCTCCTGGGACACTTGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487     AAAATTATGCATGATGCCATTGGATTCAGAAGTACATTAACTGGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103283 .CAGAAAATTATGCATGATGCCATTGGATTCAGAAGTACATTAACTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAACTACACAATGGAATGGTATGAACTTTTCCAACTTGGCAACTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103997 AGAACTACACAATGGAATGGTATGAACTTTTCCAACTTGGCAACTGTACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTCCCCATCTCCGACCTGAAATGGATGCCCCTTTCTGGTGTAATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104047 TTTCCCCATCTCCGACCTGAAATGGATGCCCCTTTCTGGTGTAATCAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGCTGCCTGCTTTTTTGAGGGAATTGATGATGTTCACTGGAAGGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104097 CGCTGCCTGCTTTTTTGAGGGAATTGATGATGTTCACTGGAAGGAAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGACATTAGTTCAAGTAGCAACTATATCAG         GAAACATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104147 GGACATTAGTTCAAGTAGCAACTATATCAGGTA...TAGGAAACATGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACCAAATGGCAAAGTGGGTGAAACAGGACAATGAAACAGGAATTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108518 AACCAAATGGCAAAGTGGGTGAAACAGGACAATGAAACAGGAATTTATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAGACATGGAATGTAAAAGCCAGCCCAGAAAAGGGGGCAGAGACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108568 TGAGACATGGAATGTAAAAGCCAGCCCAGAAAAGGGGGCAGAGACATGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGATTCCTACGACTGTTCCAAATTTGTGTTAAGGACCTTTAACAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108618 TTGATTCCTACGACTGTTCCAAATTTGTGTTAAGGACCTTTAACAAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCTGAATTTGGAGCAGAGTTCAAGAACATAGAAACCAACTATACAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108668 GCTGAATTTGGAGCAGAGTTCAAGAACATAGAAACCAACTATACAAGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ATTTCTTTACAGTGGAGAACCTACTTATCTGGGAAATGAAACATCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108718 ATTTCTTTACAGTGGAGAACCTACTTATCTGGGAAATGAAACATCTGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTGGGCCAACAGGAAACAAGACTCTTGGTTTAGCCATAAAAAGATTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108768 TTGGGCCAACAGGAAACAAGACTCTTGGTTTAGCCATAAAAAGATTTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TACCCCTTCAAACCACATTTGCCAACTAAAGAATTTCTGTTGAGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108818 TACCCCTTCAAACCACATTTGCCAACTAAAGAATTTCTGTTGAGTCTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCAAATTTTTGATGCAGTGATTGTGCACAAACAGTTCTATTTGTTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108868 GCAAATTTTTGATGCAGTGATTGTGCACAAACAGTTCTATTTGTTTTATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATTTTGAATATTGGTTTTTACCTATGAAATTCCCTTTTATTAAAATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108918 ATTTTGAATATTGGTTTTTACCTATGAAATTCCCTTTTATTAAAATAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1174 TATGAAGAAATCCCTTTACCTATCAGAAACAAAACACTCTCTGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108968 TATGAAGAAATCCCTTTACCTATCAGAAACAAAACACTCTCTGGTTTA