seq1 = pF1KE0563.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KE0563/gi568815592r_52731851.tfa (gi568815592r:52731851_52940813), 208963 bp

>pF1KE0563 666
>gi568815592r:52731851_52940813 (Chr6)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-139  (103205-103256)   100% ->
140-272  (104446-104578)   100% ->
273-414  (106532-106673)   100% ->
415-546  (107824-107955)   100% ->
547-666  (108844-108963)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGAAGCCCAAGCTCCACTACTCCAATGCACGGGGCAGTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGAAGCCCAAGCTCCACTACTCCAATGCACGGGGCAGTATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCATTCGGTGGCTCCTGGCTGCAGCTGGAGTAGAG         TTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GTCCATTCGGTGGCTCCTGGCTGCAGCTGGAGTAGAGGTA...CAGTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAGAAATTTCTAGAATCTGCAGAAGATTTGGACAAGTTAAGAAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103209 AAGAGAAATTTCTAGAATCTGCAGAAGATTTGGACAAGTTAAGAAATGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        ATGGGAGTTTGCTGTTCCAGCAAGTACCAATGGTTGAGATTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103259 A...AAGATGGGAGTTTGCTGTTCCAGCAAGTACCAATGGTTGAGATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGGATGAAGCTGGTGCAGACCAGAGCCATTCTTAACTACATTGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104489 CGGGATGAAGCTGGTGCAGACCAGAGCCATTCTTAACTACATTGCCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATACAACCTTTATGGGAAAGACATGAAGGAGAGAGCCCT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104539 AATACAACCTTTATGGGAAAGACATGAAGGAGAGAGCCCTGTA...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATTGATATGTACACAGAAGGTATAGTAGATTTGACTGAAATGATCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106533 ATTGATATGTACACAGAAGGTATAGTAGATTTGACTGAAATGATCCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGCTCATATGTCAACCAGAGGAAAGAGATGCCAAGACTGCCTTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106583 TCTGCTCATATGTCAACCAGAGGAAAGAGATGCCAAGACTGCCTTGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAGAAAATAAAAAATCGCTACTTCCCTGCCTTTGAAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106633 AAGAGAAAATAAAAAATCGCTACTTCCCTGCCTTTGAAAAAGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCTTAAAGAGCCACAGACAAGACTACCTTGTTGGCAACAAGCTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107824 GTCTTAAAGAGCCACAGACAAGACTACCTTGTTGGCAACAAGCTGAGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTGACATTCACCTGGTGGAACTTTTCTACTACGTGGAAGAGCTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107874 GGCTGACATTCACCTGGTGGAACTTTTCTACTACGTGGAAGAGCTTGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGAGTCTTATCTCCAGCTTCCCTCTGCTGAAG         GCCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107924 CGAGTCTTATCTCCAGCTTCCCTCTGCTGAAGGTG...CAGGCCCTGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCAGAATCAGCAACCTGCCCACGGTGAAGAAGTTTCTGCAGCCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108853 ACCAGAATCAGCAACCTGCCCACGGTGAAGAAGTTTCTGCAGCCTGGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCAGAGAAAGCCTCCCATGGATGAGAAATCTTTAGAAGAAGCAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108903 CCAGAGAAAGCCTCCCATGGATGAGAAATCTTTAGAAGAAGCAAGGAAGA

    700     .    :
    656 TTTTCAGGTTT
        |||||||||||
 108953 TTTTCAGGTTT