seq1 = pF1KE0561.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KE0561/gi568815575r_69941811.tfa (gi568815575r:69941811_70149932), 208122 bp

>pF1KE0561 999
>gi568815575r:69941811_70149932 (ChrX)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-196  (105471-105581)   100% ->
197-267  (105937-106007)   100% ->
268-472  (106251-106455)   100% ->
473-647  (106690-106864)   100% ->
648-847  (107547-107746)   100% ->
848-999  (107971-108122)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCTTGCCCTCTAAGAAGGACCTCAAGACTGCCCTGGATGTCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCTTGCCCTCTAAGAAGGACCTCAAGACTGCCCTGGATGTCTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTTTCCAGTGGTCCTTCAGTGCCTTGCTTATCA         CAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TGTTTTCCAGTGGTCCTTCAGTGCCTTGCTTATCAGTG...CAGCAACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGATTGCTGTCAACCTCTACCTGGTGGTGTTCACACCATACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105477 CTGTGATTGCTGTCAACCTCTACCTGGTGGTGTTCACACCATACTGGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCACTGTGCTTATTCTTACCTGGCTGGCTTTTGACTGGAAGACCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105527 GTCACTGTGCTTATTCTTACCTGGCTGGCTTTTGACTGGAAGACCCCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGAG         GCGGCCGCCGGTTTACCTGTGTGAGGCACTGGCGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105577 GCGAGGTA...CAGGCGGCCGCCGGTTTACCTGTGTGAGGCACTGGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGGAAACACTACAGCGATTATTTCCCTCTCAAG         CTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105973 TGTGGAAACACTACAGCGATTATTTCCCTCTCAAGGTC...CAGCTTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGACTCATGACATCTGCCCCAGCCGCAACTACATCCTCGTCTGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106257 AAGACTCATGACATCTGCCCCAGCCGCAACTACATCCTCGTCTGCCACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCATGGGCTCTTTGCCCATGGATGGTTTGGCCACTTTGCCACAGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106307 TCATGGGCTCTTTGCCCATGGATGGTTTGGCCACTTTGCCACAGAGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGCTTCTCCAAGATATTTCCTGGCATCACCCCTTACATACTCACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106357 CAGGCTTCTCCAAGATATTTCCTGGCATCACCCCTTACATACTCACACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGCCTTTTTCTGGATGCCTTTCCTCAGAGAATATGTAATGTCTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106407 GGAGCCTTTTTCTGGATGCCTTTCCTCAGAGAATATGTAATGTCTACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GGGCCTGCTCTGTGAGTCGATCCTCCATTGACTTTCTGCTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106457 TA...CAGGGGCCTGCTCTGTGAGTCGATCCTCCATTGACTTTCTGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCATAAAGGCACAGGCAACATGGTCATTGTGGTGATTGGTGGACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106732 CTCATAAAGGCACAGGCAACATGGTCATTGTGGTGATTGGTGGACTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTGCAGATACAGCCTGCCAGGTTCTTCTACCCTGGTGTTGAAGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106782 GAGTGCAGATACAGCCTGCCAGGTTCTTCTACCCTGGTGTTGAAGAACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCTGGCTTTGTGCGCATGGCCCTTCAGCATGG         GGTGCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106832 GTCTGGCTTTGTGCGCATGGCCCTTCAGCATGGGTA...CAGGGTGCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAATACCTGCCTATGCCTTTGGGGAGACGGACCTCTATGATCAGCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107555 TAATACCTGCCTATGCCTTTGGGGAGACGGACCTCTATGATCAGCACATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCACTCCTGGTGGCTTTGTCAACCGCTTCCAGAAGTGGTTCCAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107605 TTCACTCCTGGTGGCTTTGTCAACCGCTTCCAGAAGTGGTTCCAGAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTACACATCTACCCTTGTGCTTTCTATGGACGTGGCTTCACCAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107655 GGTACACATCTACCCTTGTGCTTTCTATGGACGTGGCTTCACCAAGAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCTGGGGCCTTCTGCCCTATAGTCGGCCTGTAACCACCATCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107705 CCTGGGGCCTTCTGCCCTATAGTCGGCCTGTAACCACCATCGGTG...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848  TCGGGGAGCCTCTACCAATGCCCAAGATTGAGAATCCAAGCCAGGAGAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107970 GTCGGGGAGCCTCTACCAATGCCCAAGATTGAGAATCCAAGCCAGGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGTGGCTAAATATCACACACTCTATATTGATGCCCTACGTAAACTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108020 CGTGGCTAAATATCACACACTCTATATTGATGCCCTACGTAAACTGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCAGCATAAGACCAAGTTTGGTATCTCAGAGACCCAGGAGCTGGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108070 ACCAGCATAAGACCAAGTTTGGTATCTCAGAGACCCAGGAGCTGGAGATA

   1050 
    997 ATT
        |||
 108120 ATT