seq1 = pF1KE0560.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE0560/gi568815581r_40692430.tfa (gi568815581r:40692430_40899893), 207464 bp

>pF1KE0560 1392
>gi568815581r:40692430_40899893 (Chr17)

(complement)

1-450  (100001-100450)   100% ->
451-533  (100895-100977)   100% ->
534-690  (101503-101659)   100% ->
691-852  (102613-102774)   100% ->
853-978  (102853-102978)   100% ->
979-1196  (105848-106065)   100% ->
1197-1252  (106684-106739)   100% ->
1253-1392  (107325-107464)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTCCAATTTTCTAATGGATCCAGGCATGTTTGCTTAAGGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCTCCAATTTTCTAATGGATCCAGGCATGTTTGCTTAAGGTCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGGATCTGTCAGACCCCTCAATGGAGGTGCAGGCTTTGCAGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTGGATCTGTCAGACCCCTCAATGGAGGTGCAGGCTTTGCAGGCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGCATGTGGTGGCTCTGTTGCTGGAAGTGAATTTTCCTGTGCCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGCATGTGGTGGCTCTGTTGCTGGAAGTGAATTTTCCTGTGCCTTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGGCTTGGGCAGTGTTCCTGGTGGGAGCCATGCTGGTGGTGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGGCTTGGGCAGTGTTCCTGGTGGGAGCCATGCTGGTGGTGCCCTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAATGCTGCTTGTATTGGCTTTGCTGGAAGCGAAGGGGGACTCCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAATGCTGCTTGTATTGGCTTTGCTGGAAGCGAAGGGGGACTCCTCTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAAATGAGAAGGTGACCATGCAAAATCTTAATGACCGCTTGGCATCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAAATGAGAAGGTGACCATGCAAAATCTTAATGACCGCTTGGCATCCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGATAATGTGCGAGCTCTGGAGGAGGCAAATGCTGAATTAGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGATAATGTGCGAGCTCTGGAGGAGGCAAATGCTGAATTAGAGAGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATCAAGGGTTGGTATGAAAAATACGGACCTGGATCTTGCCGTGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATCAAGGGTTGGTATGAAAAATACGGACCTGGATCTTGCCGTGGACTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCATGACTATAGCAGATATCACCTAACAATTGAGGATCTTAAGAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCATGACTATAGCAGATATCACCTAACAATTGAGGATCTTAAGAATAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451          ATTATCTCCTCCACTACTACTAATGCTAATGTCATTCTGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTG...TAGATTATCTCCTCCACTACTACTAATGCTAATGTCATTCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATTGATAATGCCAGACTGGCTGCTGATGATTTCAGGCTAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100936 GATTGATAATGCCAGACTGGCTGCTGATGATTTCAGGCTAAAGTA...AA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    534  GTATGAAAATGAGCTCACCCTTCACCAAAACGTAGAGGCCGACATCAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101502 GGTATGAAAATGAGCTCACCCTTCACCAAAACGTAGAGGCCGACATCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGATTACGGCGAGTCCTGGACGAGCTGACGCTCTGCAGGACCGACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101552 GGATTACGGCGAGTCCTGGACGAGCTGACGCTCTGCAGGACCGACCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGCAATATGAGTCTCTGAGTGAGGAGATGACATATCTCAAAAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 GCTGCAATATGAGTCTCTGAGTGAGGAGATGACATATCTCAAAAAGAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACGAAGAG         GAGATGAAGGCTCTGCAGTGCGCGGCTGGGGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 ACGAAGAGGTA...CAGGAGATGAAGGCTCTGCAGTGCGCGGCTGGGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACGTGAACGTGGAGATGAACGCGGCCCCGGGGGTAGACCTCGCGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102646 AACGTGAACGTGGAGATGAACGCGGCCCCGGGGGTAGACCTCGCGGTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTTGAACAACATGCGAGCGGAGTACGAAGCCCTTGCAGAGCAGAACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102696 GTTGAACAACATGCGAGCGGAGTACGAAGCCCTTGCAGAGCAGAACCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGACGCGGAGGCCTGGTTCAATGAGAAG         AGCGCCTCGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102746 AGGACGCGGAGGCCTGGTTCAATGAGAAGGTG...CAGAGCGCCTCGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGCAACAGATCTCCCACGACTCAGGCGCAGCCACTTTCGCCCGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102865 CAGCAACAGATCTCCCACGACTCAGGCGCAGCCACTTTCGCCCGGAGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTCACCGAGATGAGGCGCACCCTGCAGACCCTGGAGATCCAGCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102915 GCTCACCGAGATGAGGCGCACCCTGCAGACCCTGGAGATCCAGCTGCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCCTGATGGCCACG         AAACACTCCCTGGAGTGCTCCTTGACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102965 CCCTGATGGCCACGGTA...CAGAAACACTCCCTGGAGTGCTCCTTGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGACCGAGAGCAACTACTGTACGCAGCTGGCGCAGATCCAGGCTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105875 GAGACCGAGAGCAACTACTGTACGCAGCTGGCGCAGATCCAGGCTCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CGGGGCCCTGGAGGAGCAGCTGCACCAGGTCAGAACCGAGACCGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105925 CGGGGCCCTGGAGGAGCAGCTGCACCAGGTCAGAACCGAGACCGAGGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGAAGCTGGAGTATGAGCATCTCCTCGATGTCAAGGTCCACTTGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105975 AGAAGCTGGAGTATGAGCATCTCCTCGATGTCAAGGTCCACTTGGAAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAAATTGAGACCTACTGCCGCCTGATAGATGGAGATGGAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106025 GAAATTGAGACCTACTGCCGCCTGATAGATGGAGATGGAAAGTA...CAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTCATGCTCCAAATCAAAGGGCTTTGGATCAGGAAGCCCTGGGAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106684 TTCATGCTCCAAATCAAAGGGCTTTGGATCAGGAAGCCCTGGGAATTCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTAAAG         ATTTATCCAAAACCACACTGGTAAAGACAGTGGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106734 CTAAAGGTA...TAGATTTATCCAAAACCACACTGGTAAAGACAGTGGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAGAGCTAGATCAACGTGGTAAAGTTCTTTCATCAAGGATTCACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107360 GAAGAGCTAGATCAACGTGGTAAAGTTCTTTCATCAAGGATTCACTCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGAAGAAAAGACATCTAAAATGACCAACGGCAAGACAGAACAAAGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107410 TGAAGAAAAGACATCTAAAATGACCAACGGCAAGACAGAACAAAGGGTTC

   1450     .
   1388 CTTTC
        |||||
 107460 CTTTC