seq1 = pF1KE0557.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KE0557/gi568815581r_40648280.tfa (gi568815581r:40648280_40855271), 206992 bp

>pF1KE0557 1350
>gi568815581r:40648280_40855271 (Chr17)

(complement)

1-429  (100001-100429)   100% ->
430-512  (100804-100886)   100% ->
513-669  (101256-101412)   100% ->
670-831  (103946-104107)   100% ->
832-957  (104193-104318)   100% ->
958-1175  (104675-104892)   100% ->
1176-1243  (105947-106014)   100% ->
1244-1350  (106886-106992)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTTCGACTTTCCAGTGCATCCAGGAGGTCCTGTCCTCGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCTTCGACTTTCCAGTGCATCCAGGAGGTCCTGTCCTCGTCCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGGATCACTCAGACTCTATGGTGGGGGAACCAGCTTTGGTACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTGGATCACTCAGACTCTATGGTGGGGGAACCAGCTTTGGTACTGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTCTTGTGGCATTTCAGGGATTGGAAGTGGCTTCTCTAGTGCCTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTCTTGTGGCATTTCAGGGATTGGAAGTGGCTTCTCTAGTGCCTTCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAGCTCATCGGGAGGAAACACAGGGGGAGGTAATCCCTGTGCTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAGCTCATCGGGAGGAAACACAGGGGGAGGTAATCCCTGTGCTGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACTGTGAATGAGCGGGGGCTCCTTTCTGGCAATGAGAAGGTGACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACTGTGAATGAGCGGGGGCTCCTTTCTGGCAATGAGAAGGTGACCATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAACCTCAATGACCGCCTGGCATCCTACCTGGACAGTGTGCATGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAACCTCAATGACCGCCTGGCATCCTACCTGGACAGTGTGCATGCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGAGGCCAACGCTGACCTGGAGCAGAAGATCAAGGGCTGGTATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGGAGGCCAACGCTGACCTGGAGCAGAAGATCAAGGGCTGGTATGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATTTGGGCCTGGCTCTTGCCGTGGTCTTGATCATGACTATAGCAGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATTTGGGCCTGGCTCTTGCCGTGGTCTTGATCATGACTATAGCAGATATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCCAATAATTGATGACCTTAAAAATCAG         ATCATCGCATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100401 TCCCAATAATTGATGACCTTAAAAATCAGGTA...TAGATCATCGCATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCACCAGCAATGCTAATGCTGTTCTGCAGATCGATAATGCCAGGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100816 ACCACCAGCAATGCTAATGCTGTTCTGCAGATCGATAATGCCAGGCTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCTGATGATTTCAGACTCAA         GTATGAAAATGAGCTGGCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100866 AGCTGATGATTTCAGACTCAAGTA...AAGGTATGAAAATGAGCTGGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTCACCAGAGTGTAGAGGCTGATGTCAATGGGTTACGAAGAGTTTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101276 TTCACCAGAGTGTAGAGGCTGATGTCAATGGGTTACGAAGAGTTTTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAATAACCCTGTGCAGAACAGATCTGGAGATTCAGTATGAAACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101326 GAAATAACCCTGTGCAGAACAGATCTGGAGATTCAGTATGAAACCCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGGAGATGACTTACCTCAAAAAGAACCATAAAGAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101376 TGAGGAGATGACTTACCTCAAAAAGAACCATAAAGAGGTA...TAGGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCAAGTTCTGCAGTGCGCAGCTGGAGGCAACGTGAACGTGGAGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103950 TGCAAGTTCTGCAGTGCGCAGCTGGAGGCAACGTGAACGTGGAGATGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCAGCCCCCGGGGTGGACCTCACAGTTCTGCTGAACAACATGCGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104000 GCAGCCCCCGGGGTGGACCTCACAGTTCTGCTGAACAACATGCGAGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTACGAAGCCCTTGCAGAGCAGAACCGCAGGGACGCGGAGGCCTGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104050 GTACGAAGCCCTTGCAGAGCAGAACCGCAGGGACGCGGAGGCCTGGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACGAGAAG         AGCGCCTCCCTGCAGCAGCAGATCTCTGAGGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104100 ACGAGAAGGTG...CAGAGCGCCTCCCTGCAGCAGCAGATCTCTGAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTCGGAGCCACAACCTCAGCCCGGAATGAGCTGACTGAAATGAAGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104226 GTCGGAGCCACAACCTCAGCCCGGAATGAGCTGACTGAAATGAAGCGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCTTCAAACCCTGGAAATTGAACTTCAGTCTCTCCTAGCCACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104276 TCTTCAAACCCTGGAAATTGAACTTCAGTCTCTCCTAGCCACGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958   AAACACTCCCTGGAGTGCTCCTTGACAGAGACCGAGAGCAACTACTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104673 AGAAACACTCCCTGGAGTGCTCCTTGACAGAGACCGAGAGCAACTACTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCGCAGCTGGCGCAGATCCAGGCTCAGATCGGGGCCCTGGAGGAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104723 GCGCAGCTGGCGCAGATCCAGGCTCAGATCGGGGCCCTGGAGGAGCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCACCAGGTCAGAACCGAGACCGAGGGCCAGAAGCTGGAGTATGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104773 GCACCAGGTCAGAACCGAGACCGAGGGCCAGAAGCTGGAGTATGAGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCCTGGACATCAAGCTCCACCTGGAAAAAGAAATTGAGACCTACTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104823 TCCTGGACATCAAGCTCCACCTGGAAAAAGAAATTGAGACCTACTGTCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTTATAGGAGGAGATGATGG         AGCCTGTAAGTCTGGGGGTTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104873 CTTATAGGAGGAGATGATGGGTA...CAGAGCCTGTAAGTCTGGGGGTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAAGTCTAAAGATTATGGATCTGGAAATGTGGGAAGTCAAGTCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105968 CAAGTCTAAAGATTATGGATCTGGAAATGTGGGAAGTCAAGTCAAAGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1244       ACCCAGCCAAAGCCATAGTGGTTAAGAAAGTTCTTGAGGAGGTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106018 ...CAGACCCAGCCAAAGCCATAGTGGTTAAGAAAGTTCTTGAGGAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GACCAACGCAGCAAAATACTTACCACCAGGCTCCACTCCCTGGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106930 GACCAACGCAGCAAAATACTTACCACCAGGCTCCACTCCCTGGAAGAGAA

   1400     .    :
   1338 ATCTCAAAGCAAT
        |||||||||||||
 106980 ATCTCAAAGCAAT