seq1 = pF1KE0554.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KE0554/gi568815576f_27892991.tfa (gi568815576f:27892991_28094647), 201657 bp

>pF1KE0554 720
>gi568815576f:27892991_28094647 (Chr22)

1-545  (100001-100545)   99% ->
546-720  (101483-101657)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAATGGCAGTAGTGGCCAGTGTCTGCCGGAACGACCTCCCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100001 ATGACAATGGCAGTAGTGGCCAGTGTCTGCCGGCACGACCTCCCATCATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGAAGGGGCAGCGCCAGTGGGGCGCAGATGCCTGCCATCACAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGAAGGGGCAGCGCCAGTGGGGCGCAGATGCCTGCCATCACAGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAACAGCAGGTAAATGGCACTTGTTTCCTCCAGGTGTGGAGATGCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAACAGCAGGTAAATGGCACTTGTTTCCTCCAGGTGTGGAGATGCTTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTGGGACCCCCTGCCATTTCTCAGGACACCCTCCTGCTCCTAGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTGGGACCCCCTGCCATTTCTCAGGACACCCTCCTGCTCCTAGCTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATCCAGCATCCTCATGAATGCGGGGCCCAAGGCCACCAACTGTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATCCAGCATCCTCATGAATGCGGGGCCCAAGGCCACCAACTGTTCCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGTCAGCCAGGCCTGTTGCCCCAGCCCTACACCCACAGCTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGTCAGCCAGGCCTGTTGCCCCAGCCCTACACCCACAGCTCACCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGGACTGGAGTGTGCTGCTGCACTGCTGGAGCCGGTCGCCCGGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGGACTGGAGTGTGCTGCTGCACTGCTGGAGCCGGTCGCCCGGGTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGTTGGGAAGAAGACAGCCGCTGGCAGGCCACTGGTTGGGGGGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGTTGGGAAGAAGACAGCCGCTGGCAGGCCACTGGTTGGGGGGTCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGAAGCCCACAGCGGTGAGGAGGGCCTGCCAGCCAGGGATGCCGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGAAGCCCACAGCGGTGAGGAGGGCCTGCCAGCCAGGGATGCCGCCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTGTTCTCCACACTCTGCTGGGACGTGTACATGGCATTGCGCTGCCCAT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTGTTCTCCACACTCTGCTGGGATGTGTACATGGCATTGCGCTGCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTGGATGCGCTGCAGGGATTTCTCCACCTGAGGGGGAATTGGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100501 TCTGGATGCGCTGCAGGGATTTCTCCACCTGAGGGGGAATTGGGGGTG..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546     TAAACACTGGGATGCCGGAGCTCAGGCATCCCAGACAGGAGGAAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 .CAGTAAACACTGGGATGCCGGAGCTCAGGCATCCCAGACAGGAGGAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGTACTCACACCAGCCAGGAGGAAACAAGCCTGCCTGGGAGGACAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101529 GTGTACTCACACCAGCCAGGAGGAAACAAGCCTGCCTGGGAGGACAGACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ATCAGCCCTGGCTGTCCCTCAGGAGCGGGGGGCCTCCAAGGCACACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101579 ATCAGCCCTGGCTGTCCCTCAGGAGCGGGGGGCCTCCAAGGCACACTGCC

    700     .    :    .    :    .
    692 CACTGGGTCAAGGAGTATCCAGGAGGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 101629 CACTGGGTCAAGGAGTATCCAGGAGGAGT