seq1 = pF1KE0553.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE0553/gi568815576f_38884071.tfa (gi568815576f:38884071_39092149), 208079 bp

>pF1KE0553 1071
>gi568815576f:38884071_39092149 (Chr22)

14-174  (100001-100161)   100% ->
175-454  (101742-102021)   98% ->
455-569  (102228-102342)   100% ->
570-723  (105387-105540)   100% ->
724-943  (107337-107556)   99% ->
944-1067  (107964-108086)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 TCAGAAATCCGATGGAGCGGATGTATCGAGACACATTCTACGACAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 TCAGAAATCCGATGGAGCGGATGTATCGAGACACATTCTACGACAACTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 GAAAACGAACCCATCCTCTATGGTCGGAGCTACACTTGGCTGTGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAACGAACCCATCCTCTATGGTCGGAGCTACACTTGGCTGTGCTATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 AGTGAAAATAAAGAGGGGCCGCTCAAATCTCCTTTGGGACACAGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTGAAAATAAAGAGGGGCCGCTCAAATCTCCTTTGGGACACAGGGGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    164 TTCGAGGCCAG         GTGTATTTCGAGCCTCAGTACCACGCAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||| ||||||||||||||||||||
 100151 TTCGAGGCCAGGTA...CAGGTGTATTTCAAGCCTCAGTACCACGCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 ATGTGCTTCCTCTCTTGGTTCTGTGGCAACCAGCTGCCTGCTTACAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 ATGTGCTTCCTCTCTTGGTTCTGTGGCAACCAGCTGCCTGCTTACAAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 TTTCCAGATCACCTGGTTTGTATCCTGGACCCCCTGCCCGGACTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 TTTCCAGATCACCTGGTTTGTATCCTGGACCCCCTGCCCGGACTGTGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 CGAAGCTGGCCGAATTCCTGTCTGAGCACCCCAATGTCACCCTGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 CGAAGCTGGCCGAATTCCTGTCTGAGCACCCCAATGTCACCCTGACCATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    355 TCCGCCGCCCGCCTCTACTACTACTGGGAAAGAGATTACCGAAGGGCGCT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101922 TCTGCCGCCCGCCTCTACTACTACTGGGAAAGAGATTACCGAAGGGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405 CTGCAGGCTGAGTCAGGCAGGAGCCCGCGTGAAGATCATGGACTATGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 101972 CTGCAGGCTGAGTCAGGCAGGAGCCCGCGTGACGATCATGGACTATGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455          AATTTGCATACTGCTGGGAAAACTTTGTGTACAATGAAGGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102022 GTG...CAGAATTTGCATACTGCTGGGAAAACTTTGTGTACAATGAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 CAGCAATTCATGCCTTGGTACAAATTCGATGAAAATTATGCATTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102269 CAGCAATTCATGCCTTGGTACAAATTCGATGAAAATTATGCATTCCTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 CCGCACGCTAAAGGAGATTCTCAG         ATACCTGATGGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102319 CCGCACGCTAAAGGAGATTCTCAGGTG...CAGATACCTGATGGATCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 ACACATTCACTTTCAACTTTAATAATGACCCTTTGGTCCTTCGACGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105404 ACACATTCACTTTCAACTTTAATAATGACCCTTTGGTCCTTCGACGGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637 CAGACCTACTTGTGCTATGAGGTGGAGCGCCTGGACAATGGCACCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105454 CAGACCTACTTGTGCTATGAGGTGGAGCGCCTGGACAATGGCACCTGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 CCTGATGGACCAGCACATGGGCTTTCTATGCAACGAG         TTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105504 CCTGATGGACCAGCACATGGGCTTTCTATGCAACGAGGTG...CAGTTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 ACCCGGCCCAGATCTACAGGGTCACTTGGTTCATCTCCTGGAGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107341 ACCCGGCCCAGATCTACAGGGTCACTTGGTTCATCTCCTGGAGCCCCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 TTCTCCTGGGGCTGTGCCGGGGAAGTGCGTGCGTTCCTTCAGGAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107391 TTCTCCTGGGGCTGTGCCGGGGAAGTGCGTGCGTTCCTTCAGGAGAACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 ACACGTGAGACTGCGCATCTTCGCTGCCCGCATCTATGATTATGACCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 107441 ACACGTGAGACTGCGCATCTTCGCTGCCCGCATCTATGATTACGACCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 TATATAAGGAGGCGCTGCAAATGCTGCGGGATGCTGGGGCCCAAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107491 TATATAAGGAGGCGCTGCAAATGCTGCGGGATGCTGGGGCCCAAGTCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 ATCATGACCTACGATG         AGTTTGAGTACTGCTGGGACACCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107541 ATCATGACCTACGATGGTA...CAGAGTTTGAGTACTGCTGGGACACCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 TGTGTACCGCCAGGGATGTCCCTTCCAGCCCTGGGATGGACTAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107989 TGTGTACCGCCAGGGATGTCCCTTCCAGCCCTGGGATGGACTAGAGGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1019 ACAGCCAAGCCCTGAGTGGGAGGCTGCGGGCCATTCTCCAGAATCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| -| ||||
 108039 ACAGCCAAGCCCTGAGTGGGAGGCTGCGGGCCATTCTCCAGG TGAGGG