seq1 = pF1KE0552.tfa, 906 bp
seq2 = pF1KE0552/gi568815576f_43325058.tfa (gi568815576f:43325058_43605613), 280556 bp

>pF1KE0552 906
>gi568815576f:43325058_43605613 (Chr22)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-334  (109977-110158)   100% ->
335-560  (149679-149904)   100% ->
561-676  (173178-173293)   100% ->
677-790  (177587-177700)   100% ->
791-906  (180441-180556)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATTCTCCCAGTCCCACGTGATGGCCGCTCGGCGGCACCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATTCTCCCAGTCCCACGTGATGGCCGCTCGGCGGCACCAGCACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGCTCATCATCGAGGTGGACGAGTACAGCTCCAACCCCACCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGCTCATCATCGAGGTGGACGAGTACAGCTCCAACCCCACCCAGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCTTCTACAACATCAACCAGGGCCGCTTCCAGCCACCGCATGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCTTCTACAACATCAACCAGGGCCGCTTCCAGCCACCGCATGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AT         GGTGGACCCGGTGCCTCACGATGCCCCCAAACCTCCAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTA...CAGGGTGGACCCGGTGCCTCACGATGCCCCCAAACCTCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACACCCGCTTCGTCTGCGTCTCTGATACCCACTCGAGGACGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110016 CTACACCCGCTTCGTCTGCGTCTCTGATACCCACTCGAGGACGGACCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCAGATGCCGTACGGCGACGTGCTGATCCACGCTGGGGACTTCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110066 TCCAGATGCCGTACGGCGACGTGCTGATCCACGCTGGGGACTTCACTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGGGCTCCCGAGCGAGGTGAAGAAGTTCAACGAGTGGCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110116 CTGGGGCTCCCGAGCGAGGTGAAGAAGTTCAACGAGTGGCTGGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   GCAGCCTGCCCTACGAGTACAAGATCGTGATCGCAGGCAACCACGAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149677 AGGCAGCCTGCCCTACGAGTACAAGATCGTGATCGCAGGCAACCACGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACCTTTGACCAGGAGTTCATGGCCGACCTCATCAAGCAGGACTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149727 TGACCTTTGACCAGGAGTTCATGGCCGACCTCATCAAGCAGGACTTTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACTTCCCATCTGTGTCGAAGCTGAAGCCGGAGAACTATGAGAATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149777 TACTTCCCATCTGTGTCGAAGCTGAAGCCGGAGAACTATGAGAATGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCGCTGCTGACCAACTGCATCTACCTTCAGGACTCGGAGGTCACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149827 GTCGCTGCTGACCAACTGCATCTACCTTCAGGACTCGGAGGTCACCGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGGCTTCCGGATCTATGGCTCCCCATG         GCAGCCCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 149877 GGGGCTTCCGGATCTATGGCTCCCCATGGTG...CAGGCAGCCCTGGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACGGCTGGGGCTTCAACCTCCCGCGAGGCCAAGCCCTGCTGGAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173191 TACGGCTGGGGCTTCAACCTCCCGCGAGGCCAAGCCCTGCTGGAGAAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAACCTCATTCCCGAAGGCGTAGACATCCTGATAACCCATGGACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173241 GAACCTCATTCCCGAAGGCGTAGACATCCTGATAACCCATGGACCACCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGG         GCTTCCTGGACTGGGTCCCCAAGAAGATGCAGCGGGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173291 TGGGTA...CAGGCTTCCTGGACTGGGTCCCCAAGAAGATGCAGCGGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCTGTGTGGAGCTGCTCAACACGGTGCAGAGGCGCGTCCAGCCGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177625 GGCTGTGTGGAGCTGCTCAACACGGTGCAGAGGCGCGTCCAGCCGCGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACATGTCTTTGGCCACATCCACGAAG         GGTATGGTGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 177675 ACATGTCTTTGGCCACATCCACGAAGGTC...CAGGGTATGGTGTCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGATGGGACGACCACCTATGTGAATGCGTCCGTATGCACTGTGAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180456 CAGATGGGACGACCACCTATGTGAATGCGTCCGTATGCACTGTGAACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGCCCGTGAACCCGCCCATAGTCATCGACCTCCCCACACCCCGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180506 CAGCCCGTGAACCCGCCCATAGTCATCGACCTCCCCACACCCCGGAACTC

    950 
    906 C
        |
 180556 C