seq1 = pF1KE0551.tfa, 861 bp
seq2 = pF1KE0551/gi568815576f_45185014.tfa (gi568815576f:45185014_45395712), 210699 bp

>pF1KE0551 861
>gi568815576f:45185014_45395712 (Chr22)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-208  (100928-101083)   100% ->
209-488  (102159-102438)   100% ->
489-571  (104048-104130)   98% ->
572-704  (108168-108300)   100% ->
705-861  (110547-110703)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCCGCTCTGGGCCCTGCTGGCCCTCGGCTGCCTGCGGTTCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCCGCTCTGGGCCCTGCTGGCCCTCGGCTGCCTGCGGTTCGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         CTGTGAACCTGCAGCCCCAACTGGCCAGTGTGACTTTCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTA...CAGCTGTGAACCTGCAGCCCCAACTGGCCAGTGTGACTTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACCAACAACCCCACACTTACCACTGTGGCCTTGGAAAAGCCTCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100967 CCACCAACAACCCCACACTTACCACTGTGGCCTTGGAAAAGCCTCTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTTTGACAGCAAAGAGGCCCTCACTGGCACCCACGAGGTCTACCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101017 ATGTTTGACAGCAAAGAGGCCCTCACTGGCACCCACGAGGTCTACCTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCCTGGTCGACTCAG         CCATTTCCAGGAATGCCTCAGTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101067 TGTCCTGGTCGACTCAGGTA...CAGCCATTTCCAGGAATGCCTCAGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGACAGCACCAACACCCCACTGGGCTCAACGTTCCTACAAACAGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102183 AAGACAGCACCAACACCCCACTGGGCTCAACGTTCCTACAAACAGAGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGAGGACAGGTCCCTACAAAGCTGTGGCCTTTGACCTGATCCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102233 GGGAGGACAGGTCCCTACAAAGCTGTGGCCTTTGACCTGATCCCCTGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTGCCCAGCCTGGATGCCATTGGGGATGTGTCCAAGGCCTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102283 TGACCTGCCCAGCCTGGATGCCATTGGGGATGTGTCCAAGGCCTCACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCTGAATGCCTACCTGGTCAGGGTGGGTGCCAACGGGACCTGCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102333 TCCTGAATGCCTACCTGGTCAGGGTGGGTGCCAACGGGACCTGCCTGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATCCCAACTTCCAGGGCCTCTGTAACGCACCCCTGTCGGCAGCCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102383 GATCCCAACTTCCAGGGCCTCTGTAACGCACCCCTGTCGGCAGCCACGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTACAG         GTTCAAGTATGTCCTGGTCAATATGTCCACGGGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102433 GTACAGGTG...CAGGTTCAAGTATGTCCTGGTCAATATGTCCACGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTAGAGGACCAGACCCTGTGGTCGGACCCCATCCGCACCAACCAGC  
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||>>
 104083 TGGTAGAGGACCAGACCCTGTGGTCAGACCCCATCCGCACCAACCAGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        TCACCCCATACTCGACGATCGACACGTGGCCAGGCCGGCGGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104133 A...CAGTCACCCCATACTCGACGATCGACACGTGGCCAGGCCGGCGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGAGGCATGATCGTCATCACTTCCATCCTGGGCTCCCTGCCCTTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108211 CGGAGGCATGATCGTCATCACTTCCATCCTGGGCTCCCTGCCCTTCTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TACTTGTGGGTTTTGCTGGCGCCATTGCCCTCAGCCTCGT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108261 TACTTGTGGGTTTTGCTGGCGCCATTGCCCTCAGCCTCGTGTA...CAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACATGGGGAGTTCTGATGGGGAAACGACTCACGACTCCCAAATCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110548 GACATGGGGAGTTCTGATGGGGAAACGACTCACGACTCCCAAATCACTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAGGCTGTTCCCAAGTCGCTGGGGGCCTCGGAGTCTTCCTACACGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110598 GGAGGCTGTTCCCAAGTCGCTGGGGGCCTCGGAGTCTTCCTACACGTCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGAACCGGGGGCCGCCACTGGACAGGGCTGAGGTGTATTCCAGCAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110648 TGAACCGGGGGCCGCCACTGGACAGGGCTGAGGTGTATTCCAGCAAGCTC

    900     .
    856 CAGGAC
        || |||
 110698 CAAGAC