seq1 = pF1KE0543.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE0543/gi568815576f_17481035.tfa (gi568815576f:17481035_17690233), 209199 bp

>pF1KE0543 945
>gi568815576f:17481035_17690233 (Chr22)

1-20  (98911-98930)   100% ->
21-143  (100003-100125)   100% ->
144-199  (100324-100379)   100% ->
200-290  (101529-101619)   100% ->
291-409  (102382-102500)   100% ->
410-575  (106102-106267)   100% ->
576-730  (106891-107045)   100% ->
731-806  (108556-108631)   100% ->
807-945  (109061-109199)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCACCAGGATCTGAG         CATCACAGCCAAACTCATCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  98911 ATGACCCACCAGGATCTGAGGTG...TAGCATCACAGCCAAACTCATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGAGGTGTAGCAGGGCTCGTGGGGGTGACCTGCGTGTTCCCCATCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 TGGAGGTGTAGCAGGGCTCGTGGGGGTGACCTGCGTGTTCCCCATCGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCAAGACTCGCCTGCAGAACCAGCATGGGAAAGCCATGTACAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 TGGCCAAGACTCGCCTGCAGAACCAGCATGGGAAAGCCATGTACAAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AT         GATCGACTGCCTGATGAAGACGGCTCGGGCGGAGGGCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 ATGTA...CAGGATCGACTGCCTGATGAAGACGGCTCGGGCGGAGGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCGGCATGTACCGAG         GGGCTGCAGTGAACCTCACTCTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100363 CTTCGGCATGTACCGAGGTG...CAGGGGCTGCAGTGAACCTCACTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCACTCCAGAGAAGGCCATCAAGCTGGCGGCCAACGACTTTTTCCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101553 TCACTCCAGAGAAGGCCATCAAGCTGGCGGCCAACGACTTTTTCCGGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCTCATGGAAGATGG         GATGCAGCGGAACCTGAAGATGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101603 CTGCTCATGGAAGATGGGTA...TAGGATGCAGCGGAACCTGAAGATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GATGCTTGCCGGGTGTGGGGCTGGGATGTGCCAGGTCGTGGTGACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102406 GATGCTTGCCGGGTGTGGGGCTGGGATGTGCCAGGTCGTGGTGACCTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATGGAAATGCTCAAGATTCAGCTGCAGGATGCTGGACGCCTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102456 CCATGGAAATGCTCAAGATTCAGCTGCAGGATGCTGGACGCCTGGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    410     CCGTCCATCATCAGGGCTCGGCCTCAGCACCCTCCACCTCCAGGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 .CAGCCGTCCATCATCAGGGCTCGGCCTCAGCACCCTCCACCTCCAGGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTACACAACTGGTTCGGCTTCCACCCACAGGCGCCCCTCTGCCACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106148 CTACACAACTGGTTCGGCTTCCACCCACAGGCGCCCCTCTGCCACCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGCCTGGGAGCTGCTCCGCACTCAGGGCCTGGCTGGGCTCTACAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106198 TTGCCTGGGAGCTGCTCCGCACTCAGGGCCTGGCTGGGCTCTACAGGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGGTGCCACTCTCCTCAG         AGACATTCCTTTCTCCATCAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106248 CTGGGTGCCACTCTCCTCAGGTG...CAGAGACATTCCTTTCTCCATCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTACTTCCCACTGTTTGCCAACCTTAACAACCTGGGGTTCAACGAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106912 CTACTTCCCACTGTTTGCCAACCTTAACAACCTGGGGTTCAACGAGCTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCGGTAAGGCGTCCTTTGCACATTCCTTCGTGTCAGGCTGTGTGGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106962 CCGGTAAGGCGTCCTTTGCACATTCCTTCGTGTCAGGCTGTGTGGCAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCATAGCTGCGGTCGCAGTGACGCCTCTAGATG         TTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107012 TCCATAGCTGCGGTCGCAGTGACGCCTCTAGATGGTA...TAGTTCTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AACTCGAATCCAAACCCTCAAGAAAGGCCTGGGCGAGGACATGTACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108563 AACTCGAATCCAAACCCTCAAGAAAGGCCTGGGCGAGGACATGTACAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGATCACCGACTGTGCCAG         GAAACTCTGGATTCAGGAGGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108613 GGATCACCGACTGTGCCAGGTG...CAGGAAACTCTGGATTCAGGAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCATCTGCCTTCATGAAAGGCGCTGGCTGCCGGGCACTGGTCATAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109083 CCATCTGCCTTCATGAAAGGCGCTGGCTGCCGGGCACTGGTCATAGCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCTCTTTGGGATTGCTCAAGGGGTCTATTTTATTGGGATTGGAGAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109133 TCTCTTTGGGATTGCTCAAGGGGTCTATTTTATTGGGATTGGAGAGCGCA

   1000     .    :    .
    929 TCTTAAAGTGTTTTGAC
        |||||||||||||||||
 109183 TCTTAAAGTGTTTTGAC