seq1 = pF1KE0542.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KE0542/gi568815576r_40670837.tfa (gi568815576r:40670837_40919248), 248412 bp

>pF1KE0542 921
>gi568815576r:40670837_40919248 (Chr22)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-115  (120166-120226)   100% ->
116-182  (124669-124735)   100% ->
183-334  (126573-126724)   100% ->
335-451  (140124-140240)   100% ->
452-597  (141876-142021)   100% ->
598-693  (142114-142209)   98% ->
694-776  (145230-145312)   100% ->
777-921  (148268-148412)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCGTGCTGTCCTACGAAAGCCTGGTCCACGCCGTGGCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCCGTGCTGTCCTACGAAAGCCTGGTCCACGCCGTGGCCGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTG         GGAAGCGTGACAGCAATGACAGTGTTTTTTCCCCTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGGTG...CAGGGAAGCGTGACAGCAATGACAGTGTTTTTTCCCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATACAGCTAGACTTCGACTTCAGG         TTGATGAGAAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120203 ATACAGCTAGACTTCGACTTCAGGGTA...TAGTTGATGAGAAAAGAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCAAAACTACACACATGGTGCTCCTGGAGATCATTAAAGAAGAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124686 TCCAAAACTACACACATGGTGCTCCTGGAGATCATTAAAGAAGAAGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183          CCTGGCACCATATCGAGGGTGGTTTCCAGTGATTTCCAGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124736 GTG...TAGCCTGGCACCATATCGAGGGTGGTTTCCAGTGATTTCCAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCTGCTGCTCCAATTTTGTCTATTTCTACACTTTTAATAGCCTCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126614 TCTGCTGCTCCAATTTTGTCTATTTCTACACTTTTAATAGCCTCAAAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTCTGGGTCAAAGGTCAACATTCTACCACTGGAAAAGATCTGGTAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126664 CTCTGGGTCAAAGGTCAACATTCTACCACTGGAAAAGATCTGGTAGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTTGTTGCAG         GAGTGGTTAATGTGTTGCTAACAACTCCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 126714 GTTTGTTGCAGGTA...AAGGAGTGGTTAATGTGTTGCTAACAACTCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTGGGTGGTAAACACCAGACTGAAGCTTCAAGGAGCAAAATTTAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140154 TCTGGGTGGTAAACACCAGACTGAAGCTTCAAGGAGCAAAATTTAGGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAGACATTGTACCAACAAACTACAAAGGTATCATTG         ATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 140204 GAAGACATTGTACCAACAAACTACAAAGGTATCATTGGTA...TAGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTTTCATCAGATCATTCGCGATGAAGGAATCTCGGCTTTATGGAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141880 TTTTCATCAGATCATTCGCGATGAAGGAATCTCGGCTTTATGGAATGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CATTTCCCTCATTGCTGTTGGTCTTCAATCCTGCCATCCAGTTCATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141930 CATTTCCCTCATTGCTGTTGGTCTTCAATCCTGCCATCCAGTTCATGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGAAGGTTTAAAACGGCAGCTTTTAAAGAAACGGATGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 141980 TATGAAGGTTTAAAACGGCAGCTTTTAAAGAAACGGATGAAGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  CTTTCTTCCTTGGATGTGTTCATCATTGGTGCAGTAGCCAAAGCGATTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142113 GCTTTCTTCCTTGGATGTGTTCATCATTGGTGCAGTAGCCAAAGCGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCACCACGGTGACCTATCCCCTGCAGACAGTACAGTCAATTCTGAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>
 142163 CCACCACGGTGACCTATCCCCTGCAGACGGTACAGTCAATTCTGAGGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694       TTTGGGCGTCATAGACTAAACCCAGAAAACAGAACATTGGGAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142213 ...CAGTTTGGGCGTCATAGACTAAACCCAGAAAACAGAACATTGGGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCTTCGGAATATTCTCTATCTTCTTCACCAACGAGTAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 145274 TCTTCGGAATATTCTCTATCTTCTTCACCAACGAGTAAGGTG...TAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTTTTGGAATAATGGGACTCTACAAAGGCCTTGAAGCCAAACTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148270 GTTTTGGAATAATGGGACTCTACAAAGGCCTTGAAGCCAAACTGCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACAGTCCTCACTGCTGCTCTCATGTTCCTTGTTTATGAGAAACTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148320 ACAGTCCTCACTGCTGCTCTCATGTTCCTTGTTTATGAGAAACTGACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCCACCTTCACAGTTATGGGGCTGAAGCGTGCACACCAACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148370 TGCCACCTTCACAGTTATGGGGCTGAAGCGTGCACACCAACAC