seq1 = pF1KE0539.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KE0539/gi568815576r_39212943.tfa (gi568815576r:39212943_39418593), 205651 bp

>pF1KE0539 1209
>gi568815576r:39212943_39418593 (Chr22)

(complement)

1-196  (100000-100194)   98% ->
197-365  (100965-101133)   100% ->
366-501  (101753-101888)   100% ->
502-688  (103039-103225)   100% ->
689-849  (103748-103908)   100% ->
850-951  (104386-104487)   100% ->
952-1047  (104865-104960)   100% ->
1048-1167  (105284-105403)   100% ->
1168-1209  (105610-105651)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCACAGAAAGTTCTCCGCTCCCAGACATGGGTCCCTCGGCTTCCT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTCTCACAGAAAGTTCTCCGCTCCCAGACATGGGTCCCTCGGCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTCGGAAGCGCAGCAGCAGGCATCGTGGGAAGGTGAAGAGCTTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GCCTCGGAAGCGCAGCAGCAGGCATCGTGGGAAGGTGAAGAGCTTCCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATGACCCATCCAAGCCGGTCCACCTCACAGCCTTCCTGGGATACAAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AGGATGACCCGTCCAAGCCGGTCCACCTCACAGCCTTCCTGGGATACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGGCATGACTCACATCGTGCGGGAAGTCGACAGGCCGGGATCCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100149 GCTGGCATGACTCACATCGTGCGGGAAGTCGACAGGCCGGGATCCAGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      AGGTGAACAAGAAGGAGGTGGTGGAGGCTGTGACCATTGTAGAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 ..CAGAGGTGAACAAGAAGGAGGTGGTGGAGGCTGTGACCATTGTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCACCCATGGTGGTTGTGGGCATTGTGGGCTACGTGGAAACCCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101010 CACCACCCATGGTGGTTGTGGGCATTGTGGGCTACGTGGAAACCCCTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCCTCCGGACCTTCAAGACTGTCTTTGCTGAGCACATCAGTGATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101060 GGCCTCCGGACCTTCAAGACTGTCTTTGCTGAGCACATCAGTGATGAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGAGGCGTTTCTATAAGAATTG         GCATAAATCTAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101110 CAAGAGGCGTTTCTATAAGAATTGGTA...AAGGCATAAATCTAAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGCCTTTACCAAGTACTGCAAGAAATGGCAGGATGAGGATGGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101770 AGGCCTTTACCAAGTACTGCAAGAAATGGCAGGATGAGGATGGCAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCTGGAGAAGGACTTCAGCAGCATGAAGAAGTACTGCCAAGTCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 CAGCTGGAGAAGGACTTCAGCAGCATGAAGAAGTACTGCCAAGTCATCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTCATTGCCCACACCCAG         ATGCGCCTGCTTCCTCTGCGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101870 TGTCATTGCCCACACCCAGGTG...TAGATGCGCCTGCTTCCTCTGCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGAAGAAGGCCCACCTGATGGAGATCCAGGTGAACGGAGGCACTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103061 AGAAGAAGGCCCACCTGATGGAGATCCAGGTGAACGGAGGCACTGTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGAAGCTGGACTGGGCCCGCGAGAGGCTTGAGCAGCAGGTACCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103111 GAGAAGCTGGACTGGGCCCGCGAGAGGCTTGAGCAGCAGGTACCTGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCAAGTGTTTGGGCAGGATGAGATGATCGACGTCATCGGGGTGACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103161 CCAAGTGTTTGGGCAGGATGAGATGATCGACGTCATCGGGGTGACCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAAAGGCTACAAAG         GGGTCACCAGTCGTTGGCACACCAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103211 GCAAAGGCTACAAAGGTG...CAGGGGTCACCAGTCGTTGGCACACCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGCTGCCCCGCAAGACCCACCGAGGCCTGCGCAAGGTGGCCTGTATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 AAGCTGCCCCGCAAGACCCACCGAGGCCTGCGCAAGGTGGCCTGTATTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCATGGCATCCTGCTCGTGTAGCCTTCTCTGTGGCACGCGCTGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 GGCATGGCATCCTGCTCGTGTAGCCTTCTCTGTGGCACGCGCTGGGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGGCTACCATCACCGCACTGAGATCAACAAGAAG         ATTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103874 AAGGCTACCATCACCGCACTGAGATCAACAAGAAGGTG...CAGATTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGATTGGCCAGGGCTACCTTATCAAGGACGGCAAGCTGATCAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104392 AAGATTGGCCAGGGCTACCTTATCAAGGACGGCAAGCTGATCAAGAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCCTCCACTGACTATGACCTATCTGACAAGAGCATCAACCCTCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104442 TGCCTCCACTGACTATGACCTATCTGACAAGAGCATCAACCCTCTGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952      GGTGGCTTTGTCCACTATGGTGAAGTGACCAATGACTTTGTCATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104492 ..CAGGGTGGCTTTGTCCACTATGGTGAAGTGACCAATGACTTTGTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGAAAGGCTGTGTGGTGGGAACCAAGAAGCGGGTGCTCACCCTCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104910 CTGAAAGGCTGTGTGGTGGGAACCAAGAAGCGGGTGCTCACCCTCCGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 G         TCCTTGCTGGTGCAGACGAAGCGGCGGGCTCTGGAGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104960 GGTG...TAGTCCTTGCTGGTGCAGACGAAGCGGCGGGCTCTGGAGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGACCTTAAGTTCATTGACACCACCTCCAAGTTTGGCCATGGCCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105324 TTGACCTTAAGTTCATTGACACCACCTCCAAGTTTGGCCATGGCCGCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGACCATGGAGGAGAAGAAAGCATTCATG         GGACCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105374 CAGACCATGGAGGAGAAGAAAGCATTCATGGTG...CAGGGACCACTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1179 GAAAGACCGAATTGCAAAGGAAGAAGGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 105621 GAAAGACCGAATTGCAAAGGAAGAAGGAGCT