seq1 = pF1KE0534.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KE0534/gi568815576f_20915175.tfa (gi568815576f:20915175_21126614), 211440 bp

>pF1KE0534 1323
>gi568815576f:20915175_21126614 (Chr22)

1-164  (100001-100164)   100% ->
165-315  (100768-100918)   99% ->
316-387  (102815-102886)   100% ->
388-463  (107502-107577)   100% ->
464-557  (107768-107861)   100% ->
558-638  (107944-108024)   100% ->
639-780  (108101-108242)   100% ->
781-890  (108335-108444)   100% ->
891-984  (110631-110724)   100% ->
985-1050  (110837-110902)   100% ->
1051-1128  (111078-111155)   100% ->
1129-1323  (111246-111440)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCCCGCAGCTAGCAGGAGCTGGCAGCATGGGCTCCCCAGGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCCCGCAGCTAGCAGGAGCTGGCAGCATGGGCTCCCCAGGGGCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACAGGCTGGGGGCTTCTGGATTATAAGACGGAGAAGTATGTGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAGGCTGGGGGCTTCTGGATTATAAGACGGAGAAGTATGTGATGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAACTGGCGGGTGGGCGCCCTGCAGAGGCTGCTGCAGTTTGGGATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAACTGGCGGGTGGGCGCCCTGCAGAGGCTGCTGCAGTTTGGGATCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTATGTGGTAGG         GTGGGCGCTCCTCGCCAAAAAAGGCTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||| ||||||||||||||||||||
 100151 GTCTATGTGGTAGGGTA...CAGGTGGGCTCTCCTCGCCAAAAAAGGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGGAGCGGGACCTGGAACCCCAGTTTTCCATCATCACCAAACTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100795 CCAGGAGCGGGACCTGGAACCCCAGTTTTCCATCATCACCAAACTCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGTTTCCGTCACTCAGATCAAGGAGCTTGGAAACCGGCTGTGGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100845 GGGTTTCCGTCACTCAGATCAAGGAGCTTGGAAACCGGCTGTGGGATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCGACTTCGTGAAGCCACCTCAG         GGAGAGAACGTGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100895 GCCGACTTCGTGAAGCCACCTCAGGTG...TAGGGAGAGAACGTGTTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTGGTGACCAACTTCCTTGTGACGCCAGCCCAAGTTCAGGGCAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 CTTGGTGACCAACTTCCTTGTGACGCCAGCCCAAGTTCAGGGCAGATGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAG         CACCCGTCCGTCCCACTGGCTAACTGCTGGGTCGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102882 CAGAGGTG...CAGCACCCGTCCGTCCCACTGGCTAACTGCTGGGTCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGACTGCCCCGAAGGGGAGGGAGGCACACACAGCCACG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107538 GAGGACTGCCCCGAAGGGGAGGGAGGCACACACAGCCACGGTA...TAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTAAAAACAGGCCAGTGTGTGGTGTTCAATGGGACCCACAGGACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107769 TGTAAAAACAGGCCAGTGTGTGGTGTTCAATGGGACCCACAGGACCTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGATCTGGAGTTGGTGCCCCGTGGAGAGTGGCGTTGTGCCCTC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107819 AGATCTGGAGTTGGTGCCCCGTGGAGAGTGGCGTTGTGCCCTCGTA...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    558   GAGGCCCCTGCTGGCCCAGGCCCAGAACTTCACACTGTTCATCAAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107942 AGGAGGCCCCTGCTGGCCCAGGCCCAGAACTTCACACTGTTCATCAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACAGTCACCTTCAGCAAGTTCAACTTCTCTAA         GTCCAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107992 CACAGTCACCTTCAGCAAGTTCAACTTCTCTAAGTA...CAGGTCCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTTGGAGACCTGGGACCCCACCTATTTTAAGCACTGCCGCTATGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108109 CCTTGGAGACCTGGGACCCCACCTATTTTAAGCACTGCCGCTATGAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAATTCAGCCCCTACTGTCCCGTGTTCCGCATTGGGGACCTCGTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108159 CAATTCAGCCCCTACTGTCCCGTGTTCCGCATTGGGGACCTCGTGGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCTGGAGGGACCTTCGAGGACCTGGCGTTGCTG         GGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108209 GGCTGGAGGGACCTTCGAGGACCTGGCGTTGCTGGTG...CAGGGTGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGTAGGCATCAGAGTTCACTGGGATTGTGACCTGGACACCGGGGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108342 CTGTAGGCATCAGAGTTCACTGGGATTGTGACCTGGACACCGGGGACTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCTGCTGGCCTCACTACTCCTTCCAGCTGCAGGAGAAGAGCTACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108392 GGCTGCTGGCCTCACTACTCCTTCCAGCTGCAGGAGAAGAGCTACAACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAG         GACAGCCACTCACTGGTGGGAGCAACCGGGTGTGGAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108442 CAGGTG...CAGGACAGCCACTCACTGGTGGGAGCAACCGGGTGTGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCGCACCCTGCTCAAGCTCTATGGAATCCGCTTCGACATCCTCGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110669 CCCGCACCCTGCTCAAGCTCTATGGAATCCGCTTCGACATCCTCGTCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGCAG         GCAGGGAAGTTCGGGCTCATCCCCACGGCCGTCAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110719 GGGCAGGTA...CAGGCAGGGAAGTTCGGGCTCATCCCCACGGCCGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACTGGGCACCGGGGCAGCTTGGCTGGGCGTG         GTCACCTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110872 ACTGGGCACCGGGGCAGCTTGGCTGGGCGTGGTG...CAGGTCACCTTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCTGTGACCTGCTACTGCTGTATGTGGATAGAGAAGCCCATTTCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111088 TCTGTGACCTGCTACTGCTGTATGTGGATAGAGAAGCCCATTTCTACTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGGACAAAGTATGAGGAG         GCCAAGGCCCCGAAAGCAACCGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111138 AGGACAAAGTATGAGGAGGTG...CAGGCCAAGGCCCCGAAAGCAACCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAACTCTGTGTGGAGGGAGCTGGCCCTTGCATCCCAAGCCCGACTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111269 CAACTCTGTGTGGAGGGAGCTGGCCCTTGCATCCCAAGCCCGACTGGCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGTGCCTCAGACGGAGCTCAGCACCTGCACCCACGGCCACTGCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111319 AGTGCCTCAGACGGAGCTCAGCACCTGCACCCACGGCCACTGCTGCTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGTCAGACACAGACACCAGGATGGCCCTGTCCAAGTTCTGACACCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111369 AGTCAGACACAGACACCAGGATGGCCCTGTCCAAGTTCTGACACCCACTT

   1400     .    :    .    :
   1302 GCCAACCCATTCCGGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||
 111419 GCCAACCCATTCCGGGAGCCTG