seq1 = pF1KE0531.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KE0531/gi568815576r_41960282.tfa (gi568815576r:41960282_42168576), 208295 bp

>pF1KE0531 1233
>gi568815576r:41960282_42168576 (Chr22)

(complement)

1-16  (98280-98295)   100% ->
17-152  (100003-100138)   100% ->
153-324  (100641-100812)   100% ->
325-502  (101287-101464)   100% ->
503-597  (101773-101867)   100% ->
598-759  (102678-102839)   100% ->
760-957  (105553-105750)   100% ->
958-1101  (107510-107653)   100% ->
1102-1233  (108164-108295)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGAAGACAG         TGCTCTTGCTGGGACATGTGGCCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  98280 ATGCTGCTGAAGACAGGTA...TAGTGCTCTTGCTGGGACATGTGGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGCTGATGCTGGACAATGGGCTCCTGCAGACACCACCCATGGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 GGTGCTGATGCTGGACAATGGGCTCCTGCAGACACCACCCATGGGCTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCTGGGAACGCTTCCGCTGCAACATTAACTGTGATGAGGACCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 TGGCCTGGGAACGCTTCCGCTGCAACATTAACTGTGATGAGGACCCAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTGCATAAG         TGAACAGCTCTTCATGGAGATGGCTGACCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 AACTGCATAAGGTG...TAGTGAACAGCTCTTCATGGAGATGGCTGACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATGGCACAGGATGGATGGCGGGACATGGGCTACACATACCTCAACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100671 GATGGCACAGGATGGATGGCGGGACATGGGCTACACATACCTCAACATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACTGCTGGATCGGTGGTCGCGATGCCAGTGGCCGCCTGATGCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 ATGACTGCTGGATCGGTGGTCGCGATGCCAGTGGCCGCCTGATGCCGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCAAGCGCTTCCCTCATGGCATTCCTTTCCTGGCTGACTAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100771 CCCAAGCGCTTCCCTCATGGCATTCCTTTCCTGGCTGACTACGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  GTTCACTCCCTGGGCCTGAAGTTGGGTATCTACGCGGACATGGGCAACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 GGTTCACTCCCTGGGCCTGAAGTTGGGTATCTACGCGGACATGGGCAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCACCTGCATGGGTTACCCAGGCACCACACTGGACAAGGTGGTCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101336 TCACCTGCATGGGTTACCCAGGCACCACACTGGACAAGGTGGTCCAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTCAGACCTTCGCCGAGTGGAAGGTAGACATGCTCAAGCTGGATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101386 GCTCAGACCTTCGCCGAGTGGAAGGTAGACATGCTCAAGCTGGATGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCTCCACCCCCGAGGAGCGGGCCCAGG         GGTACCCCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101436 CTTCTCCACCCCCGAGGAGCGGGCCCAGGGTG...TAGGGTACCCCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCTGCTGCCCTGAATGCCACAGGCCGCCCCATCGCCTTCTCCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101785 TGGCTGCTGCCCTGAATGCCACAGGCCGCCCCATCGCCTTCTCCTGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGCCAGCCTATGAAGGCGGCCTCCCCCCAAGG         GTGAACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101835 TGGCCAGCCTATGAAGGCGGCCTCCCCCCAAGGGTA...CAGGTGAACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGTCTGCTGGCGGACATCTGCAACCTCTGGCGTAACTATGATGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102686 CAGTCTGCTGGCGGACATCTGCAACCTCTGGCGTAACTATGATGACATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGACTCCTGGTGGAGCGTGCTCTCCATCCTGAATTGGTTCGTGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102736 AGGACTCCTGGTGGAGCGTGCTCTCCATCCTGAATTGGTTCGTGGAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGGACATACTGCAGCCAGTGGCCGGCCCTGGGCACTGGAATGACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102786 CAGGACATACTGCAGCCAGTGGCCGGCCCTGGGCACTGGAATGACCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATG         CTGCTCATTGGGAACTTTGGTCTCAGCTTAGAGCAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102836 CATGGTA...CAGCTGCTCATTGGGAACTTTGGTCTCAGCTTAGAGCAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCGGGCCCAGATGGCCCTGTGGACGGTGCTGGCAGCCCCCCTCTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105590 CCCGGGCCCAGATGGCCCTGTGGACGGTGCTGGCAGCCCCCCTCTTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCACAGACCTGCGTACCATCTCCGCCCAGAACATGGACATTCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105640 TCCACAGACCTGCGTACCATCTCCGCCCAGAACATGGACATTCTGCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCCACTCATGATCAAAATCAACCAGGATCCCTTAGGCATCCAGGGACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105690 TCCACTCATGATCAAAATCAACCAGGATCCCTTAGGCATCCAGGGACGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGATTCACAAG         GAAAAATCTCTCATCGAAGTGTACATGCGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105740 GGATTCACAAGGTA...CAGGAAAAATCTCTCATCGAAGTGTACATGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTCTGTCCAACAAGGCTAGCGCCTTAGTCTTCTTCAGCTGCAGGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107540 CCTCTGTCCAACAAGGCTAGCGCCTTAGTCTTCTTCAGCTGCAGGACCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TATGCCTTATCGCTACCACTCCTCCCTTGGCCAGCTGAACTTCACCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107590 TATGCCTTATCGCTACCACTCCTCCCTTGGCCAGCTGAACTTCACCGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGTGATATATGAG         GCCCAGGACGTCTACTCAGGTGACATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107640 CTGTGATATATGAGGTG...CAGGCCCAGGACGTCTACTCAGGTGACATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCAGTGGCCTCCGAGATGAAACCAACTTCACAGTGATCATCAACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108191 ATCAGTGGCCTCCGAGATGAAACCAACTTCACAGTGATCATCAACCCTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGGGGTAGTGATGTGGTACCTGTATCCCATCAAGAACCTGGAGATGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 AGGGGTAGTGATGTGGTACCTGTATCCCATCAAGAACCTGGAGATGTCCC

   1300     .
   1229 AGCAG
        |||||
 108291 AGCAG