seq1 = pF1KE0525.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KE0525/gi568815576f_24395404.tfa (gi568815576f:24395404_24625791), 230388 bp

>pF1KE0525 1152
>gi568815576f:24395404_24625791 (Chr22)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-276  (104704-104875)   100% ->
277-364  (106723-106810)   100% ->
365-459  (115346-115440)   100% ->
460-621  (117921-118082)   100% ->
622-791  (119798-119967)   100% ->
792-873  (124984-125065)   100% ->
874-916  (126583-126625)   100% ->
917-1071  (128216-128370)   100% ->
1072-1152  (130308-130388)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCGCTGAGTGGAAGTCGCTGGAGGAATGCTTGGAGAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCGCTGAGTGGAAGTCGCTGGAGGAATGCTTGGAGAAGCACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCTCCCCGACTTGCAGGAAGTGAAGCGCGTTCTCTATGGCAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCTCCCCGACTTGCAGGAAGTGAAGCGCGTTCTCTATGGCAAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAG         GAAGCTTGATCTGCCCAGGGAAGCTTTCGAAGCTGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAGGTC...TAGGAAGCTTGATCTGCCCAGGGAAGCTTTCGAAGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCAGAGAAGACTTTGAACTGCAGGGATATGCCTTTGAAGCAGCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104741 TCCAGAGAAGACTTTGAACTGCAGGGATATGCCTTTGAAGCAGCGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCTGAGACGACCCCGCATTGTGCACGTGGGGCTGGTTCAGAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104791 GCAGCTGAGACGACCCCGCATTGTGCACGTGGGGCTGGTTCAGAACAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCCCCTCCCCGCAAATGCCCCTGTGGCAGAACAG         GTCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104841 TCCCCCTCCCCGCAAATGCCCCTGTGGCAGAACAGGTG...CAGGTCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCTTCATAGACGCATAAAGGCTATCGTAGAGGTGGCTGCAATGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106729 GCCCTTCATAGACGCATAAAGGCTATCGTAGAGGTGGCTGCAATGTGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTCAACATCATCTGTTTCCAGGAAGCATGGA         CTATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106779 AGTCAACATCATCTGTTTCCAGGAAGCATGGAGTG...TAGCTATGCCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGCCTTCTGTACGAGAGAGAAGCTTCCTTGGACAGAATTTGCTGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115355 TTGCCTTCTGTACGAGAGAGAAGCTTCCTTGGACAGAATTTGCTGAGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGAGGATGGGCCCACCACCAGATTCTGTCAGAAG         CTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115405 GCAGAGGATGGGCCCACCACCAGATTCTGTCAGAAGGTA...CAGCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGAACCATGACATGGTGGTGGTGTCTCCCATCCTGGAACGAGACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117926 GAAGAACCATGACATGGTGGTGGTGTCTCCCATCCTGGAACGAGACAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCATGGGGATGTTTTGTGGAATACAGCCGTGGTGATCTCCAATTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117976 AGCATGGGGATGTTTTGTGGAATACAGCCGTGGTGATCTCCAATTCCGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAGTCCTGGGAAAGACCAGGAAAAACCACATCCCCAGAGTGGGTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118026 GCAGTCCTGGGAAAGACCAGGAAAAACCACATCCCCAGAGTGGGTGATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACGAG         TCAACTTACTACATGGAGGGAAACCTGGGCCACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118076 CAACGAGGTG...CAGTCAACTTACTACATGGAGGGAAACCTGGGCCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCGTGTTCCAGACGCAGTTCGGAAGGATCGCGGTGAACATTTGCTACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119832 CCGTGTTCCAGACGCAGTTCGGAAGGATCGCGGTGAACATTTGCTACGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGCACCACCCCCTCAACTGGCTTATGTACAGCATCAACGGGGCTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119882 CGGCACCACCCCCTCAACTGGCTTATGTACAGCATCAACGGGGCTGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCTTCAACCCCTCGGCCACGATAGGAGCACTCAG         CGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119932 CATCTTCAACCCCTCGGCCACGATAGGAGCACTCAGGTC...CAGCGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCTGTGGCCCATCGAGGCCAGAAACGCAGCCATTGCCAATCACTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124989 CCCTGTGGCCCATCGAGGCCAGAAACGCAGCCATTGCCAATCACTGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCTGCGCCATCAATCGAGTGGGCACC         GAGCACTTCCCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125039 ACCTGCGCCATCAATCGAGTGGGCACCGTA...CAGGAGCACTTCCCGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGAGTTTACCTCGGGAGATGGAAAGAAAG         CTCACCAGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126597 CGAGTTTACCTCGGGAGATGGAAAGAAAGGTA...AAGCTCACCAGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGGCTACTTTTATGGCTCGAGCTATGTGGCAGCCCCTGACAGCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128228 TTGGCTACTTTTATGGCTCGAGCTATGTGGCAGCCCCTGACAGCAGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACTCCTGGGCTGTCCCGTAGCCGGGATGGACTGCTAGTTGCTAAGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128278 ACTCCTGGGCTGTCCCGTAGCCGGGATGGACTGCTAGTTGCTAAGCTCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTAAACCTCTGCCAGCAGGTGAATGATGTCTGGAACTTCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 128328 CCTAAACCTCTGCCAGCAGGTGAATGATGTCTGGAACTTCAAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072   ATGACGGGCAGGTATGAGATGTACGCACGGGAGCTCGCCGAAGCTGTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130306 AGATGACGGGCAGGTATGAGATGTACGCACGGGAGCTCGCCGAAGCTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :
   1120 AAGTCCAACTACAGCCCCACCATCGTGAAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 130356 AAGTCCAACTACAGCCCCACCATCGTGAAAGAG