seq1 = pF1KE0521.tfa, 828 bp
seq2 = pF1KE0521/gi568815576f_19936799.tfa (gi568815576f:19936799_20164659), 227861 bp

>pF1KE0521 828
>gi568815576f:19936799_20164659 (Chr22)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-145  (106557-106645)   100% ->
146-265  (115667-115786)   100% ->
266-380  (116639-116753)   100% ->
381-451  (119145-119215)   100% ->
452-605  (124732-124885)   100% ->
606-710  (126540-126644)   100% ->
711-828  (127744-127861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCATCATCTTCTTTAAGTTTGATCCTCGCCCTGTTTCCAAAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCATCATCTTCTTTAAGTTTGATCCTCGCCCTGTTTCCAAAAACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACAG         GCTCATCTTGGCAGCCAACAGGGATGAATTCTACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACAGGTA...CAGGCTCATCTTGGCAGCCAACAGGGATGAATTCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCGACCCTCCAAGTTAGCTGACTTCTGGGGGAACAACAACGAGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106592 GCCGACCCTCCAAGTTAGCTGACTTCTGGGGGAACAACAACGAGATCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTG         GGCTGGACATGGAGGAAGGCAAGGAAGGAGGCACATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106642 AGTGGTG...CAGGGCTGGACATGGAGGAAGGCAAGGAAGGAGGCACATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGGGCATCAGCACACGTGGCAAGCTGGCAGCACTCACCAACTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115704 GCTGGGCATCAGCACACGTGGCAAGCTGGCAGCACTCACCAACTACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCCGCAGCTGGACTGGCAGGCCCGAGGGCGAG         GTGAACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115754 AGCCGCAGCTGGACTGGCAGGCCCGAGGGCGAGGTA...CAGGTGAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCACCCACTTTCTGACCACTGACGTGGACAGCTTGTCCTACCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116647 GTCACCCACTTTCTGACCACTGACGTGGACAGCTTGTCCTACCTGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCTCTATGGAGGGCCATCTGTACAATGGCTTCAACCTCATAGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116697 GGTCTCTATGGAGGGCCATCTGTACAATGGCTTCAACCTCATAGCAGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTGAG         CACAGCAAAGGGAGACGTCATTTGCTACTATGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116747 ACCTGAGGTG...CAGCACAGCAAAGGGAGACGTCATTTGCTACTATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACCGAGGGGAGCCTGATCCTATCGTTTTGACGCCAG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119179 AACCGAGGGGAGCCTGATCCTATCGTTTTGACGCCAGGTG...CAGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTACGGGCTGAGCAACGCGCTGCTGGAGACTCCCTGGAGGAAGCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124736 CTACGGGCTGAGCAACGCGCTGCTGGAGACTCCCTGGAGGAAGCTGTGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGGGAAGCAGCTCTTCCTGGAGGCTGTGGAACGGAGCCAGGCGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124786 TTGGGAAGCAGCTCTTCCTGGAGGCTGTGGAACGGAGCCAGGCGCTGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGGATGTGCTCATCGCCAGCCTCCTGGATGTGCTCAACAATGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124836 AAGGATGTGCTCATCGCCAGCCTCCTGGATGTGCTCAACAATGAAGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606          GCAGCTGCCAGACCCGGCCATCGAGGACCAGGGTGGGGAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124886 GTG...CAGGCAGCTGCCAGACCCGGCCATCGAGGACCAGGGTGGGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACGTGCAGCCCATGCTGAGCAAGTACGCGGCTGTGTGCGTGCGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126581 ACGTGCAGCCCATGCTGAGCAAGTACGCGGCTGTGTGCGTGCGCTGCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCTACGGCACCAG         AACCAACACTATCATCCTGGTAGATGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126631 GGCTACGGCACCAGGTA...CAGAACCAACACTATCATCCTGGTAGATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGACGGCCACGTGACCTTCACTGAGCGTAGCATGATGGACAAGGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127771 GGACGGCCACGTGACCTTCACTGAGCGTAGCATGATGGACAAGGACCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCACTGGGAGACCAGAACCTATGAGTTCACACTGCAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127821 CCCACTGGGAGACCAGAACCTATGAGTTCACACTGCAGAGC