seq1 = pF1KE0517.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KE0517/gi568815576r_20899883.tfa (gi568815576r:20899883_21101911), 202029 bp

>pF1KE0517 927
>gi568815576r:20899883_21101911 (Chr22)

(complement)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-236  (100501-100656)   100% ->
237-377  (101125-101265)   99% ->
378-927  (101480-102029)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCGTCACTGCTCCGCCGCCGGCTGCTGCACACGGGACACGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCGTCACTGCTCCGCCGCCGGCTGCTGCACACGGGACACGCGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGCGCAACCGCGGCATCTCCTTCCACAG         ACTTCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 GACGCGCAACCGCGGCATCTCCTTCCACAGGTC...CAGACTTCCCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACAACCCGAGGCGAGGCTTGTGGCTGGCCAACTGCCAGCGGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100512 AGGACAACCCGAGGCGAGGCTTGTGGCTGGCCAACTGCCAGCGGCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCAGCGGCCAGGGCCTGTGGGACCCGGCATCCGAGTACATCTACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100562 CCCAGCGGCCAGGGCCTGTGGGACCCGGCATCCGAGTACATCTACTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCAAACACTTTGAGGAGGACTGCTTTGAGCTGGTGGGAATCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100612 CTCCAAACACTTTGAGGAGGACTGCTTTGAGCTGGTGGGAATCAGGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     TGGATATCACAGGCTAAAGGAGGGGGCAGTCCCCACCATATTTGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100662 .CAGTGGATATCACAGGCTAAAGGAGGGGGCAGTCCCCACCATATTTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTTTCTCCAAGTTGCGCCGGACAACCAAGACCAAAGGACACAGTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101171 TCTTTCTCCAAGTTGCGCCGGACAACCAAGACCAAAGGACACAGTTACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCTGGCCCCCCTGAAGTCAGCCGGCTCAGACGATGCAGGAAGCG     
        |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101221 ACCTGGCCCCGCTGAAGTCAGCCGGCTCAGACGATGCAGGAAGCGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378     CTGCTCCGAGGGCCGAGGGCCCACAACTCCATTTTCTCCACCTCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 .CAGCTGCTCCGAGGGCCGAGGGCCCACAACTCCATTTTCTCCACCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGCTGATGTCACCTGCTTTCCTGTGGAAGAGGCCTCAGCACCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101526 CCTGCTGATGTCACCTGCTTTCCTGTGGAAGAGGCCTCAGCACCTGCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTGCCGGCCTCCCCAGCTGGGAGGCTGGAGCCTGGCCTTAGCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101576 TTTGCCGGCCTCCCCAGCTGGGAGGCTGGAGCCTGGCCTTAGCAGCCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTTCAGACCTACTGGGCCCCTTGGGTGCCCAGGCAGATGAAGCAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101626 TTTCAGACCTACTGGGCCCCTTGGGTGCCCAGGCAGATGAAGCAGGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCGCCCAGCCTTCACCAGAGCGGCAGCCCTCCCCTCTCGAACCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101676 AGCGCCCAGCCTTCACCAGAGCGGCAGCCCTCCCCTCTCGAACCACGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGTCTCCCCCTCAGCGTATATGCTGCGCCTGCCCCCACCCGCCGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101726 AGTCTCCCCCTCAGCGTATATGCTGCGCCTGCCCCCACCCGCCGGAGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACATCCAGAATGAACACAGCTACCAGGTGGGCAGCGCCTTACTCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101776 ACATCCAGAATGAACACAGCTACCAGGTGGGCAGCGCCTTACTCTGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGGCGAGCCGAGGCAGCCCTTGATGCCCTTGACAAGGCCCAGCGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101826 CGGCGAGCCGAGGCAGCCCTTGATGCCCTTGACAAGGCCCAGCGCCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCAGGCCTGCAAGCGGCGGGAGCAGCGGCTGCGGTTGAGACTGACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101876 GCAGGCCTGCAAGCGGCGGGAGCAGCGGCTGCGGTTGAGACTGACCAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCAGCAGGAGCGGGCACGGGAGAAGCGGGCACAGGCAGATGCCCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101926 TGCAGCAGGAGCGGGCACGGGAGAAGCGGGCACAGGCAGATGCCCGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACTCTGAAGGAGCATGTGCAGGACTTTGCCATGCAGCTGAGCAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101976 ACTCTGAAGGAGCATGTGCAGGACTTTGCCATGCAGCTGAGCAGCAGCAT

    950 
    924 GGCC
        ||||
 102026 GGCC