seq1 = pF1KE0516.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KE0516/gi568815576f_29993953.tfa (gi568815576f:29993953_30276164), 282212 bp

>pF1KE0516 921
>gi568815576f:29993953_30276164 (Chr22)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-193  (104900-105041)   100% ->
194-257  (109485-109548)   100% ->
258-294  (110449-110485)   100% ->
295-315  (117844-117864)   100% ->
316-342  (118544-118570)   100% ->
343-410  (125028-125095)   100% ->
411-568  (127680-127837)   100% ->
569-819  (128012-128262)   100% ->
820-921  (182111-182212)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACTGCTCAGCTTTCTCACTGCATCACAATACACAAGGCTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACTGCTCAGCTTTCTCACTGCATCACAATACACAAGGCTTCTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GAAACAGTTTTCCCATCCCAAATCACTAATGAGCATGAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGAAACAGTTTTCCCATCCCAAATCACTAATGAGCATGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTGAAAATGGTGAAGAAACTTTTTGCTACTTCCATCTCATGTATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104940 CATTGAAAATGGTGAAGAAACTTTTTGCTACTTCCATCTCATGTATAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTAAGGGGCCTGTTTCCAGAGAGCTCTTATGGAGAACGCCATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104990 TACCTAAGGGGCCTGTTTCCAGAGAGCTCTTATGGAGAACGCCATTTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TG         ACCTCAGTTTAAAAATCCTCCGAGAAGATAAAAAATGTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105040 TGGTA...TAGACCTCAGTTTAAAAATCCTCCGAGAAGATAAAAAATGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCGGGTCACTGCATATTATCAGATG         GATTCAAGGTTGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109524 CCGGGTCACTGCATATTATCAGATGGTA...CAGGATTCAAGGTTGTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGCTTTGGAAAAGAGATAC         CTACGTATGGCAGTACTGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110465 GATGCTTTGGAAAAGAGATACGTA...AAGCTACGTATGGCAGTACTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 A         CTTTACACAGATCCCATGGGATCTGAG         AAGG
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117864 AGTA...CAGCTTTACACAGATCCCATGGGATCTGAGGTA...TAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 TGACTGAGATGTACCAGTTCAAATTCAAATACACGAAAGAAGGAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125032 TGACTGAGATGTACCAGTTCAAATTCAAATACACGAAAGAAGGAGCCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 ATGGATTTTGACAG         TCATAGCAGCAGTACAAGCTTTGAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 125082 ATGGATTTTGACAGGTA...TAGTCATAGCAGCAGTACAAGCTTTGAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 TGGAACAAACAATGAAGATATTAAGAAAGCCAGTGTTCTACTGATCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127707 TGGAACAAACAATGAAGATATTAAGAAAGCCAGTGTTCTACTGATCCGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AATTGTATATACTGATGCAGGACCTTGAGCCACTTCCTAATAATGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127757 AATTGTATATACTGATGCAGGACCTTGAGCCACTTCCTAATAATGTTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CTTACTATGAAACTCCACTACTATAATGCAG         TGACCCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 127807 CTTACTATGAAACTCCACTACTATAATGCAGGTA...CAGTGACCCCACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TGATTACCAACCCCTCGGTTTTAAAGAAGGGGTAAATTCACACTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128022 TGATTACCAACCCCTCGGTTTTAAAGAAGGGGTAAATTCACACTTCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TGTTTGACAAGGAGCCTATCAACGTGCAAGTGGGATTTGTCTCCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128072 TGTTTGACAAGGAGCCTATCAACGTGCAAGTGGGATTTGTCTCCACTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TTTCATAGCATGAAAGTAAAAGTCATGACAGAGGCTACAAAAGTGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128122 TTTCATAGCATGAAAGTAAAAGTCATGACAGAGGCTACAAAAGTGATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TTTGGAGAACAATCTGTTTCGGGAGAACAGCACTACTGAGATCGCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128172 TTTGGAGAACAATCTGTTTCGGGAGAACAGCACTACTGAGATCGCCCATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGGTCTAGACTGTGATGAGGAAGAAGAATGCAATGACCAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128222 AGGGTCTAGACTGTGATGAGGAAGAAGAATGCAATGACCATGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTCAAAGAATGAATTTTGTGTGCAGTCAGCAAAGTTCTGAGTGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182111 ATTCAAAGAATGAATTTTGTGTGCAGTCAGCAAAGTTCTGAGTGCTCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAAGAAGAGGAAGGTCAGTGAACCAGTGAAGGTCTTCATCCCTAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182161 GAAGAAGAGGAAGGTCAGTGAACCAGTGAAGGTCTTCATCCCTAACAGAA

   1000 
    920 AA
        ||
 182211 AA