seq1 = pF1KE0503.tfa, 660 bp
seq2 = pF1KE0503/gi568815576f_18806375.tfa (gi568815576f:18806375_19011686), 205312 bp

>pF1KE0503 660
>gi568815576f:18806375_19011686 (Chr22)

1-110  (100001-100110)   100% ->
111-271  (100191-100351)   100% ->
272-372  (103798-103898)   100% ->
373-513  (104514-104654)   100% ->
514-660  (105166-105312)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGCTACGCGGGCGCCTTGGAGGAGGTGGCGGACGGTGCCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGCTACGCGGGCGCCTTGGAGGAGGTGGCGGACGGTGCCCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGAGCGACACTACCAGCTGCTGTCGGCGTTACAGAGCCTGGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGAGCGACACTACCAGCTGCTGTCGGCGTTACAGAGCCTGGTGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTGCCCAG         CTCATTCCAGCAGCGCTTGTCCTACACCACG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTGCCCAGGTA...CAGCTCATTCCAGCAGCGCTTGTCCTACACCACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAGCGACCTGGCCCTGGCGCTTCTCGACGGCACCGTGTTCGAAATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100222 CTGAGCGACCTGGCCCTGGCGCTTCTCGACGGCACCGTGTTCGAAATCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGGGGCTACTGGAGATCCAGCACCTCACCGAAAAGAGCCTGTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100272 GCAGGGGCTACTGGAGATCCAGCACCTCACCGAAAAGAGCCTGTACAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCGCCTGCGCCTACAGAACGAGCATCGAG         TGCTCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100322 AGCGCCTGCGCCTACAGAACGAGCATCGAGGTG...CAGTGCTCAGGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGCTGCGGCAGAAGCACCAGGAAGCCCAGCAGGCCTGCCGGCCCCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103809 GCGCTGCGGCAGAAGCACCAGGAAGCCCAGCAGGCCTGCCGGCCCCATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGCCTGTGCTTCAGGCGGCTCAGCAGCGAGAACTAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103859 CCTGCCTGTGCTTCAGGCGGCTCAGCAGCGAGAACTAGAGGTA...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGTGGAGCACCGGATCCGTGAGGAGCAGCGGGCGATGGACCAGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104515 CGGTGGAGCACCGGATCCGTGAGGAGCAGCGGGCGATGGACCAGAAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCTGGAGCTGGACCGGAAGGTGGCTGACCAGCAGAGCACACTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104565 GTCCTGGAGCTGGACCGGAAGGTGGCTGACCAGCAGAGCACACTGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCGGGGGTGGCTGGCTTCTACGTGACCACCAACCCACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104615 GGCGGGGGTGGCTGGCTTCTACGTGACCACCAACCCACAGGTC...CAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGATGCTGCAGATGAACCTGCTGGAACTCATCCGGAAGCTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105167 AGCTGATGCTGCAGATGAACCTGCTGGAACTCATCCGGAAGCTGCAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGGGCTGCTGGGCAGGGAAGGCAGCCCTGGGGCTAGGAGGTCCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105217 AGGGGCTGCTGGGCAGGGAAGGCAGCCCTGGGGCTAGGAGGTCCCTGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    615 GTTGCCTGCTGCCCAGTGTGACCAGAAAGGCAGCCCTGTCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105267 GTTGCCTGCTGCCCAGTGTGACCAGAAAGGCAGCCCTGTCCCACCA