seq1 = pF1KE0500.tfa, 2175 bp
seq2 = pF1KE0500/gi568815597f_44639933.tfa (gi568815597f:44639933_44867176), 227244 bp

>pF1KE0500 2175
>gi568815597f:44639933_44867176 (Chr1)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-165  (100981-101075)   100% ->
166-267  (107452-107553)   100% ->
268-316  (107720-107768)   100% ->
317-439  (110510-110632)   100% ->
440-562  (113200-113322)   100% ->
563-663  (113801-113901)   100% ->
664-759  (114818-114913)   100% ->
760-814  (115997-116051)   100% ->
815-977  (116143-116305)   100% ->
978-1068  (117624-117714)   100% ->
1069-1132  (117976-118039)   100% ->
1133-1224  (118117-118208)   100% ->
1225-1367  (119274-119416)   100% ->
1368-1572  (120348-120552)   100% ->
1573-1683  (120660-120770)   100% ->
1684-1751  (121984-122051)   100% ->
1752-1857  (122414-122519)   100% ->
1858-1971  (122613-122726)   100% ->
1972-2095  (126894-127017)   100% ->
2096-2175  (127165-127244)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATGGACTCGTCGCTTCAGGCCCGCCTGTTTCCCGGTCTCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATGGACTCGTCGCTTCAGGCCCGCCTGTTTCCCGGTCTCGCTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGATCCAACGCAGTAATG         GTTTAATTCACAGTGCCAATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CAAGATCCAACGCAGTAATGGTG...TAGGTTTAATTCACAGTGCCAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAGGACTGTGAACTTGGAGAAATCCTGTGTTTCAGTGGAATGGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 TAAGGACTGTGAACTTGGAGAAATCCTGTGTTTCAGTGGAATGGGCAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGGTGCCACAAAGGGCAAAGAG         ATTGATTTTGATGATGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101052 GGAGGTGCCACAAAGGGCAAAGAGGTA...CAGATTGATTTTGATGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGCAATAAACCCAGAACTCTTACAGCTTCTTCCCTTACATCCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107469 GGCTGCAATAAACCCAGAACTCTTACAGCTTCTTCCCTTACATCCGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAATCTGCCCTTGCAGGAAAATGTAACAATCCAG         AAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107519 ACAATCTGCCCTTGCAGGAAAATGTAACAATCCAGGTA...CAGAAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAACGGAGATCCGTCAACTCCAAAATTCCTGCTCCAAAAGAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107726 AAACGGAGATCCGTCAACTCCAAAATTCCTGCTCCAAAAGAAAGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    317   GTCTTCGAAGCCGCTCCACTCGCATGTCCACTGTCTCAGAGCTTCGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110508 AGGTCTTCGAAGCCGCTCCACTCGCATGTCCACTGTCTCAGAGCTTCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCACGGCTCAGGAGAATGACATGGAGGTGGAGCTGCCTGCAGCTGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110558 TCACGGCTCAGGAGAATGACATGGAGGTGGAGCTGCCTGCAGCTGCAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCCCGCAAGCAGTTTTCAGTTCCTC         CTGCCCCCACTAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110608 TCCCGCAAGCAGTTTTCAGTTCCTCGTG...CAGCTGCCCCCACTAGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTCCTGCCCTGCAGTGGCTGAAATACCATTGAGGATGGTCAGCGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113216 TTCCTGCCCTGCAGTGGCTGAAATACCATTGAGGATGGTCAGCGAGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAAGAGCAAGTCCATTCCATCCGAGGCAGCTCTTCTGCAAACCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113266 TGGAAGAGCAAGTCCATTCCATCCGAGGCAGCTCTTCTGCAAACCCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACTCAG         TTCGGAGGAAATCATGTCTTGTGAAGGAAGTGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113316 AACTCAGGTA...TAGTTCGGAGGAAATCATGTCTTGTGAAGGAAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAAAATGAAGAACAAGCGAGAAGAGAAGAAGGCCCAGAACTCTGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113835 AAAAATGAAGAACAAGCGAGAAGAGAAGAAGGCCCAGAACTCTGAAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAATGAAGAGAGCTCAG         GAGTATGACAGTAGTTTTCCAAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113885 GAATGAAGAGAGCTCAGGTA...CAGGAGTATGACAGTAGTTTTCCAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGGGAATTTGCCCGAATGATTAAAGAATTTCGGGCTACTTTGGAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114842 TGGGAATTTGCCCGAATGATTAAAGAATTTCGGGCTACTTTGGAATGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCCACTTACTATGACTGATCCT         ATCGAAGAGCACAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114892 TCCACTTACTATGACTGATCCTGTA...CAGATCGAAGAGCACAGAATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTGTCTGTGTTAGGAAACGCCCACTGAATAAGCAAG         AATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116016 GTGTCTGTGTTAGGAAACGCCCACTGAATAAGCAAGGTA...CAGAATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCCAAGAAAGAAATTGATGTGATTTCCATTCCTAGCAAGTGTCTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116148 GCCAAGAAAGAAATTGATGTGATTTCCATTCCTAGCAAGTGTCTCCTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGTACATGAACCCAAGTTGAAAGTGGACTTAACAAAGTATCTGGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116198 GGTACATGAACCCAAGTTGAAAGTGGACTTAACAAAGTATCTGGAGAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAGCATTCTGCTTTGACTTTGCATTTGATGAAACAGCTTCGAATGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116248 AAGCATTCTGCTTTGACTTTGCATTTGATGAAACAGCTTCGAATGAAGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTCTACAG         GTTCACAGCAAGGCCACTGGTACAGACAATCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116298 GTCTACAGGTT...TAGGTTCACAGCAAGGCCACTGGTACAGACAATCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGAAGGTGGAAAAGCAACTTGTTTTGCATATGGCCAGACAGGAAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117657 TGAAGGTGGAAAAGCAACTTGTTTTGCATATGGCCAGACAGGAAGTGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGACACAT         ACTATGGGCGGAGACCTCTCTGGGAAAGCCCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117707 AGACACATGTG...CAGACTATGGGCGGAGACCTCTCTGGGAAAGCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AATGCATCCAAAGGGATCTATGCCATGGCCT         CCCGGGACGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118009 AATGCATCCAAAGGGATCTATGCCATGGCCTGTA...CAGCCCGGGACGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CTTCCTCCTGAAGAATCAACCCTGCTACCGGAAGTTGGGCCTGGAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118127 CTTCCTCCTGAAGAATCAACCCTGCTACCGGAAGTTGGGCCTGGAAGTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ATGTGACATTCTTCGAGATCTACAATGGGAAG         CTGTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118177 ATGTGACATTCTTCGAGATCTACAATGGGAAGGTA...CAGCTGTTTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTGCTCAACAAGAAGGCCAAGCTGCGCGTGCTGGAGGACGGCAAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119283 CTGCTCAACAAGAAGGCCAAGCTGCGCGTGCTGGAGGACGGCAAGCAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGTGCAAGTGGTGGGGCTGCAGGAGCATCTGGTTAACTCTGCTGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119333 GGTGCAAGTGGTGGGGCTGCAGGAGCATCTGGTTAACTCTGCTGATGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TCATCAAGATGATCGACATGGGCAGCGCCTGCAG         AACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 119383 TCATCAAGATGATCGACATGGGCAGCGCCTGCAGGTG...CAGAACCTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GGGCAGACATTTGCCAACTCCAATTCCTCCCGCTCCCACGCGTGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120355 GGGCAGACATTTGCCAACTCCAATTCCTCCCGCTCCCACGCGTGCTTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AATTATTCTTCGAGCTAAAGGGAGAATGCATGGCAAGTTCTCTTTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120405 AATTATTCTTCGAGCTAAAGGGAGAATGCATGGCAAGTTCTCTTTGGTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 ATCTGGCAGGGAATGAGCGAGGCGCGGACACTTCCAGTGCTGACCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120455 ATCTGGCAGGGAATGAGCGAGGCGCGGACACTTCCAGTGCTGACCGGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 ACCCGCATGGAGGGCGCAGAAATCAACAAGAGTCTCTTAGCCCTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 120505 ACCCGCATGGAGGGCGCAGAAATCAACAAGAGTCTCTTAGCCCTGAAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573        GAGTGCATCAGGGCCCTGGGACAGAACAAGGCTCACACCCCGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120555 A...CAGGAGTGCATCAGGGCCCTGGGACAGAACAAGGCTCACACCCCGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TCCGTGAGAGCAAGCTGACACAGGTGCTGAGGGACTCCTTCATTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120703 TCCGTGAGAGCAAGCTGACACAGGTGCTGAGGGACTCCTTCATTGGGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AACTCTAGGACTTGCATG         ATTGCCACGATCTCACCAGGCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120753 AACTCTAGGACTTGCATGGTG...CAGATTGCCACGATCTCACCAGGCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 AAGCTCCTGTGAATATACTTTAAACACCCTGAGATATGCAGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122007 AAGCTCCTGTGAATATACTTTAAACACCCTGAGATATGCAGACAGGTA..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752     GGTCAAGGAGCTGAGCCCCCACAGTGGGCCCAGTGGAGAGCAGTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122057 .CAGGGTCAAGGAGCTGAGCCCCCACAGTGGGCCCAGTGGAGAGCAGTTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 ATTCAAATGGAAACAGAAGAGATGGAAGCCTGCTCTAACGGGGCGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122460 ATTCAAATGGAAACAGAAGAGATGGAAGCCTGCTCTAACGGGGCGCTGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TCCAGGCAAT         TTATCCAAGGAAGAGGAGGAACTGTCTTCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122510 TCCAGGCAATGTA...CAGTTATCCAAGGAAGAGGAGGAACTGTCTTCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 AGATGTCCAGCTTTAACGAAGCCATGACTCAGATCAGGGAGCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122644 AGATGTCCAGCTTTAACGAAGCCATGACTCAGATCAGGGAGCTGGAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 AAGGCTATGGAAGAGCTCAAGGAGATCATACAG         CAAGGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122694 AAGGCTATGGAAGAGCTCAAGGAGATCATACAGGTA...TAGCAAGGACC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 AGACTGGCTTGAGCTCTCTGAGATGACCGAGCAGCCAGACTATGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126902 AGACTGGCTTGAGCTCTCTGAGATGACCGAGCAGCCAGACTATGACCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 AGACCTTTGTGAACAAAGCGGAATCTGCTCTGGCCCAGCAAGCCAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126952 AGACCTTTGTGAACAAAGCGGAATCTGCTCTGGCCCAGCAAGCCAAGCAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 TTCTCAGCCCTGCGAG         ATGTCATCAAGGCCTTGCGCCTGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127002 TTCTCAGCCCTGCGAGGTG...CAGATGTCATCAAGGCCTTGCGCCTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CATGCAGCTGGAAGAGCAGGCTAGCAGACAAATAAGCAGCAAGAAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127190 CATGCAGCTGGAAGAGCAGGCTAGCAGACAAATAAGCAGCAAGAAACGGC

   2350     .
   2171 CCCAG
        |||||
 127240 CCCAG