seq1 = pF1KE0488.tfa, 1107 bp
seq2 = pF1KE0488/gi568815576f_26333616.tfa (gi568815576f:26333616_26543203), 209588 bp

>pF1KE0488 1107
>gi568815576f:26333616_26543203 (Chr22)

1-886  (100001-100886)   100% ->
887-1000  (108844-108957)   100% ->
1001-1107  (109482-109588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGGGCGCCCTTGGGACCCCCGAGGACTGATTGTCTGACCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTGGGCGCCCTTGGGACCCCCGAGGACTGATTGTCTGACCTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACACGCCCAGTAAGGACTCCCCCAAGATGTCGCTCGAGTGGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACACGCCCAGTAAGGACTCCCCCAAGATGTCGCTCGAGTGGCTGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGAGCTGGTCGCTGGATGGCCTGAGGGACTGCATCGCCACCGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGGAGCTGGTCGCTGGATGGCCTGAGGGACTGCATCGCCACCGGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTCCGTGCGGGACTGCGACACCACCGCTGTCATCACTGTGGCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTCCGTGCGGGACTGCGACACCACCGCTGTCATCACTGTGGCCTGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGTCCTCTTCGTGTGGTACTGTTATCACGTGGGCAGGGAGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGTCCTCTTCGTGTGGTACTGTTATCACGTGGGCAGGGAGCAGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCCTACGTCTCCGTCAACTCCCTCATGCAGGCTGCCGATGCCAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCCTACGTCTCCGTCAACTCCCTCATGCAGGCTGCCGATGCCAACGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCAGAATGGCTACGTGTACTGCCAGTCCCCTGAGTGCGTGCGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCAGAATGGCTACGTGTACTGCCAGTCCCCTGAGTGCGTGCGCTGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCACAACGAGGGCCTCAACCAGAAGCTGTACCACAACCTGCAGGAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCACAACGAGGGCCTCAACCAGAAGCTGTACCACAACCTGCAGGAGTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAAGCGCTACTCCTGGTCCGGCATGGGCCGCATCCACAAGGGCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAAGCGCTACTCCTGGTCCGGCATGGGCCGCATCCACAAGGGCATCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGCAGGGCCGGTACCTCAACAGCCGGCCCTCCATCCAGAAGCCCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGCAGGGCCGGTACCTCAACAGCCGGCCCTCCATCCAGAAGCCCGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTTCCTGCCCGACCTGCCCACCACGCCCTATTTCTCCCGGGACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTTCCTGCCCGACCTGCCCACCACGCCCTATTTCTCCCGGGACGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAAACATGATGTGGAAGTGCTGGAACGGAACTTCCAGACCATCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAAACATGATGTGGAAGTGCTGGAACGGAACTTCCAGACCATCCTGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGTTTGAGACCCTCTACAAAGCTTTCTCAAACTGCAGCCTCCCGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGTTTGAGACCCTCTACAAAGCTTTCTCAAACTGCAGCCTCCCGCAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATGGAAAATGAACAGCACCCCCAGCGGGGAGTGGTTCACCTTTTACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATGGAAAATGAACAGCACCCCCAGCGGGGAGTGGTTCACCTTTTACTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCAATCAGGGGGTTTGTGTTCCCAGGAACTGTAGGAAGTGCCCACGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCAATCAGGGGGTTTGTGTTCCCAGGAACTGTAGGAAGTGCCCACGGACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACCGCTTGCTCGGAAGCCTTCGGACCTGTATTGGGAACAATGTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACCGCTTGCTCGGAAGCCTTCGGACCTGTATTGGGAACAATGTTTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAACGCGTGCATCTCTGTGCTGAGCCCTGGGACTGTGATAACGGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAACGCGTGCATCTCTGTGCTGAGCCCTGGGACTGTGATAACGGAGCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGGACCCACCAACATCCGCATCCGATGCCATTTAG         GTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100851 ATGGACCCACCAACATCCGCATCCGATGCCATTTAGGTA...AAGGTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAAACTCCAAATGGCTGTGAGCTGGTGGTGGGGGGAGAGCCCCAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108849 AAAACTCCAAATGGCTGTGAGCTGGTGGTGGGGGGAGAGCCCCAGTGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCAGAAGGGCGCTGCCTTCTCTTTGATGACTCTTTCCTGCATGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108899 GGCAGAAGGGCGCTGCCTTCTCTTTGATGACTCTTTCCTGCATGCTGCGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCATGAAG         GTTCAGCAGAGGATGGCCCACGGGTGGTTTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108949 TCCATGAAGGTG...CAGGTTCAGCAGAGGATGGCCCACGGGTGGTTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATGGTGGATTTGTGGCATCCAAACGTCGCAGCGGCCGAACGGCAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109514 ATGGTGGATTTGTGGCATCCAAACGTCGCAGCGGCCGAACGGCAGGCTCT

   1100     .    :    .    :    .
   1083 TGATTTCATCTTTGCTCCGGGACGA
        |||||||||||||||||||||||||
 109564 TGATTTCATCTTTGCTCCGGGACGA