seq1 = pF1KE0486.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE0486/gi568815576r_41839059.tfa (gi568815576r:41839059_42047076), 208018 bp

>pF1KE0486 540
>gi568815576r:41839059_42047076 (Chr22)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-137  (100581-100660)   100% ->
138-230  (101072-101164)   100% ->
231-310  (101773-101852)   100% ->
311-402  (103376-103467)   100% ->
403-540  (107881-108018)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGTTGAGGCCCCTGGACAAGCTGCCCGGCCTGAACACGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGTGTTGAGGCCCCTGGACAAGCTGCCCGGCCTGAACACGGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTTG         CTGGTGGGCACGGAGGATGCTCTTCTGCAGCAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTTGGTA...CAGCTGGTGGGCACGGAGGATGCTCTTCTGCAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCGGACTCGATGCTCAAAGAGGACTGCGCCTCCGAGCTGAAGGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100615 TGGCGGACTCGATGCTCAAAGAGGACTGCGCCTCCGAGCTGAAGGTGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      CCACTTGGCAAAGTCCCTCCCTTTGCCCTCCAGTGTGAATCGGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100665 ..CAGCCACTTGGCAAAGTCCCTCCCTTTGCCCTCCAGTGTGAATCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGAATTGACCTGATCGTGTTTGTGGTTAATCTTCACAGCAAATACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101117 CCGAATTGACCTGATCGTGTTTGTGGTTAATCTTCACAGCAAATACAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231        TCTCCAGAACACAGAGGAGTCCCTGCGCCATGTGGATGCCAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 G...CAGTCTCCAGAACACAGAGGAGTCCCTGCGCCATGTGGATGCCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCTTCTTGGGGAAGGTGTGTTTCCTCGCCACAGGTG         CTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101816 TTCTTCTTGGGGAAGGTGTGTTTCCTCGCCACAGGTGGTA...CAGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCGGGAGAGCCACTGCAGCATTCACCGGCACACCGTGGTGAAGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103380 GCGGGAGAGCCACTGCAGCATTCACCGGCACACCGTGGTGAAGCTGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACACCTATCAAAGCCCCCTGCTCTACTGTGACCTGGAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103430 ACACCTATCAAAGCCCCCTGCTCTACTGTGACCTGGAGGTG...CAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAAGGCTTTAGGGCCACCATGGCGCAGCGCCTGGTGCGCGTGCTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107884 GAAGGCTTTAGGGCCACCATGGCGCAGCGCCTGGTGCGCGTGCTGCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTGTGCTGGCCACGTGCCCGGTGTCTCAGCTCTGAACCTGCTGTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107934 CTGTGCTGGCCACGTGCCCGGTGTCTCAGCTCTGAACCTGCTGTCCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .
    506 TGAGAAGCTCTGAGGGCCCCTCCCTGGAGGACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107984 TGAGAAGCTCTGAGGGCCCCTCCCTGGAGGACCTG