seq1 = pF1KE0477.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KE0477/gi568815594r_105270837.tfa (gi568815594r:105270837_105574050), 303214 bp

>pF1KE0477 915
>gi568815594r:105270837_105574050 (Chr4)

(complement)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-222  (117306-117370)   100% ->
223-267  (120409-120453)   100% ->
268-321  (124648-124701)   100% ->
322-441  (127549-127668)   100% ->
442-568  (149729-149855)   100% ->
569-696  (174887-175014)   100% ->
697-782  (177717-177802)   100% ->
783-852  (187415-187484)   100% ->
853-889  (203178-203214)   100% ->
890-915  (204298-204323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGCGCTGCTGCGGCTGCTGCGCACGGGTGCCCCAGCCGCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGCGCTGCTGCGGCTGCTGCGCACGGGTGCCCCAGCCGCTGCGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCGGTTGGGGACCAGTGCAGGGACCGGGTCGCGCCGTGCTATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCGGTTGGGGACCAGTGCAGGGACCGGGTCGCGCCGTGCTATGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACCACACTGAGGAGCGCGGCCAGCCCTGCTCGCAGAATTACCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACCACACTGAGGAGCGCGGCCAGCCCTGCTCGCAGAATTACCGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTTTA         AGAATGTAACTGGTCACTACATTTCCCCCTTTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTTTAGTA...CAGAGAATGTAACTGGTCACTACATTTCCCCCTTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATATTCCTCTGAAGGTGAACTCTAAAGAG         GAAAATGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117340 TGATATTCCTCTGAAGGTGAACTCTAAAGAGGTA...TAGGAAAATGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCTATGAAGAAAGCACGAAATGATGAATATGAG         AATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120419 TTCCTATGAAGAAAGCACGAAATGATGAATATGAGGTA...CAGAATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTAATATGATTGTAGAAATACCTCGGTGGACAAATGCTAAAATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124654 TTTAATATGATTGTAGAAATACCTCGGTGGACAAATGCTAAAATGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        ATTGCCACCAAGGAGCCAATGAATCCCATTAAACAATATGTAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124704 A...TAGATTGCCACCAAGGAGCCAATGAATCCCATTAAACAATATGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGATGGAAAGCTACGCTATGTGGCGAATATCTTCCCTTACAAGGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127592 AGGATGGAAAGCTACGCTATGTGGCGAATATCTTCCCTTACAAGGGTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATATGGAATTATGGTACCCTCCCTCAG         ATTCTTTCTTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127642 ATATGGAATTATGGTACCCTCCCTCAGGTA...AAGATTCTTTCTTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGAAGTTATTCATGTGAAGATCCTTGGAATTTTGGCTCTTATTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149743 AGAAGTTATTCATGTGAAGATCCTTGGAATTTTGGCTCTTATTGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGAAACAGATTGGAAATTAATTGCTATCAATGCGAATGATCCTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149793 GTGAAACAGATTGGAAATTAATTGCTATCAATGCGAATGATCCTGAAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCAAAGTTTCATG         ATATTGATGATGTTAAGAAGTTCAAACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 149843 TCAAAGTTTCATGGTA...CAGATATTGATGATGTTAAGAAGTTCAAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGGTTACCTGGAAGCTACTCTTAATTGGTTTAGATTATATAAGGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174915 GGGTTACCTGGAAGCTACTCTTAATTGGTTTAGATTATATAAGGTACCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGGAAAACCAGAAAACCAGTTTGCTTTTAATGGAGAATTCAAAAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174965 ATGGAAAACCAGAAAACCAGTTTGCTTTTAATGGAGAATTCAAAAACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697          GCTTTTGCTCTTGAAGTTATTAAATCCACTCATCAATGTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175015 GTG...TAGGCTTTTGCTCTTGAAGTTATTAAATCCACTCATCAATGTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAAGCATTGCTTATGAAGAAGTGTAATGGAGGAGCTATAAATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 177758 GAAAGCATTGCTTATGAAGAAGTGTAATGGAGGAGCTATAAATTGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783     CACAAACGTGCAGATATCTGATAGCCCTTTCCGTTGCACTCAAGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177808 .CAGCACAAACGTGCAGATATCTGATAGCCCTTTCCGTTGCACTCAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAGCAAGATCATTAGTTGAATCG         GTATCATCTTCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 187461 GAAGCAAGATCATTAGTTGAATCGGTA...CAGGTATCATCTTCACCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TAAAGAAAGTAATGAAGAAG         AGCAAGTGTGGCACTTCCTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 203195 TAAAGAAAGTAATGAAGAAGGTA...CAGAGCAAGTGTGGCACTTCCTTG

   1000     .
    911 GCAAG
        |||||
 204319 GCAAG