seq1 = pF1KE0476.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KE0476/gi568815597f_22544024.tfa (gi568815597f:22544024_22747780), 203757 bp

>pF1KE0476 735
>gi568815597f:22544024_22747780 (Chr1)

1-181  (100001-100181)   99% ->
182-735  (103204-103757)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGGGCCCAGCTCCCTGCCCCACCTTGGGCTGAAGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGTGGGGCCCAGCTCCCTGCCCCACCTTGGGCTGAAGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGCTGCTGCTGCCCCTCAGGGGCCAAGCCAACACAGGCTGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGCTGCTGCTGCCCCTCAGGGGCCAAGCCAACACAGGCTGCTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATCCCAGGGATGCCCGGCCTGCCTGGGGCACCAGGGAAGGATGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100101 GGATCCCAGGGATGCCCGGCCTGCCCGGGGCACCAGGGAAGGATGGGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGGACTGCCGGGGCCCAAGGGGGAGCCAG         GAATCCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100151 GACGGACTGCCGGGGCCCAAGGGGGAGCCAGGTG...CAGGAATCCCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTCCCGGGATCCGAGGACCCAAAGGGCAGAAGGGAGAACCCGGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103214 CATTCCCGGGATCCGAGGACCCAAAGGGCAGAAGGGAGAACCCGGCTTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGGCCATCCTGGGAAAAATGGCCCCATGGGACCCCCTGGGATGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103264 CCGGCCATCCTGGGAAAAATGGCCCCATGGGACCCCCTGGGATGCCAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCCCGGCCCCATGGGCATCCCTGGAGAGCCAGGTGAGGAGGGCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103314 GTGCCCGGCCCCATGGGCATCCCTGGAGAGCCAGGTGAGGAGGGCAGATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGCAGAAATTCCAGTCAGTGTTCACGGTCACTCGGCAGACCCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103364 CAAGCAGAAATTCCAGTCAGTGTTCACGGTCACTCGGCAGACCCACCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCCTGCACCCAACAGCCTGATCAGATTCAACGCGGTCCTCACCAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103414 CCCCTGCACCCAACAGCCTGATCAGATTCAACGCGGTCCTCACCAACCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGGGAGATTATGACACGAGCACTGGCAAGTTCACCTGCAAAGTCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 CAGGGAGATTATGACACGAGCACTGGCAAGTTCACCTGCAAAGTCCCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTCTACTACTTTGTCTACCACGCGTCGCATACAGCCAACCTGTGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103514 CCTCTACTACTTTGTCTACCACGCGTCGCATACAGCCAACCTGTGCGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCTGTACCGCAGCGGCGTCAAAGTGGTCACCTTCTGTGGCCACACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103564 TGCTGTACCGCAGCGGCGTCAAAGTGGTCACCTTCTGTGGCCACACGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAAACCAATCAGGTCAACTCGGGCGGTGTGCTGCTGAGGTTGCAGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103614 AAAACCAATCAGGTCAACTCGGGCGGTGTGCTGCTGAGGTTGCAGGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGAGGAGGTGTGGCTGGCTGTCAATGACTACTACGACATGGTGGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103664 CGAGGAGGTGTGGCTGGCTGTCAATGACTACTACGACATGGTGGGCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGGCTCTGACAGCGTCTTCTCCGGCTTCCTGCTCTTCCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103714 AGGGCTCTGACAGCGTCTTCTCCGGCTTCCTGCTCTTCCCCGAC