seq1 = pF1KE0470.tfa, 903 bp
seq2 = pF1KE0470/gi568815575r_13674547.tfa (gi568815575r:13674547_13916892), 242346 bp

>pF1KE0470 903
>gi568815575r:13674547_13916892 (ChrX)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-169  (109124-109243)   100% ->
170-356  (131085-131271)   100% ->
357-513  (133372-133528)   100% ->
514-685  (136904-137075)   100% ->
686-759  (139468-139541)   100% ->
760-825  (140590-140655)   100% ->
826-903  (142269-142346)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGCAGCCGAGGAAAATACTGAACAAAGCCAAGAGAGAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGAAACTGCAGCCGAGGAAAATACTGAACAAAGCCAAGAGAGAAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         TGAACAGCAGAGCTGAAATGGAAATTGGCAGGTACCACTGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGTGAACAGCAGAGCTGAAATGGAAATTGGCAGGTACCACTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTACCCAGGCTCAAAGAACCACCAGTACCATCCCGTGCCAACCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109166 TGTACCCAGGCTCAAAGAACCACCAGTACCATCCCGTGCCAACCCTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGGGCTAGCCCCTTGAGCAGTCCAG         GCTGCTTTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109216 GACAGGGCTAGCCCCTTGAGCAGTCCAGGTA...CAGGCTGCTTTGAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGCATCAAGTGTCTGGGAGGAGTCCCCTACGCCTCCCTGGTGGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131098 CTGCATCAAGTGTCTGGGAGGAGTCCCCTACGCCTCCCTGGTGGCCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTCTGCTTCTCCGGGGTGGCCTTATTCTGCGGCTGTGGGCATGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131148 TCCTCTGCTTCTCCGGGGTGGCCTTATTCTGCGGCTGTGGGCATGTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCGCAGGCACCGTGGCGATTCTTGAGCAACACTTCTCCACCAACGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131198 CTCGCAGGCACCGTGGCGATTCTTGAGCAACACTTCTCCACCAACGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCATGCCTTGCTGAGCGAGGT         GATACAACTGATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 131248 TGACCATGCCTTGCTGAGCGAGGTGTA...TAGGATACAACTGATGCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTCATCTATGGAATTGCGTCCTTTTTCTTCTTGTATGGGATCATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133389 ATGTCATCTATGGAATTGCGTCCTTTTTCTTCTTGTATGGGATCATTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGCAGAAGGCTTTTACACCACAAGTGCAGTGAAAGAACTGCACGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133439 TTGGCAGAAGGCTTTTACACCACAAGTGCAGTGAAAGAACTGCACGGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTTAAAACAACCGCTTGTGGCCGATGCATCAGTGGAATG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 133489 GTTTAAAACAACCGCTTGTGGCCGATGCATCAGTGGAATGGTG...TAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGTTTTCCTCACCTATGTGCTTGGAGTGGCCTGGCTGGGTGTGTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136905 TCGTTTTCCTCACCTATGTGCTTGGAGTGGCCTGGCTGGGTGTGTTTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCTCAGCGGTGCCCGTGTTTATGTTCTACAACATATGGTCAACTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136955 TTCTCAGCGGTGCCCGTGTTTATGTTCTACAACATATGGTCAACTTGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTCATCAAGTCACCGCAGACCAACGGGACCACGGGTGTGGAGCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137005 AGTCATCAAGTCACCGCAGACCAACGGGACCACGGGTGTGGAGCAGATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGTGGATATCCGACAATACG         GTATCATTCCTTGGAATGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137055 GTGTGGATATCCGACAATACGGTA...CAGGTATCATTCCTTGGAATGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCCCCGGAAAAATATGTGGCTCTGCCCTGGAGAACATCTGCAACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139488 TTCCCCGGAAAAATATGTGGCTCTGCCCTGGAGAACATCTGCAACACAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGAG         TTCTACATGTCCTATCACCTGTTCATTGTGGCCTGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139538 CGAGGTA...TAGTTCTACATGTCCTATCACCTGTTCATTGTGGCCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGGAGCTGGTGCCACCGTCATTGCCCTG         CTGATCTACATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 140627 CAGGAGCTGGTGCCACCGTCATTGCCCTGGTG...CAGCTGATCTACATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGGCTACTACATATAACTATGCGGTTTTGAAGTTTAAGAGTCGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142281 ATGGCTACTACATATAACTATGCGGTTTTGAAGTTTAAGAGTCGGGAAGA

    950     .    :    .
    888 TTGCTGCACTAAATTC
        ||||||||||||||||
 142331 TTGCTGCACTAAATTC