seq1 = pF1KE0466.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KE0466/gi568815597f_220648532.tfa (gi568815597f:220648532_220881898), 233367 bp

>pF1KE0466 1005
>gi568815597f:220648532_220881898 (Chr1)

1-272  (100001-100272)   100% ->
273-446  (106416-106589)   100% ->
447-609  (113127-113289)   99% ->
610-750  (114379-114519)   100% ->
751-812  (131487-131548)   100% ->
813-884  (131637-131708)   100% ->
885-1005  (133247-133367)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGCTTCCAGCTCCTCCGCGCTGGCCCGCCTCGGCCTCCCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGCTTCCAGCTCCTCCGCGCTGGCCCGCCTCGGCCTCCCAGCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCTGGCCCAGGTGGCTCGGGGTCGCCGCGCTAGGACTGGCCGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCTGGCCCAGGTGGCTCGGGGTCGCCGCGCTAGGACTGGCCGCCGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGGGACTGTCGCCTGGCGCCGCGCATGGCCCAGGCGGCGCCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGGGGACTGTCGCCTGGCGCCGCGCATGGCCCAGGCGGCGCCGGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCAGCAGGTGGGCACCGTGGCGAAGCTCTGGATCTACCCGGTGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCAGCAGGTGGGCACCGTGGCGAAGCTCTGGATCTACCCGGTGAAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCAAAGGGGTGCCGGTGAGCGAGGCTGAGTGCACGGCCATGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCAAAGGGGTGCCGGTGAGCGAGGCTGAGTGCACGGCCATGGGGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGCGGCAACCTGCGGGACAG         GTTTTGGCTGGTGATTAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100251 GCAGCGGCAACCTGCGGGACAGGTA...CAGGTTTTGGCTGGTGATTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGATGGACACATGGTCACTGCCCGACAGGAGCCTCGCCTCGTGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106435 GAAGATGGACACATGGTCACTGCCCGACAGGAGCCTCGCCTCGTGCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCCATCATTTATGAGAATAACTGCCTGATCTTCAGGGCTCCAGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106485 CTCCATCATTTATGAGAATAACTGCCTGATCTTCAGGGCTCCAGACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCAGCTGGTTTTGCCTAGCAAGCAGCCTTCCTCAAACAAACTCCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106535 ACCAGCTGGTTTTGCCTAGCAAGCAGCCTTCCTCAAACAAACTCCACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGCAG         GATATTTGGCCTTGACATTAAAGGCAGAGACTGTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106585 TGCAGGTG...CAGGATATTTGGCCTTGACATTAAAGGCAGAGACTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAATGAGGCAGCTAAGTGGTTCGCCAACTTCTTGAAAACTGAAGCGTATA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 113163 CAATGAGGCAGCTAAGTGGTTCACCAACTTCTTGAAAACTGAAGCGTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GATTGGTTCAATTTGAGACAAACATGAAGGGAAGAACATCAAGAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113213 GATTGGTTCAATTTGAGACAAACATGAAGGGAAGAACATCAAGAAAACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTCCCCACTCTTGATCAGAATTTCCAG         GTGGCCTACCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113263 CTCCCCACTCTTGATCAGAATTTCCAGGTG...AAGGTGGCCTACCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTACTGCCCGCTCCTGATCATGACAGATGCCTCCCTGGTAGATTTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114393 CTACTGCCCGCTCCTGATCATGACAGATGCCTCCCTGGTAGATTTGAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCAGGATGGAGAAGAAAATGAAAATGGAGAATTTCAGGCCAAATATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114443 CCAGGATGGAGAAGAAAATGAAAATGGAGAATTTCAGGCCAAATATTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGACCGGCTGTGATGCTTTTGAGGAG         GATACCTGGGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114493 GTGACCGGCTGTGATGCTTTTGAGGAGGTA...TAGGATACCTGGGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACTCCTAATTGGTAGTGTAGAAGTGAAAAAGGTAATGGCATGCCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 131501 ACTCCTAATTGGTAGTGTAGAAGTGAAAAAGGTAATGGCATGCCCCAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    813        GTGTATTTTGACAACGGTGGACCCAGACACTGGAGTCATAGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131551 A...CAGGTGTATTTTGACAACGGTGGACCCAGACACTGGAGTCATAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGGAAACAGCCACTGGACACCCTGAAGAG         CTACCGCCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 131680 AGGAAACAGCCACTGGACACCCTGAAGAGGTA...CAGCTACCGCCTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATCCTTCTGAGAGGGAATTGTACAAGTTGTCTCCACTTTTTGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133259 TGATCCTTCTGAGAGGGAATTGTACAAGTTGTCTCCACTTTTTGGGATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATTATTCAGTGGAAAAAATTGGAAGCCTGAGAGTTGGTGACCCTGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133309 ATTATTCAGTGGAAAAAATTGGAAGCCTGAGAGTTGGTGACCCTGTGTAT

   1050     .
    997 CGGATGGTG
        |||||||||
 133359 CGGATGGTG