seq1 = pF1KE0464.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KE0464/gi568815594f_75415453.tfa (gi568815594f:75415453_75627211), 211759 bp

>pF1KE0464 666
>gi568815594f:75415453_75627211 (Chr4)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-288  (101320-101527)   100% ->
289-414  (106284-106409)   100% ->
415-666  (111508-111759)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAAATGCTGCTCCGCCATTGGATGTGCTTCTCGCTGCTTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAAATGCTGCTCCGCCATTGGATGTGCTTCTCGCTGCTTGCCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCGAAGTTAAAAGGACTGACATTTCACGT         ATTCCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 TTCGAAGTTAAAAGGACTGACATTTCACGTGTA...TAGATTCCCCACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAAAACATCAAAAGGAAATGGGTATTAGCAATGAAAAGACTTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101331 ATGAAAACATCAAAAGGAAATGGGTATTAGCAATGAAAAGACTTGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGCAGCCGGCATTTGGGAGCCTAAAAAAGGAGATGTGTTGTGTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101381 AATGCAGCCGGCATTTGGGAGCCTAAAAAAGGAGATGTGTTGTGTTCGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCACTTTAAGAAGACAGATTTTGACAGAAGTGCTCCAAATATTAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 GCACTTTAAGAAGACAGATTTTGACAGAAGTGCTCCAAATATTAAACTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACCTGGAGTCATACCTTCTATCTTTGATTCTCCATATCACCTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101481 AACCTGGAGTCATACCTTCTATCTTTGATTCTCCATATCACCTACAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GGGAAAAGAGAAAAACTTCATTGTAGAAAAAACTTCACCCTCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101531 ...CAGGGGAAAAGAGAAAAACTTCATTGTAGAAAAAACTTCACCCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACCGTTCCAGCCACTAACTACAATCACCATCTTGTTGGTGCTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106328 AACCGTTCCAGCCACTAACTACAATCACCATCTTGTTGGTGCTTCCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTATTGAAGAATTCCAATCCCAGTTCATTTTT         GAACATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106378 GTATTGAAGAATTCCAATCCCAGTTCATTTTTGTA...TAGGAACATAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACAGTGTAATGGACAGTCCAAAGAAACTTAAGCATAAATTAGATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111517 TACAGTGTAATGGACAGTCCAAAGAAACTTAAGCATAAATTAGATCATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATCGGCGAGCTAGAGGATACAAAGGAAAGTCTACGGAATGTTTTAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111567 GATCGGCGAGCTAGAGGATACAAAGGAAAGTCTACGGAATGTTTTAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGAAAAACGTTTTCAGAAATCATTGAGGAAGACAATCAGGGAATTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111617 GAGAAAAACGTTTTCAGAAATCATTGAGGAAGACAATCAGGGAATTAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GATGAATGTCTGATCAGCCAAGAAACAGCAAATAGACTGGACACTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111667 GATGAATGTCTGATCAGCCAAGAAACAGCAAATAGACTGGACACTTTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTGGGACTGTTGTCAGGAGAGCATAGAACAGGACTATATTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111717 TTGGGACTGTTGTCAGGAGAGCATAGAACAGGACTATATTTCA