seq1 = pF1KE0463.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KE0463/gi568815593r_93520990.tfa (gi568815593r:93520990_94174751), 653762 bp

>pF1KE0463 1248
>gi568815593r:93520990_94174751 (Chr5)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-208  (121525-121626)   100% ->
209-309  (123921-124021)   100% ->
310-375  (210229-210294)   100% ->
376-567  (215784-215975)   100% ->
568-786  (293064-293282)   100% ->
787-906  (350485-350604)   100% ->
907-1023  (390253-390369)   100% ->
1024-1108  (398509-398593)   98% ->
1109-1248  (553623-553762)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTATTTCCTTGAGCTCTTTAATTTTGTTGCCAATTTGGATAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTATTTCCTTGAGCTCTTTAATTTTGTTGCCAATTTGGATAAACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCACAAATCCAGCAGGGAGGTCCAGATGAAAAAGAAAAGACTACCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCACAAATCCAGCAGGGAGGTCCAGATGAAAAAGAAAAGACTACCGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAAG         ATTTATTATCTAGGATAGATTTGGATGAACTAATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAAGGTA...TAGATTTATTATCTAGGATAGATTTGGATGAACTAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAAAGATGAACCGCCTCTTGATTTTCCTGATACCCTGGAAGGATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121560 AAAAAAGATGAACCGCCTCTTGATTTTCCTGATACCCTGGAAGGATTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATATGCTTTTAATGAAA         AGGGACAGTTAAGACACATAAAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121610 ATATGCTTTTAATGAAAGTA...TAGAGGGACAGTTAAGACACATAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGGGAACCATTTGTTTTTAACTACCGGGAAGATTTACACAGATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123945 CTGGGGAACCATTTGTTTTTAACTACCGGGAAGATTTACACAGATGGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAAAAGATACGAGGCTCTAGGAGAG         ATCATCACGAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 123995 CAGAAAAGATACGAGGCTCTAGGAGAGGTA...TAGATCATCACGAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTATATGAGCTCCTGGAAAAGGATTGTAATTTGAAAAAAGTATCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210243 TGTATATGAGCTCCTGGAAAAGGATTGTAATTTGAAAAAAGTATCTATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CA         GTAGATGCCACTGAGAGTGAACCAAAGAGTTTTATCTTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210293 CAGTA...CAGGTAGATGCCACTGAGAGTGAACCAAAGAGTTTTATCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGAGTGAGGATGCTTTGACAAATCCACAGAAACTGATGGTTTTAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215823 ATGAGTGAGGATGCTTTGACAAATCCACAGAAACTGATGGTTTTAATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTAGTGGTGTTGTCAGGGCAGGGCAGTGGGCTAGAAGACTTATTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215873 TGGTAGTGGTGTTGTCAGGGCAGGGCAGTGGGCTAGAAGACTTATTATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAAGATCTGGACAGTGGCACACAGATACCGTTTATTAAAAGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215923 ATGAAGATCTGGACAGTGGCACACAGATACCGTTTATTAAAAGAGCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCT         GAAGGATATGGAGTAATAGTACTAAATCCCAATGAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215973 GCTGTA...CAGGAAGGATATGGAGTAATAGTACTAAATCCCAATGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTATATTGAAGTAGAAAAGCCGAAGATACACGTACAGTCATCATCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293102 CTATATTGAAGTAGAAAAGCCGAAGATACACGTACAGTCATCATCTGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTCAGATGAACCAGCAGAAAAACGGGAAAGAAAAGATAAAGTTTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293152 GTTCAGATGAACCAGCAGAAAAACGGGAAAGAAAAGATAAAGTTTCTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAACAAAGAAGCGACGTGATTTCTATGAGAAGTATCGTAACCCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293202 GAAACAAAGAAGCGACGTGATTTCTATGAGAAGTATCGTAACCCCCAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAAAAAGAAATGATGCAATTGTATATCAGA         GAAAATGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 293252 AGAAAAAGAAATGATGCAATTGTATATCAGAGTG...TAGGAAAATGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCCTGAAGAACATGCAATCTATGTTTGGGATCATTTCATAGCTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350495 CTCCTGAAGAACATGCAATCTATGTTTGGGATCATTTCATAGCTCAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGCTGAGAATGTGTTTTTCGTTGCTCACAGCTATGGAGGACTTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350545 GCTGCTGAGAATGTGTTTTTCGTTGCTCACAGCTATGGAGGACTTGCTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTTGAACTG         ATGATTCAACGAGAAGCCGATGTAAAAAATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 350595 TGTTGAACTGGTA...CAGATGATTCAACGAGAAGCCGATGTAAAAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGTAACTGCTGTGGCATTGACAGACTCTGTTCACAATGTGTGGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390284 AGGTAACTGCTGTGGCATTGACAGACTCTGTTCACAATGTGTGGCATCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAGCTGGCAAAACGATTCGAGAATGGATGAGAGAG         AACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 390334 GAAGCTGGCAAAACGATTCGAGAATGGATGAGAGAGGTG...CAGAACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTGTAATTGGGTCTCTAGCTCAGAACCATTAGACACATCAGTGGAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398514 TTGTAATTGGGTCTCTAGCTCAGAACCATTAGACACATCAGTGGAGTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGCTACCTGATTGCCCCCGGGTCCCAGCAG         GCACCGACCGT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>|||||||||||
 398564 TGCTACCTGATTGCCCCCGGGTCTCAGCAGGTA...CAGGCACCGACCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CACGAGCTAACTTCCTGGAAGAGCTTTCCGTCTATTTTCAAATTCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 553634 CACGAGCTAACTTCCTGGAAGAGCTTTCCGTCTATTTTCAAATTCTTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAAGCCTCAGAGGCCAAGACCAACTCCCTGAAGCCGGCTGTGACGCGCC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 553684 CGAAGCCTCAGAGGCCAAGACCAGCTCCCTGAAGCCGGCTGTGACGCGCC

   1300     .    :    .    :    .
   1220 GCTCCCACCGCATCAAGCACGAAGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 553734 GCTCCCACCGCATCAAGCACGAAGAGCTG