seq1 = pF1KE0450.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KE0450/gi568815575r_154387510.tfa (gi568815575r:154387510_154588940), 201431 bp

>pF1KE0450 1344
>gi568815575r:154387510_154588940 (ChrX)

(complement)

1-357  (100001-100357)   100% ->
358-1344  (100445-101431)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTTAATGCAGGACAAGGGCAGCTCTCAGCAGTGGCCTGGTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTTAATGCAGGACAAGGGCAGCTCTCAGCAGTGGCCTGGTCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGAGGGTGGTGGCACAGGTCCCTTAAGCATGCTCAGAGCTGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCGAGGGTGGTGGCACAGGTCCCTTAAGCATGCTCAGAGCTGCCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCATCAGCCTGCCATGGGGGGCCCAAGGGACAGCCAGCACCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCATCAGCCTGCCATGGGGGGCCCAAGGGACAGCCAGCACCAGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCACTGCTGGGGGTCACACCGTGCCACCGACTGGGGGCCGCTACTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCACTGCTGGGGGTCACACCGTGCCACCGACTGGGGGCCGCTACTTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTGGAGATGGCTCTGTGATGGAGTTTGAGTTTCCTGAGGACAGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATTGGAGATGGCTCTGTGATGGAGTTTGAGTTTCCTGAGGACAGTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCATCATCGTGATCTCCAGCCAGTACCCAGGCCAGGCCAACAGGACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCATCATCGTGATCTCCAGCCAGTACCCAGGCCAGGCCAACAGGACGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTGGCCCCATGCTCAGGGTCACCTCCCTGGACACAGAGGTGCTGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTGGCCCCATGCTCAGGGTCACCTCCCTGGACACAGAGGTGCTGACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGAAC         CTCGTGGACGCCCATGAGGCCCCGCCCACACTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGAACGTG...CAGCTCGTGGACGCCCATGAGGCCCCGCCCACACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGAGGAGCGGAGAGACTTCTGCATCAAGGTCTCACCTGCTGAGGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100479 TTGAGGAGCGGAGAGACTTCTGCATCAAGGTCTCACCTGCTGAAGACACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCTGCCACCCTCAGCGCCGACCTGGCCCACTTCTCGGAAAACCCAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100529 CCTGCCACCCTCAGCGCCGACCTGGCCCACTTCTCGGAAAACCCAATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACCTGCTCCTGCCTCTTATCTTTGTCAACAAGTGTTCGTTTGGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100579 CTACCTGCTCCTGCCTCTTATCTTTGTCAACAAGTGTTCGTTTGGGTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGTGGAACTCGAGGTTCTGAAGGGGCTCATGCAGAGCCCCCAGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100629 AAGTGGAACTCGAGGTTCTGAAGGGGCTCATGCAGAGCCCCCAGCCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGCTGGGCCTCCTGGGCCAGTTTCTGGTCATGCCCTTGTACGCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100679 CTGCTGGGCCTCCTGGGCCAGTTTCTGGTCATGCCCTTGTACGCTTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATGGCCAAGGTCTTCATGCTGCCCAAGGCCCTGGCTCTGGGCCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100729 CATGGCCAAGGTCTTCATGCTGCCCAAGGCCCTGGCTCTGGGCCTCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCACCTGCTCGTCGCCTGGCGGCGGGGGGAGCTACCTCTTCAGCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100779 TCACCTGCTCGTCGCCTGGCGGCGGGGGGAGCTACCTCTTCAGCCTCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTTGGGGGGGACGTCACCCTGGCCATCTCCATGACTTTCCTCTCTACGGT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100829 CTTGGAGGGGACGTCACCCTGGCCATCTCCATGACTTTCCTCTCTACGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCTGCCACTGGCTTCTTGCCTCTGTCTTCGGCCATCTACAGCCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100879 GGCTGCCACTGGCTTCTTGCCTCTGTCTTCGGCCATCTACAGCCGCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCAGCATCCATGAGACGCTCCACGTGCCCATCTCCAAGATCCTGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100929 TCAGCATCCATGAGACGCTCCACGTGCCCATCTCCAAGATCCTGGGGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGCTGTTCATTGCCATCCCCATAGCCGTGGGCGTGCTGATCAAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100979 CTGCTGTTCATTGCCATCCCCATAGCCGTGGGCGTGCTGATCAAGTCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCTCCCCAAGTTCTCCCAGCTGCTGCTGCAGGTCGTCAAGCCCTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101029 GCTCCCCAAGTTCTCCCAGCTGCTGCTGCAGGTCGTCAAGCCCTTCAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTGTGCTCCTCCTGGGCGGCCTCTTCCTGGCCTATCGCATGGGGGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101079 TTGTGCTCCTCCTGGGCGGCCTCTTCCTGGCCTATCGCATGGGGGTCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATCCTGGCAGGCATCCGGCTACCCATCGTACTGGTGGGTATCACGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101129 ATCCTGGCAGGCATCCGGCTACCCATCGTACTGGTGGGTATCACGGTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCTGGTTGGCCTGTTGGTGGGCTACTGCCTAGCCACGTGTCTGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101179 CCTGGTTGGCCTGTTGGTGGGCTACTGCCTAGCCACGTGTCTGAAGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGTGGCCCAGCGGCGGACGGTCAGCATTGAGGTAGGGGTGCAGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101229 CAGTGGCCCAGCGGCGGACGGTCAGCATTGAGGTAGGGGTGCAGAACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTGCTGGCCTTGGCCATGCTGCAGCTATCCCTCCGCCGCCTTCAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101279 CTGCTGGCCTTGGCCATGCTGCAGCTATCCCTCCGCCGCCTTCAAGCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTATGCCTCCCAGGCCCCCTTCATTGTGGCGCTGAGCGGCACCTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101329 CTATGCCTCCCAGGCCCCCTTCATTGTGGCGCTGAGCGGCACCTCCGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGCTGGCCTTGGTCATTGGCCACTTCATCTACAGCAGCCTGTTCCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101379 TGCTGGCCTTGGTCATTGGCCACTTCATCTACAGCAGCCTGTTCCCAGTT

   1350 
   1342 CCC
        |||
 101429 CCC