seq1 = pF1KE0449.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KE0449/gi568815593r_179737759.tfa (gi568815593r:179737759_179958842), 221084 bp

>pF1KE0449 813
>gi568815593r:179737759_179958842 (Chr5)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-172  (105406-105465)   98% ->
173-252  (105567-105646)   100% ->
253-341  (110777-110865)   100% ->
342-417  (114616-114691)   100% ->
418-575  (116779-116936)   100% ->
576-663  (117884-117971)   98% ->
664-789  (120958-121083)   100% ->
790-813  (121639-121662)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGCGCACGCGCTTGGCTGCCTGGCGACTGCACAAGCAGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAGCGCACGCGCTTGGCTGCCTGGCGACTGCACAAGCAGGGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCGCTTCAGCGTTCTCGGGTGCTACGCTGCTGCAGCTGCCGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCGCTTCAGCGTTCTCGGGTGCTACGCTGCTGCAGCTGCCGCCTCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGCGCACCAG         GTAAAAAAGAGTGTCAAGTGGACATGCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGCGCACCAGGTC...CAGGTAAAAAAGAGTGTCAAGTGGACATGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTTGTGGAGAGAAGCAGTCCTTTTTGCGG         AGTTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>||||||||||
 105435 AGCTTGTGGAGAGAAGCAGTCCTTTTTGCAGGTG...CAGAGTTCCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACACGGAGCTCCTGCTTCCGAGCTTCCTGTTCCTTCAGGAAGTGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105577 ACACGGAGCTCCTGCTTCCGAGCTTCCTGTTCCTTCAGGAAGTGAAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGAGCAGAATCTGGAAAG         GCTTATGGTGAAGGCTCTGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105627 ATGGAGCAGAATCTGGAAAGGTA...CAGGCTTATGGTGAAGGCTCTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGATTGTAGACGCCATGTCCAAAAGTTAAATCTACTACAGGGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110798 GCTGATTGTAGACGCCATGTCCAAAAGTTAAATCTACTACAGGGACAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCAGAGCTGCCACTCAG         GTCTCTAGAAGAAACTGTCAGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110848 TTCAGAGCTGCCACTCAGGTA...AAGGTCTCTAGAAGAAACTGTCAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAGTGAAGAAGAAAACGTGGGACACCAGCAGGCTGGGAATGTGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114639 CCAGTGAAGAAGAAAACGTGGGACACCAGCAGGCTGGGAATGTGAAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAG         GAAAAATCGCAGCCCTCAGAGAGTCGCTGGCTGAAGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114689 CAGGTA...CAGGAAAAATCGCAGCCCTCAGAGAGTCGCTGGCTGAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTAGAAAAGGACTCCCAAGAACTGGAGCTGGAAGGAACAGGAGTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116817 TCTAGAAAAGGACTCCCAAGAACTGGAGCTGGAAGGAACAGGAGTGTGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCAGCAAACAGCCTTCATCCAAAATGGAGGAGCCAGGCCCCCGCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116867 TCAGCAAACAGCCTTCATCCAAAATGGAGGAGCCAGGCCCCCGCTTCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAAGACCTGCCTAGAAAAAG         GAAGTGGAGCGGGAGCACCGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||| ||||||||||
 116917 CAAGACCTGCCTAGAAAAAGGTA...CAGGAAGTGGAGCAGGAGCACCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCAGCCTCCGTGCAGCCGTGGCGTGCAGGACTCGGGTGGCTCTGAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117905 CCAGCCTCCGTGCAGCCGTGGCGTGCAGGACTCGGGTGGCTCTGAGGTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTGGGGACCCCAGAAG         GGACAGGCTGGCCTGACATGGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117955 CCTGGGGACCCCAGAAGGTC...CAGGGACAGGCTGGCCTGACATGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGAAACAAGGCAGCAGCCCCTGCCTCCAGGAGAACTCTGCAGACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120982 GTGAAACAAGGCAGCAGCCCCTGCCTCCAGGAGAACTCTGCAGACTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCCGGGGAGCTGAGGGGTCCTGGGAAGGAGCTATGGAGTCCCATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121032 TGCCGGGGAGCTGAGGGGTCCTGGGAAGGAGCTATGGAGTCCCATCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .
    788 AG         GATGGCTACAAAGAGATCTTATTT
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121082 AGGTT...CAGGATGGCTACAAAGAGATCTTATTT