seq1 = pF1KE0445.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE0445/gi568815590f_117047030.tfa (gi568815590f:117047030_117272678), 225649 bp

>pF1KE0445 960
>gi568815590f:117047030_117272678 (Chr8)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-271  (105915-106061)   100% ->
272-425  (110662-110815)   100% ->
426-576  (114709-114859)   99% ->
577-682  (116396-116501)   100% ->
683-817  (124005-124139)   99% ->
818-960  (125507-125649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCACTGCCACAGTGGCTCCAAGCCCACAGAAAAGGGGGCGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACCACTGCCACAGTGGCTCCAAGCCCACAGAAAAGGGGGCGAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACGCCTATGCCAAGTGGAAACTCTGTTCTGCTTCAGCAATATGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACGCCTATGCCAAGTGGAAACTCTGTTCTGCTTCAGCAATATGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTCATGATTGCAGAGGTCGTGG         GTGGGCACATTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 TTTTCATGATTGCAGAGGTCGTGGGTG...TAGGTGGGCACATTGCTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCTTGCTGTTGTCACAGATGCTGCCCACCTCTTAATTGACCTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105932 AGTCTTGCTGTTGTCACAGATGCTGCCCACCTCTTAATTGACCTGACCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCCTGCTCAGTCTCTTCTCCCTGTGGTTGTCATCGAAGCCTCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105982 TTTCCTGCTCAGTCTCTTCTCCCTGTGGTTGTCATCGAAGCCTCCCTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCGGCTGACATTTGGATGGCACCGAGCAG         AGATCCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106032 AGCGGCTGACATTTGGATGGCACCGAGCAGGTA...TAGAGATCCTTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCTGCTCTCCATCCTGTGCATCTGGGTGGTGACTGGCGTGCTAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110673 GCCCTGCTCTCCATCCTGTGCATCTGGGTGGTGACTGGCGTGCTAGTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGGCATGTGAGCGCCTGCTGTATCCTGATTACCAGATCCAGGCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110723 CCTGGCATGTGAGCGCCTGCTGTATCCTGATTACCAGATCCAGGCGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGATGATCATCGTTTCCAGCTGCGCAGTGGCGGCCAACATTGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110773 TGATGATCATCGTTTCCAGCTGCGCAGTGGCGGCCAACATTGTGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426   ACTAACTGTGGTTTTGCACCAGAGATGCCTTGGCCACAATCACAAGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114707 AGACTAACTGTGGTTTTGCACCAGAGATGCCTTGGCCACAATCACAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTACAAGCCAATGCCAGCGTCAGAGCTGCTTTTGTGCATGCCCCTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 114757 AGTACAAGCCAATGCCAGCGTCAGAGCTGCTTTTGTGCATGCCCTTGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCTATTTCAGAGTATCAGTGTGCTAATTAGTGCACTTATTATCTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114807 ATCTATTTCAGAGTATCAGTGTGCTAATTAGTGCACTTATTATCTACTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAG         CCAGAGTATAAAATAGCCGACCCAATCTGCACATTCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114857 AAGGTG...TAGCCAGAGTATAAAATAGCCGACCCAATCTGCACATTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTTTCCATCCTGGTCTTGGCCAGCACCATCACTATCTTAAAGGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116434 CTTTTCCATCCTGGTCTTGGCCAGCACCATCACTATCTTAAAGGACTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCATCTTACTCATGGAAG         GTGTGCCAAAGAGCCTGAATTAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 116484 CCATCTTACTCATGGAAGGTA...CAGGTGTGCCAAAGAGCCTGAATTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTGGTGTGAAAGAGCTTATTTTAGCAGTCGACGGGGTGCTGTCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124028 AGTGGTGTGAAAGAGCTTATTTTAGCAGTCGACGGGGTGCTGTCTGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGCCTGCACATCTGGTCTCTAACAATGAATCAAGTAATTCTCTCAGCTC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124078 CAGCCTGCACATCTGGTCTCTAACAATGAATCAAGTAATTCTCTCAGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGTTGCTACAG         CAGCCAGCCGGGACAGCCAAGTGGTTCGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124128 ATGTTGCTACAGGTC...CAGCAGCCAGCCGGGACAGCCAAGTGGTTCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAGAAATTGCTAAAGCCCTTAGCAAAAGCTTTACGATGCACTCACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125536 AGAGAAATTGCTAAAGCCCTTAGCAAAAGCTTTACGATGCACTCACTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATTCAGATGGAATCTCCAGTTGACCAGGACCCCGACTGCCTTTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125586 CATTCAGATGGAATCTCCAGTTGACCAGGACCCCGACTGCCTTTTCTGTG

   1000     .    :
    947 AAGACCCCTGTGAC
        ||||||||||||||
 125636 AAGACCCCTGTGAC