seq1 = pF1KE0441.tfa, 699 bp
seq2 = pF1KE0441/gi568815597f_178413189.tfa (gi568815597f:178413189_178622437), 209249 bp

>pF1KE0441 699
>gi568815597f:178413189_178622437 (Chr1)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-90  (100839-100889)   98% ->
91-159  (101512-101580)   100% ->
160-216  (102671-102727)   100% ->
217-276  (103427-103486)   100% ->
277-341  (107184-107248)   100% ->
342-543  (107485-107686)   100% ->
544-586  (108034-108076)   100% ->
587-699  (109137-109249)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCCAAGAGGGCAGAATTGAAGAAAACACATCTG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> |
 100001 ATGTCGGCCAAGAGGGCAGAATTGAAGAAAACACATCTGGTA...CAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAAGAACTACAAGGCAGTTTGCCTGGAATTGAAGCCAGAGCCGACCAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100841 CAAGAACTACAAGGCAGTTTGCCTGGAATTGAAGCCAGAGCCGACCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91         ACATTTGATTACAAAGCAGTTAAACAAGAAGGGCGGTTTACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 TA...CAGACATTTGATTACAAAGCAGTTAAACAAGAAGGGCGGTTTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAGCAGGAGTGACACAGGACCTAAAG         AATGAACTCAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101554 AAAGCAGGAGTGACACAGGACCTAAAGGTG...CAGAATGAACTCAGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGTGAGAGAAGAGCTCAAGGAGAAAATGGAGGAGATAAAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102685 AGTGAGAGAAGAGCTCAAGGAGAAAATGGAGGAGATAAAACAGGTA...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    217   ATAAAGGATCTAATGGACAAGGATTTTGATAAACTTCACGAATTTGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103425 AGATAAAGGATCTAATGGACAAGGATTTTGATAAACTTCACGAATTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAAATTATGAAG         GAAATGCAGAAAGATATGGATGAGAAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103475 GAAATTATGAAGGTA...AAGGAAATGCAGAAAGATATGGATGAGAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 GGACATTTTAATAAATACACAGAAGAACTATAAGCT         TCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107213 GGACATTTTAATAAATACACAGAAGAACTATAAGCTGTA...CAGTCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 TTAGAAGAGCACCAAAGGAGCAGCAGGAACTCAGGCTGATGGGAAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107490 TTAGAAGAGCACCAAAGGAGCAGCAGGAACTCAGGCTGATGGGAAAGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CACAGAGAACCACAGCTCAGGCCCAAGAAAATGGATGGAGCCAGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107540 CACAGAGAACCACAGCTCAGGCCCAAGAAAATGGATGGAGCCAGTGGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CAATGGAGCACCCTGTGCTCTTCACAAGAAGACGATGGCACCACAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107590 CAATGGAGCACCCTGTGCTCTTCACAAGAAGACGATGGCACCACAAAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CAAAACAGGGCTCACTGGATCCCCTTCATCACTGTGGGACCTGCTGC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107640 CAAAACAGGGCTCACTGGATCCCCTTCATCACTGTGGGACCTGCTGCGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544       GAGAAATGTTTGTTGTGTGCTCTAAAGAACAACTACAATCGGG 
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107690 ...CAGGAGAAATGTTTGTTGTGTGCTCTAAAGAACAACTACAATCGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587         GGAACATTCCTTCAGAGGCCTCAGGCCTTTACAAAGGTGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108078 TA...AAGGGAACATTCCTTCAGAGGCCTCAGGCCTTTACAAAGGTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AGGAGCCAGTGACCACCCAACCTTCTGTGGGCCACGCTGTGCCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109179 AGGAGCCAGTGACCACCCAACCTTCTGTGGGCCACGCTGTGCCTGCCCCA

    750     .    :    .    :
    679 AAGTCCCAGACTGAGGGAAGG
        |||||||||||||||||||||
 109229 AAGTCCCAGACTGAGGGAAGG