seq1 = pF1KE0439.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE0439/gi568815594f_107889933.tfa (gi568815594f:107889933_108134354), 244422 bp

>pF1KE0439 942
>gi568815594f:107889933_108134354 (Chr4)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-261  (119827-119955)   99% ->
262-419  (124499-124656)   100% ->
420-546  (129608-129734)   100% ->
547-636  (133542-133631)   100% ->
637-709  (137756-137828)   100% ->
710-826  (143244-143360)   100% ->
827-942  (144307-144422)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTCGTCACCAGGCAGTTCATGCGTTCCGTGTCCTCCTCGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTCGTCACCAGGCAGTTCATGCGTTCCGTGTCCTCCTCGTCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTCGGCCTCGGCCAAGAAGATAATCGTCAAGCACGTGACGGTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCTCGGCCTCGGCCAAGAAGATAATCGTCAAGCACGTGACGGTCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCGGGCTGATGGGCGCCGGCATTGCCCAG         GTTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 GCGGCGGGCTGATGGGCGCCGGCATTGCCCAGGTG...TAGGTTGCTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAACTGGTCACACAGTAGTGTTGGTAGACCAGACAGAGGACATCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119836 GCAACTGGTCACACAGTAGTGTTGGTAGACCAGACAGAGGACATCCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAATCCAAAAAGGGAATTGAGGAAAGCCTTAGGAAAGTGGCAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119886 AAAATCCAAAAAGGGAATTGAGGAAAGCCTTAGGAAAGTGGCAAAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTTGCAGAAAACCCTAAG         GCCGGCGATGAATTTGTGGAG
        ||||||||||||||| ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119936 AGTTTGCAGAAAACCTTAAGGTA...TAGGCCGGCGATGAATTTGTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGACCCTGAGCACCATAGCGACCAGCACGGATGCAGCCTCCGTTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124520 AAGACCCTGAGCACCATAGCGACCAGCACGGATGCAGCCTCCGTTGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCACAGACTTGGTGGTGGAAGCCATCGTGGAGAATCTGAAGGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124570 CAGCACAGACTTGGTGGTGGAAGCCATCGTGGAGAATCTGAAGGTGAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGAGCTCTTCAAAAGGCTGGACAAGTTTGCTGCTGA         ACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 124620 ACGAGCTCTTCAAAAGGCTGGACAAGTTTGCTGCTGAGTA...CAGACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAATCTTTGCCAGCAACACTTCCTCCTTGCAGATTACAAGCATAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129612 ACAATCTTTGCCAGCAACACTTCCTCCTTGCAGATTACAAGCATAGCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCACCACCAGACAAGACCGATTCGCTGGCCTCCATTTCTTCAACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129662 TGCCACCACCAGACAAGACCGATTCGCTGGCCTCCATTTCTTCAACCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCCTGTCATGAAACTTGTGGAG         GTCATTAAAACACCAATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 129712 TGCCTGTCATGAAACTTGTGGAGGTC...CAGGTCATTAAAACACCAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCAGCCAGAAGACATTTGAATCTTTGGTAGACTTTAGCAAAGCCCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133560 ACCAGCCAGAAGACATTTGAATCTTTGGTAGACTTTAGCAAAGCCCTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAAGCATCCTGTTTCTTGCAAG         GACACTCCTGGGTTTATTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133610 AAAGCATCCTGTTTCTTGCAAGGTA...CAGGACACTCCTGGGTTTATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAACCGCCTCCTGGTTCCATACCTCATGGAAGCAATCAGGCTGTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137775 TGAACCGCCTCCTGGTTCCATACCTCATGGAAGCAATCAGGCTGTATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGAG         GTGACGCATCCAAAGAAGACATTGACACTGCTATGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137825 CGAGGTA...TAGGTGACGCATCCAAAGAAGACATTGACACTGCTATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTAGGAGCCGGTTACCCCATGGGCCCATTTGAGCTTCTAGATTATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143281 ATTAGGAGCCGGTTACCCCATGGGCCCATTTGAGCTTCTAGATTATGTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GACTGGATACTACGAAGTTCATCGTGGATG         GGTGGCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 143331 GACTGGATACTACGAAGTTCATCGTGGATGGTA...TAGGGTGGCATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGGATGCAGAGAACCCATTACATCAGCCCAGCCCATCCTTAAATAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144318 ATGGATGCAGAGAACCCATTACATCAGCCCAGCCCATCCTTAAATAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTAGCAGAGAACAAGTTCGGCAAGAAGACTGGAGAAGGATTTTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144368 GGTAGCAGAGAACAAGTTCGGCAAGAAGACTGGAGAAGGATTTTACAAAT

   1000     .
    938 ACAAG
        |||||
 144418 ACAAG