seq1 = pF1KE0437.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE0437/gi568815594f_74833328.tfa (gi568815594f:74833328_75146244), 312917 bp

>pF1KE0437 930
>gi568815594f:74833328_75146244 (Chr4)

1-43  (100001-100043)   97% ->
44-769  (179098-179823)   99% ->
770-848  (200556-200634)   100% ->
849-930  (212836-212917)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCTACAAGACTCTCTTCGCTCTTTGCATCTTAACCGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||>>>...>
 100001 ATGGTCTACAAGACTCTCTTCGCTCTTTGCATCTTAACTGCAGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GATGGAGGGTACAGAGTCTGCCTACATCAGCTCCTTTGTCTGTTTCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179096 AGGATGGAGGGTACAGAGTCTGCCTACATCAGCTCCTTTGTCTGTTTCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCCGACAAACATTGTACCACCGACCACCATCTGGACTAGCTCTCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179146 TTCCGACAAACATTGTACCACCGACCACCATCTGGACTAGCTCTCCACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACACTGATGCAGACACTGCCTCCCCATCCAACGGCACTCACAACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179196 AACACTGATGCAGACACTGCCTCCCCATCCAACGGCACTCACAACAACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGCTCCCAGTTACAGCATCAGCCCCAACATCTCTGCTTCCTAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179246 GGTGCTCCCAGTTACAGCATCAGCCCCAACATCTCTGCTTCCTAAGAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCCATAGAGTCCAGAGAAGAGGAGATCACCAGCCCAGGTTCGAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179296 TTTCCATAGAGTCCAGAGAAGAGGAGATCACCAGCCCAGGTTCGAATTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGGCACAAACACAGACCCCTCACCTTCTGGGTTCTCGTCAACAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179346 GAAGGCACAAACACAGACCCCTCACCTTCTGGGTTCTCGTCAACAAGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAGTCCACTTAACAACCACGTTGAAGGAACACAGCTCGGGCACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 179396 TGGAGTCCACTTAACAACCACGTTGGAGGAACACAGCTCGGGCACTCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGCAGGCGTGGCAGCTACACTGTCGCAGTCCGCTGCTGAGCCTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179446 AAGCAGGCGTGGCAGCTACACTGTCGCAGTCCGCTGCTGAGCCTCCCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCATCTCCCCTCAAGCTCCAGCCTCATCACCCTCATCCCTATCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179496 CTCATCTCCCCTCAAGCTCCAGCCTCATCACCCTCATCCCTATCAACCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACCACCTGAGGTCTTTTCTGCCTCCGTTACTACCAACCATAGCTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179546 ACCACCTGAGGTCTTTTCTGCCTCCGTTACTACCAACCATAGCTCCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGACCAGCACCCAACCCACTGGAGCTCCAACTGCACCAGAGTCCCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179596 TGACCAGCACCCAACCCACTGGAGCTCCAACTGCACCAGAGTCCCCGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGGAGTCCAGCTCTGACCACACACCCACTTCACATGCCACAGCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179646 GAGGAGTCCAGCTCTGACCACACACCCACTTCACATGCCACAGCTGAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGTACCCCAGGAGAAAACACCCCCAACAACTGTGTCAGGCAAAGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179696 AGTACCCCAGGAGAAAACACCCCCAACAACTGTGTCAGGCAAAGTGATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGAGCTCATAGACATGGAGACCACCACCACCTTTCCCAGGGTGATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179746 GTGAGCTCATAGACATGGAGACCACCACCACCTTTCCCAGGGTGATCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGAAGTAGAACATGCATTAAGTTCAG         GCAGCATCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 179796 CAGGAAGTAGAACATGCATTAAGTTCAGGTG...CAGGCAGCATCGCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CATTACCGTGACAGTCATTGCCGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGAGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200569 CATTACCGTGACAGTCATTGCCGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGAGTTGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCTACCTAAAAATCAG         GCATTCCTCCTATGGAAGACTTTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 200619 CCTACCTAAAAATCAGGTG...CAGGCATTCCTCCTATGGAAGACTTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACGACCATGACTACGGGTCCTGGGGAAACTACAACAACCCTCTGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212861 GACGACCATGACTACGGGTCCTGGGGAAACTACAACAACCCTCTGTACGA

    950     .
    924 TGACTCC
        |||||||
 212911 TGACTCC