seq1 = pF1KE0435.tfa, 771 bp
seq2 = pF1KE0435/gi568815583f_63177624.tfa (gi568815583f:63177624_63405778), 228155 bp

>pF1KE0435 771
>gi568815583f:63177624_63405778 (Chr15)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-284  (101538-101708)   99% ->
285-355  (108935-109005)   100% ->
356-478  (109801-109923)   100% ->
479-606  (124722-124849)   100% ->
607-771  (127991-128155)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCGGCCGTGTTCTTCGGCTGCGCCTTCATTGCCTTCGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGCGGCCGTGTTCTTCGGCTGCGCCTTCATTGCCTTCGGGCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGCCCTTTATGTCTTCACCATCGCCACCGAGCCGTTGCGTATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCGCCCTTTATGTCTTCACCATCGCCACCGAGCCGTTGCGTATCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCATCGCCGG         AGCTTTCTTCTGGTTGGTGTCTCTACTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTCATCGCCGGGTG...CAGAGCTTTCTTCTGGTTGGTGTCTCTACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTCGTCCCTTGTTTGGTTCATGGCAAGAGTCATTATTGACAACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 ATTTCGTCCCTTGTTTGGTTCATGGCAAGAGTCATTATTGACAACAAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGACCAACACAGAAATATCTGCTGATCTTTGGAGCGTTTGTCTCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101616 TGGACCAACACAGAAATATCTGCTGATCTTTGGAGCGTTTGTCTCTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATATCCGAGAAATGTTCCGATTTGCATATTATAAACTCTTAAA       
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101666 ATATCCAAGAAATGTTCCGATTTGCATATTATAAACTCTTAAAGTA...T

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   AAAAGCCAGTGAAGGTTTGAAGAGTATAAACCCAGGTGAGACAGCACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108933 AGAAAAGCCAGTGAAGGTTTGAAGAGTATAAACCCAGGTGAGACAGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCTATGCGACTGCTGGCCTATG         TTTCTGGCTTGGGCTTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108983 CTCTATGCGACTGCTGGCCTATGGTA...TAGTTTCTGGCTTGGGCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAATCATGAGTGGAGTATTTTCCTTTGTGAATACCCTATCTGACTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109819 GAATCATGAGTGGAGTATTTTCCTTTGTGAATACCCTATCTGACTCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGCCAGGCACAGTGGGCATTCATGGAGATTCTCCTCAATTCTTCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109869 GGGCCAGGCACAGTGGGCATTCATGGAGATTCTCCTCAATTCTTCCTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCAG         CTTTCATGACGCTGGTCATTATCTTGCTGCATGTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109919 TTCAGGTA...CAGCTTTCATGACGCTGGTCATTATCTTGCTGCATGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTGGGGCATTGTATTTTTTGATGGCTGTGAGAAGAAAAAGTGGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124758 TCTGGGGCATTGTATTTTTTGATGGCTGTGAGAAGAAAAAGTGGGGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCCTTATCGTTCTCCTGACCCACCTGCTGGTGTCAGCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 124808 CTCCTTATCGTTCTCCTGACCCACCTGCTGGTGTCAGCCCAGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  ACCTTCATAAGTTCTTATTATGGAATAAACCTGGCGTCAGCATTTATAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127990 GACCTTCATAAGTTCTTATTATGGAATAAACCTGGCGTCAGCATTTATAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCTGGTGCTCATGGGCACCTGGGCATTCTTAGCTGCGGGAGGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128040 TCCTGGTGCTCATGGGCACCTGGGCATTCTTAGCTGCGGGAGGCAGCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGAAGCCTGAAACTCTGCCTGCTCTGCCAAGACAAGAACTTTCTTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128090 CGAAGCCTGAAACTCTGCCTGCTCTGCCAAGACAAGAACTTTCTTCTTTA

    800     .    :    .
    756 CAACCAGCGCTCCAGA
        ||||||||||||||||
 128140 CAACCAGCGCTCCAGA