seq1 = pF1KE0432.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KE0432/gi568815581f_59631447.tfa (gi568815581f:59631447_59939908), 308462 bp

>pF1KE0432 1218
>gi568815581f:59631447_59939908 (Chr17)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-212  (103892-104027)   100% ->
213-303  (106007-106097)   100% ->
304-414  (107391-107501)   100% ->
415-582  (133525-133692)   99% ->
583-714  (142308-142439)   100% ->
715-795  (177350-177430)   100% ->
796-912  (180224-180340)   100% ->
913-974  (186266-186327)   100% ->
975-1077  (206849-206951)   100% ->
1078-1218  (208322-208462)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGAATGGAAAAAATTGTGACCAGAGACGTGTAGCAATGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGAATGGAAAAAATTGTGACCAGAGACGTGTAGCAATGAACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAACATCATAATGGAAATTTCACAG         ACCCCTCTTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GGAACATCATAATGGAAATTTCACAGGTA...CAGACCCCTCTTCAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAAAAGAAGAGGAGGGAGCGGGAAGAAAGGCAGAATATTGTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103907 ATGAAAAGAAGAGGAGGGAGCGGGAAGAAAGGCAGAATATTGTCCTGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACAGCCGCTCATTACCTTGCAGTATTTTTCTCTGGAAATCCTTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103957 AGACAGCCGCTCATTACCTTGCAGTATTTTTCTCTGGAAATCCTTGTAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGAAGGAATGGACCTCAAA         ATTATGGCATCGTCAAAGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104007 CTTGAAGGAATGGACCTCAAAGTA...AAGATTATGGCATCGTCAAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTGGTGTCTTTTTTACTGCTGCTTGCTGTGCTTATAGCTACGTATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106027 TTGTGGTGTCTTTTTTACTGCTGCTTGCTGTGCTTATAGCTACGTATTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTGAAGGAGTGCATCAACAG         TATGTGCAACGTATAGAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106077 GTTGAAGGAGTGCATCAACAGGTG...CAGTATGTGCAACGTATAGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAGTTTCTTTTGTATGCCTACTGGATAGGCTTAGGAATTTTGTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107411 ACAGTTTCTTTTGTATGCCTACTGGATAGGCTTAGGAATTTTGTCTTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGGGCTTGGAACAGGGCTGCACACCTTTCTGCTTTATCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107461 TTGGGCTTGGAACAGGGCTGCACACCTTTCTGCTTTATCTGGTA...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTCCACATATAGCCTCAGTTACATTAGCTGCTTATGAATGCAATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133525 GGTCCACATATAGCCTCAGTTACATTAGCTGCTTATGAATGCAATTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAATTTTCCCGAACCACCCTATCCTGATCAGATTATTTGTCCAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133575 TAATTTTCCCGAACCACCCTATCCTGATCAGATTATTTGTCCAGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGGCACTGAAGGAACCATTTTTTTGTGGAGTATCATCTCAAAAGTTAGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 133625 AGGGCACTGAAGGAACCATTTCTTTGTGGAGTATCATCTCAAAAGTTAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGAAGCCTGCATGTGG         GGTATCGGTACAGCAATCGGAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 133675 ATTGAAGCCTGCATGTGGGTA...TAGGGTATCGGTACAGCAATCGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGCCTCCATATTTCATGGCCAGAGCAGCTCGCCTCTCAGGTGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142331 GCTGCCTCCATATTTCATGGCCAGAGCAGCTCGCCTCTCAGGTGCTGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGATGATGAAGAGTATCAGGAATTTGAAGAGATGCTGGAACATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142381 CAGATGATGAAGAGTATCAGGAATTTGAAGAGATGCTGGAACATGCAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTGCACAA         GACTTTGCCTCCCGGGCCAAACTGGCAGTTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 142431 TCTGCACAAGTA...CAGGACTTTGCCTCCCGGGCCAAACTGGCAGTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAAACTAGTACAGAAAGTTGGATTTTTTGGAATTTTGGCCTGTGCTTCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 177382 AAAACTAGTACAGAAAGTTGGATTTTTTGGAATTTTGGCCTGTGCTTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         ATTCCAAATCCTTTATTTGATCTGGCTGGAATAACGTGTGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177432 TA...TAGATTCCAAATCCTTTATTTGATCTGGCTGGAATAACGTGTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACTTTCTGGTACCTTTTTGGACCTTCTTTGGTGCAACCCTAATTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180266 CACTTTCTGGTACCTTTTTGGACCTTCTTTGGTGCAACCCTAATTGGAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCAATAATAAAAATGCATATCCAG         AAAATTTTTGTTATAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 180316 AGCAATAATAAAAATGCATATCCAGGTA...CAGAAAATTTTTGTTATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TAACATTCAGCAAGCACATAGTGGAGCAAATGGTGGCTTTCATTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 186282 TAACATTCAGCAAGCACATAGTGGAGCAAATGGTGGCTTTCATTGGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    975      TGCTGTCCCCGGCATAGGTCCATCTCTGCAGAAGCCATTTCAGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186332 ..CAGTGCTGTCCCCGGCATAGGTCCATCTCTGCAGAAGCCATTTCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTACCTGGAGGCTCAACGGCAGAAGCTTCACCACAAAAGCGAAATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206894 GTACCTGGAGGCTCAACGGCAGAAGCTTCACCACAAAAGCGAAATGGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CACCACAG         GGAGAAAACTGGTTGTCCTGGATGTTTGAAAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 206944 CACCACAGGTA...CAGGGAGAAAACTGGTTGTCCTGGATGTTTGAAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTGGTCGTTGTCATGGTGTGTTACTTCATCCTATCTATCATTAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208355 TTGGTCGTTGTCATGGTGTGTTACTTCATCCTATCTATCATTAACTCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCACAAAGTTATGCCAAACGAATCCAGCAGCGGTTGAACTCAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208405 GGCACAAAGTTATGCCAAACGAATCCAGCAGCGGTTGAACTCAGAGGAGA

   1300     .
   1211 AAACTAAA
        ||||||||
 208455 AAACTAAA