seq1 = pF1KE0431.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KE0431/gi568815594r_117475101.tfa (gi568815594r:117475101_117676109), 201009 bp

>pF1KE0431 1008
>gi568815594r:117475101_117676109 (Chr4)

(complement)

1-1008  (100001-101009)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGCCCCGTCCATGGACCGCGCGGCCGTGGCGAGGGTGGGCGCGGT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGCCCGGTCCATGGACCGCGCGGCCGTGGCGAGGGTGGGCGCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGAGCGCCAGCGTGTGCGCCCTGGTGGCGGGGGTGGTGCTGGCTCAGT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGAGCGCCAGCGTGTGCGCCCTGGTGGCGGGGGTGGTGCTGGCTCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATATTCACCTTGAAGAGGAAGACGGGGCGGAAGACCAAGATCATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACATATTCACCTTGAAGAGGAAGACGGGGCGGAAGACCAAGATCATCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGATGCCAGAATTCCAGAAAAGTTCAGTTCGAATCAAGAACCCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100151 ATGATGCCAGAATTCCAGAAAAGTTCAGTTCGAATCAAGAACCTTACAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTAGAAGAAATTATCTGTGGTCTTATCAAAGGAGGAGCTGCCAAACTTC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTAGAAGAAATGATCTGTGGTCTTATCAAAGGAGGAGCTGCCAAACTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATAATAACGGACTTTGATATGACACTCAGTAGATTTTCATATAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100251 AGATAATAACGGACTTTGATATGACACTCAGTAGATTTTCATACAAAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAAGATGCCCAACATGTCATAATATCATTGACAACTGTAAGCTGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||
 100301 AAAAGATGCCCAACATGTCATAATAGCATTGACAACTGTCAGCTGATTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGATGAATGTAGAAAAAAGTTATTGCAACTAAAGGAAAAATATTACGCTA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100351 AGATGAATGTAGAAAAAAGTTATTGCAACTAAAGAAAAAATATTACGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGAAGTTGATCCTGTTCTTACTGTAGAAGAGAAGTACCCTTATATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGAAGTTGATCCTGTTCTTACTGTAGAAGAGAAGTACCCTTATATGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAATGGTATACTAAATCACATGGTTTGCTTGTTCAGCAAGCTTTACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100451 GAATGGTATACTAAATCACATGGTTTGCTTGTTCAACAAGCTTTACCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCTAAACTTAAAGAAATTGTGGCAGAATCTGACGTTATGCTCAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100501 AGCTAAACTTAAAGAAATTGTGGCAGAATCTGACGTTATGCTCAAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GATATGA GAATTTCTTTGATAAGCTCCAACAACATAGCATCCCCGTGTT
        |||||||-|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
 100551 GATATGAAGAATTTCTTTGATAAGCTCCAACAACATAGTATCCCGGTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CATATTTTCGGCTGGAATCGGCGATGTACTAGAGGAAGTTATTCGTCAAG
        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
 100601 CATATTTTCGGCTGGAATCAGCGATGTACTAGAGGAGGTTATTCGTCAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 CTGGTGTTTATCATCCCAATGTCAAAGTTGTGTCCAATTTTATGGATTTT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGGTGTTTATCATCCAAATGTCAAAGTTGTGTCCAATTTTATGGATTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GATGAAACTGGGGTGCTCAAAGGATTTAAAGGAGAACTAATTCATGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||
 100701 GATGAAACTGGGGTGCTCAAAGGATTTAAAGGAGTTCTAATTCATATATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 TAACAAACATGATGGTGCCTTGAGGAATACAGAATATTTCAATCAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TAACAAACATGATGGTGCCTTGAGGAATACAGAATATTTCAATCAACTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 AAGACAATAGTAACATAATTCTTCTGGGAGACTCCCAAGGAGACTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAGACAATAGTAACATAATTCTTCTGGGAGACTCCCAAGGAGACTTAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 ATGGCAGATGGAGTGGCCAATGTTGAGCACATTCTGAAAATTGGATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100851 ATGGCAGATGGAGTGGCCAATGTTGAGCACATTCTGAAAGTTGGATATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 AAATGATAGAGTGGATGAGCTTTTAGAAAAGTACATGGACTCTTATGATA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAATGACAGAGTGGATGAGCTTTTAGAAAAGTACATGGACTCTTATGATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 TTGTTTTAGTACAAGATGAATCATTAGAAGTAGCCAACTCTATTTTACAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTGTTTTAGTACAAGACGAATCATTAGAAGTAGCCAACTCTATTTTACAG

   1000     .
   1000 AAGATTCTA
        |||||||||
 101001 AAGATTCTA