seq1 = pF1KE0430.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE0430/gi568815595f_9834439.tfa (gi568815595f:9834439_10044567), 210129 bp

>pF1KE0430 1251
>gi568815595f:9834439_10044567 (Chr3)

1-174  (100001-100174)   99% ->
175-257  (100397-100479)   100% ->
258-368  (103124-103234)   100% ->
369-460  (103577-103668)   98% ->
461-637  (106412-106588)   100% ->
638-733  (106673-106768)   100% ->
734-817  (108375-108458)   100% ->
818-913  (108639-108734)   100% ->
914-1048  (108943-109077)   99% ->
1049-1251  (109927-110129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCATGGCCCCCGAAGGGCCTAGTCCCAGCTGTGCTCTGGGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100001 ATGGCCCCATGGCCCCCGAAGGGCCTAGTCCCAGCTATGCTCTGGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCTCTTCCTCAACCTCCCAGGACCTATCTGGCTCCAGCCCTCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCTCTTCCTCAACCTCCCAGGACCTATCTGGCTCCAGCCCTCTCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCCCAGTCTTCTCCCCCGCCTCAGCCCCATCCGTGTCATACCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCCCAGTCTTCTCCCCCGCCTCAGCCCCATCCGTGTCATACCTGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGACTGGTTGACAGCTTTAACAAG         GGCCTGGAGAGAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 GGACTGGTTGACAGCTTTAACAAGGTG...CAGGGCCTGGAGAGAACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGGACAACTTTGGAGGTGGAAACACTGCCTGGGAGGAAGAGAATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100414 CCGGGACAACTTTGGAGGTGGAAACACTGCCTGGGAGGAAGAGAATTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAATACAAAGACAG         TGAGACCCGCCTGGTAGAGGTGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100464 CCAAATACAAAGACAGGTA...CAGTGAGACCCGCCTGGTAGAGGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGGTGTGTGCAGCAAGTCAGACTTCGAGTGCCACCGCCTGCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103149 GAGGGTGTGTGCAGCAAGTCAGACTTCGAGTGCCACCGCCTGCTGGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGTGAGGAGCTGGTGGAGAGCTGGTGGTTTCACAA         GCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103199 GAGTGAGGAGCTGGTGGAGAGCTGGTGGTTTCACAAGTG...CAGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGGGGCCCCGGACCTCTTCCAGTGGCTGTGCTCAGATTCCCTGAAGCTC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103582 AGGAGGCCCCGGACCTCTTCCAGTGGCTGTGCTCAGATTCCCTGAAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCTGCCCCGCAGGCACCTTCGGGCCCTCCTGCCTTC         CCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103632 TGCTGCCCCGCAGGCACCTTCGGGCCCTCCTGCCTTCGTG...CAGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCTGGGGGAACAGAGAGGCCCTGCGGTGGCTACGGGCAGTGTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106416 TCCTGGGGGAACAGAGAGGCCCTGCGGTGGCTACGGGCAGTGTGAAGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGGGACACGAGGGGGCAGCGGGCACTGTGACTGCCAAGCCGGCTACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106466 AAGGGACACGAGGGGGCAGCGGGCACTGTGACTGCCAAGCCGGCTACGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGTGAGGCCTGTGGCCAGTGTGGCCTTGGCTACTTTGAGGCAGAACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106516 GGTGAGGCCTGTGGCCAGTGTGGCCTTGGCTACTTTGAGGCAGAACGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGCCAGCCATCTGGTATGTTCGG         CTTGTTTTGGCCCCTGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106566 CGCCAGCCATCTGGTATGTTCGGGTA...CAGCTTGTTTTGGCCCCTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCGATGCTCAGGACCTGAGGAATCAAACTGTTTGCAATGCAAGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106691 CCCGATGCTCAGGACCTGAGGAATCAAACTGTTTGCAATGCAAGAAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGGGCCCTGCATCACCTCAAGTGTGTAG         ACATTGATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106741 TGGGCCCTGCATCACCTCAAGTGTGTAGGTA...CAGACATTGATGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGCACAGAGGGAGCCAACTGTGGAGCTGACCAATTCTGCGTGAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108388 TGGCACAGAGGGAGCCAACTGTGGAGCTGACCAATTCTGCGTGAACACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGGCTCCTATGAGTGCCGAG         ACTGTGCCAAGGCCTGCCTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108438 AGGGCTCCTATGAGTGCCGAGGTC...CAGACTGTGCCAAGGCCTGCCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCTGCATGGGGGCAGGGCCAGGTCGCTGTAAGAAGTGTAGCCCTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108659 GGCTGCATGGGGGCAGGGCCAGGTCGCTGTAAGAAGTGTAGCCCTGGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGCAGGTGGGCTCCAAGTGTCTCG         ATGTGGATGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108709 TCAGCAGGTGGGCTCCAAGTGTCTCGGTG...AAGATGTGGATGAGTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGACAGAGGTGTGTCCGGGAGAGAACAAGCAGTGTGAAAACACCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108958 AGACAGAGGTGTGTCCGGGAGAGAACAAGCAGTGTGAAAACACCGAGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGTTATCGCTGCATCTGTGCCGAGGGCTGCAAGCAGATGGAAGGCATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 109008 GGTTATCGCTGCATCTGTGCCGAGGGCTACAAGCAGATGGAAGGCATCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTGAAGGAGCAGATCCCAG         AGTCAGCAGGCTTCTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109058 TGTGAAGGAGCAGATCCCAGGTG...CAGAGTCAGCAGGCTTCTTCTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGATGACAGAAGACGAGTTGGTGGTGCTGCAGCAGATGTTCTTTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109948 AGATGACAGAAGACGAGTTGGTGGTGCTGCAGCAGATGTTCTTTGGCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCATCTGTGCACTGGCCACGCTGGCTGCTAAGGGCGACTTGGTGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109998 ATCATCTGTGCACTGGCCACGCTGGCTGCTAAGGGCGACTTGGTGTTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGCCATCTTCATTGGGGCTGTGGCGGCCATGACTGGCTACTGGTTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110048 CGCCATCTTCATTGGGGCTGTGGCGGCCATGACTGGCTACTGGTTGTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :
   1220 AGCGCAGTGACCGTGTGCTGGAGGGCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 110098 AGCGCAGTGACCGTGTGCTGGAGGGCTTCATC