seq1 = pF1KE0428.tfa, 897 bp
seq2 = pF1KE0428/gi568815578r_35203938.tfa (gi568815578r:35203938_35494196), 290259 bp

>pF1KE0428 897
>gi568815578r:35203938_35494196 (Chr20)

(complement)

1-24  (82234-82257)   100% ->
25-129  (100001-100105)   100% ->
130-225  (110064-110159)   100% ->
226-333  (112172-112279)   100% ->
334-406  (119941-120013)   100% ->
407-464  (127583-127640)   100% ->
465-573  (146925-147033)   100% ->
574-651  (179432-179509)   100% ->
652-765  (187418-187531)   100% ->
766-897  (190128-190259)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTGCTGGTGCGAGTCCTT         AGGAACCAGACTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  82234 ATGGCGTTGCTGGTGCGAGTCCTTGTG...TAGAGGAACCAGACTAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCTCAGTGGGTTCCAGTATGCAGCCGATTGATACCTGTGTCTCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 TTCTCAGTGGGTTCCAGTATGCAGCCGATTGATACCTGTGTCTCCTACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGGACAGGGGGACAGGGCTCTGTCTCGCACTTCCCAG         TGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100068 AAGGACAGGGGGACAGGGCTCTGTCTCGCACTTCCCAGGTA...CAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCCCAGATGAGCCAGTCCCGAGCATGTGGTGGATCAGAACAGATTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110067 CCCCAGATGAGCCAGTCCCGAGCATGTGGTGGATCAGAACAGATTCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATAGACATACAGCTGAATAGGAAGTATCACACCACACGTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110117 AATAGACATACAGCTGAATAGGAAGTATCACACCACACGTAAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   CTTTCTACTACCAAAGATTCCCCACAGCCTGTTGAGGAGAAGGTTGGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112170 AGCTTTCTACTACCAAAGATTCCCCACAGCCTGTTGAGGAGAAGGTTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTTTCACAAAGATAATAGAAGCCATGGGATTCACGGGACCTTTGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112220 GCTTTCACAAAGATAATAGAAGCCATGGGATTCACGGGACCTTTGAAATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTAAATGG         AAGATTAAGATTGCGGCCCTGCGCATGTATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112270 CAGTAAATGGGTA...TAGAAGATTAAGATTGCGGCCCTGCGCATGTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTAGCTGTGTGGAGAAAACTGACTTCGAGGAATTCTTTCTAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119972 CTAGCTGTGTGGAGAAAACTGACTTCGAGGAATTCTTTCTAAGTA...TA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    407  GGTGTCAGATGCCTGATACATTCAATTCATGGTTTCTTATAACCCTACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127582 GGGTGTCAGATGCCTGATACATTCAATTCATGGTTTCTTATAACCCTACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCACGTCTG         GATGTGTCTAGTCCGAATGAAGCAGGAAGGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 127632 CCACGTCTGGTA...CAGGATGTGTCTAGTCCGAATGAAGCAGGAAGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GGAGTGGGAAGTACATGTGTCGTATCATAGTTCATTTTATGTGGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146957 GGAGTGGGAAGTACATGTGTCGTATCATAGTTCATTTTATGTGGGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTTCAGCAGCGCGGCAGAGTCATGGGG         GTTAATCCCTATAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 147007 GTTCAGCAGCGCGGCAGAGTCATGGGGGTA...TAGGTTAATCCCTATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCTGAAGAAGAACATGATCCTCATGACAAATCATTTCTATGCAGCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179446 CCTGAAGAAGAACATGATCCTCATGACAAATCATTTCTATGCAGCGATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGGATATGATGAG         GGGATCCTTTCAGATGATCATGGGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 179496 TGGGATATGATGAGGTA...CAGGGGATCCTTTCAGATGATCATGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCCGCTGCCCTCTGGAGAACCTTCTTCAACCGGAAATGTGAAGACCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187445 GCCGCTGCCCTCTGGAGAACCTTCTTCAACCGGAAATGTGAAGACCCTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ACATCTTGAATTGCTGGTAGAGTATGTGAGGAAACAG         ATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 187495 ACATCTTGAATTGCTGGTAGAGTATGTGAGGAAACAGGTG...CAGATAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGTACCTGGACTCCATGAACGGGGAGGATCTGCTTCTGACAGGGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190132 AGTACCTGGACTCCATGAACGGGGAGGATCTGCTTCTGACAGGGGAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AGCTGGCGCCCTCTAGTGGAGAAGAATCCTCAGAGCATCCTGAAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190182 AGCTGGCGCCCTCTAGTGGAGAAGAATCCTCAGAGCATCCTGAAGCCCCA

    950     .    :    .    :    .
    870 TTCTCCGACTTACAACGACGAGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 190232 TTCTCCGACTTACAACGACGAGGGACTT