seq1 = pF1KE0427.tfa, 534 bp
seq2 = pF1KE0427/gi568815578f_19917397.tfa (gi568815578f:19917397_20133184), 215788 bp

>pF1KE0427 534
>gi568815578f:19917397_20133184 (Chr20)

1-53  (100001-100053)   98% ==
79-169  (108281-108371)   98% ->
170-305  (109388-109523)   100% ->
306-451  (115112-115257)   99% ->
452-534  (115706-115788)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACGCCACGGGCCTTTACCTGCGACGACCTGTTCCGCTTCAACAA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACGCTACGGGCCTTTACCTGCGACGACCTGTTCCGCTTCAACAA

     50 
     51 CAT
        |||
 100051 CAT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     79 TATGGGATTCCTTTCTACCTACAATACCTCGCCCACTGGCCAGAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108281 TATGGGATTCCTTTCTACCTACAATACCTCGCCCACTGGCCAGAGTATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    129 CATTGTTGCAGTGGCACCTGGTGGAGAATTAATGGGTTATA         
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108331 CATTGTTGCAGAGGCACCTGGTGGAGAATTAATGGGTTATAGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    170 TTATGGGTAAAGCAGAAGGCTCAGTAGCTAGGGAAGAATGGCACGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109388 TTATGGGTAAAGCAGAAGGCTCAGTAGCTAGGGAAGAATGGCACGGGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    220 GTCACAGCTCTGTCTGTTGCCCCAGAATTTCGACGCCTTGGTTTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109438 GTCACAGCTCTGTCTGTTGCCCCAGAATTTCGACGCCTTGGTTTGGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    270 TAAACTTATGGAGTTACTAGAGGAGATTTCAGAAAG         AAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109488 TAAACTTATGGAGTTACTAGAGGAGATTTCAGAAAGGTG...AAGAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    311 GTGGGTTTTTTGTGGATCTCTTTGTAAGAGTATCTAACCAAGTTGCAGTT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115117 GTGGATTTTTTGTGGATCTCTTTGTAAGAGTATCTAACCAAGTTGCAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361 AACATGTACAAGCAGTTGGGCTACAGTGTATATAGGACGGTCATAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115167 AACATGTACAAGCAGTTGGGCTACAGTGTATATAGGACGGTCATAGAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411 CTATTCGGCCAGCAACGGGGAGCCTGATGAGGACGCTTATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115217 CTATTCGGCCAGCAACGGGGAGCCTGATGAGGACGCTTATGGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    452 ATATGAGGAAAGCACTTTCCAGGGATACTGAGAAGAAATCCATCATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115706 ATATGAGGAAAGCACTTTCCAGGGATACTGAGAAGAAATCCATCATACCA

    450     .    :    .    :    .    :
    502 TTACCTCATCCTGTGAGGCCTGAAGACATTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 115756 TTACCTCATCCTGTGAGGCCTGAAGACATTGAA