seq1 = pF1KE0425.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KE0425/gi568815575f_152746325.tfa (gi568815575f:152746325_152969113), 222789 bp

>pF1KE0425 1119
>gi568815575f:152746325_152969113 (ChrX)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-267  (103941-104099)   99% ->
268-414  (112446-112592)   100% ->
415-543  (116272-116400)   100% ->
544-686  (119495-119637)   100% ->
687-789  (121247-121349)   100% ->
790-1119  (122460-122789)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACCAGCAGTTAGCGAGCCAATGAGAGACCAAGTCGCACGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACCAGCAGTTAGCGAGCCAATGAGAGACCAAGTCGCACGGACTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGACAGAGGACACTCCCAAAGTGAATGCTGACATAGAAAAGGTTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTGACAGAGGACACTCCCAAAGTGAATGCTGACATAGAAAAGGTTAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAATCAG         GCCAAGAGATGCACAGTGATCGGGGGCTCTGGA
        ||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100101 AGAATCAGGTA...CAGGCCAAGAGATGCACAGTGATCGGTGGCTCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCCTGGGGCAGCACATGGTGGAGCAGTTGCTGGCAAGAGGATATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103974 TTCCTGGGGCAGCACATGGTGGAGCAGTTGCTGGCAAGAGGATATGCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATGTATTTGATATCCAGCAAGGGTTTGATAATCCCCAGGTGCGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104024 CAATGTATTTGATATCCAGCAAGGGTTTGATAATCCCCAGGTGCGGTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCTGGGTGACCTCTGCAGCCGACAG         GATCTGTACCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104074 TTCTGGGTGACCTCTGCAGCCGACAGGTA...CAGGATCTGTACCCAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGAAAGGTGTAAACACAGTTTTCCACTGTGCGTCACCCCCACCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112461 CTGAAAGGTGTAAACACAGTTTTCCACTGTGCGTCACCCCCACCATCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAACAACAAGGAGCTCTTTTATAGAGTGAATTACATTGGCACCAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112511 TAACAACAAGGAGCTCTTTTATAGAGTGAATTACATTGGCACCAAGAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATTGAAACTTGCAAAGAGGCTGGGGTTCAG         AAACTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112561 TCATTGAAACTTGCAAAGAGGCTGGGGTTCAGGTA...CAGAAACTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAACCAGCAGTGCCAGTGTCATCTTTGAGGGCGTCGATATCAAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116281 TTAACCAGCAGTGCCAGTGTCATCTTTGAGGGCGTCGATATCAAGAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AACTGAAGACCTTCCCTATGCCATGAAACCCATTGACTACTACACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116331 AACTGAAGACCTTCCCTATGCCATGAAACCCATTGACTACTACACAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTAAGATCTTACAGGAGAGG         GCAGTTCTGGGCGCCAACGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116381 CTAAGATCTTACAGGAGAGGGTA...CAGGCAGTTCTGGGCGCCAACGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGAGAAGAATTTCTTAACCACAGCCATCCGCCCTCATGGCATTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119516 CCTGAGAAGAATTTCTTAACCACAGCCATCCGCCCTCATGGCATTTTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCAAGGGACCCGCAGTTGGTACCCATCCTCATCGAGGCAGCCAGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119566 CCCAAGGGACCCGCAGTTGGTACCCATCCTCATCGAGGCAGCCAGGAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAAGATGAAGTTCGTGATTGG         AAATGGGAAGAACTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 119616 GCAAGATGAAGTTCGTGATTGGGTG...CAGAAATGGGAAGAACTTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACTTCACCTTTGTGGAGAACGTGGTCCATGGACACATCCTGGCGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121266 GACTTCACCTTTGTGGAGAACGTGGTCCATGGACACATCCTGGCGGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAGCTCTCCCGAGACTCGACACTGGGTGGGAAG         GCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121316 GCAGCTCTCCCGAGACTCGACACTGGGTGGGAAGGTA...CAGGCATTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACATCACCAATGATGAGCCCATCCCTTTCTGGACATTCCTGTCTCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122467 ACATCACCAATGATGAGCCCATCCCTTTCTGGACATTCCTGTCTCGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGACAGGCCTCAATTATGAGGCCCCCAAGTACCACATCCCCTACTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122517 CTGACAGGCCTCAATTATGAGGCCCCCAAGTACCACATCCCCTACTGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCCTACTACCTGGCCCTCCTGCTATCCCTGCTGGTGATGGTGATCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122567 GGCCTACTACCTGGCCCTCCTGCTATCCCTGCTGGTGATGGTGATCAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGTCATCCAGCTGCAGCCCACCTTCACACCCATGCGGGTCGCACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122617 CTGTCATCCAGCTGCAGCCCACCTTCACACCCATGCGGGTCGCACTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGCACATTCCACTACTACAGCTGCGAGAGAGCCAAAAAGGCCATGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122667 GGCACATTCCACTACTACAGCTGCGAGAGAGCCAAAAAGGCCATGGGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCAGCCACTAGTGACCATGGATGATGCTATGGAGAGGACCGTGCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122717 CCAGCCACTAGTGACCATGGATGATGCTATGGAGAGGACCGTGCAGAGCT

   1150     .    :    .    :
   1097 TTCGCCACCTGCGGAGGGTCAAG
        |||||||||||||||||||||||
 122767 TTCGCCACCTGCGGAGGGTCAAG