seq1 = pF1KE0416.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KE0416/gi568815597r_20400693.tfa (gi568815597r:20400693_20608024), 207332 bp

>pF1KE0416 1056
>gi568815597r:20400693_20608024 (Chr1)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-208  (104716-104803)   100% ->
209-329  (105836-105956)   100% ->
330-1056  (106606-107332)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCGGAGGGCGGCCCTCGCTGTGCCAGTTCATCCTCCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCGGAGGGCGGCCCTCGCTGTGCCAGTTCATCCTCCTGGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCTCTGTGGTCACCGCCGCCCTGTACTCCGTGTACCGGCAGAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCTCTGTGGTCACCGCCGCCCTGTACTCCGTGTACCGGCAGAAGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGTCTCCCAAGAGCTCAAG         GGAGCTAAAAAAGTTCATTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 GGGTCTCCCAAGAGCTCAAGGTC...TAGGGAGCTAAAAAAGTTCATTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGAAGATTTAAAGAGTATTCTTTCAGAAGCTCCAGGAAAATGCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104737 GGTGAAGATTTAAAGAGTATTCTTTCAGAAGCTCCAGGAAAATGCGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATGCTGTTATAGAAG         GAGCTGTGCGGTCTGTTAAAGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104787 TTATGCTGTTATAGAAGGTA...TAGGAGCTGTGCGGTCTGTTAAAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGCTTAACAGCCAGTTTGTGGAAAACTGCAAGGGGGTAATTCAGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105860 CGCTTAACAGCCAGTTTGTGGAAAACTGCAAGGGGGTAATTCAGCGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACACTTCAGGAGCACAAGATGGTGTGGAATCGAACCACCCACCTTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105910 ACACTTCAGGAGCACAAGATGGTGTGGAATCGAACCACCCACCTTTGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330       GAATGATTGCTCAAAGATCATTCATCAGAGGACCAACACAGTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105960 ...TAGGAATGATTGCTCAAAGATCATTCATCAGAGGACCAACACAGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTTTGACCTGGTGCCCCACGAGGATGGCGTGGATGTGGCTGTGCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106650 CCTTTGACCTGGTGCCCCACGAGGATGGCGTGGATGTGGCTGTGCGAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGAAGCCCCTGGACTCAGTGGATCTGGGTCTAGAGACTGTGTATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106700 CTGAAGCCCCTGGACTCAGTGGATCTGGGTCTAGAGACTGTGTATGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTCCACCCCTCGATTCAGTCCTTCACCGATGTCATCGGCCACTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106750 GTTCCACCCCTCGATTCAGTCCTTCACCGATGTCATCGGCCACTACATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGGTGAGCGGCCCAAAGGCATCCAAGAGACCGAGGAGATGCTGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106800 GCGGTGAGCGGCCCAAAGGCATCCAAGAGACCGAGGAGATGCTGAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGGCCACCCTCACAGGGGTTGGCGAACTGGTCCTGGACAACAACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106850 GGGGCCACCCTCACAGGGGTTGGCGAACTGGTCCTGGACAACAACTCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCGCCTGCAGCCGCCCAAACAAGGCATGCAGTACTATCTAAGCAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106900 CCGCCTGCAGCCGCCCAAACAAGGCATGCAGTACTATCTAAGCAGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACTTCGACAGCCTGCTGCAGAGGCAGGAGTCGAGCGTCAGGCTCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106950 ACTTCGACAGCCTGCTGCAGAGGCAGGAGTCGAGCGTCAGGCTCTGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGCTGGCGCTGGTTTTTGGCTTTGCCACATGTGCCACCCTCTTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107000 GTGCTGGCGCTGGTTTTTGGCTTTGCCACATGTGCCACCCTCTTCTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCTCCGGAAGCAGTATCTGCAGCGGCAGGAGCGCCTGCGCCTCAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107050 TCTCCGGAAGCAGTATCTGCAGCGGCAGGAGCGCCTGCGCCTCAAGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCAGGAGGAGTTCCAGGAGCATGAGGCCCAGCTGCTGAGCCGAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107100 TGCAGGAGGAGTTCCAGGAGCATGAGGCCCAGCTGCTGAGCCGAGCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CCTGAGGACAGGGAGAGTCTGAAGAGCGCCTGTGTAGTGTGTCTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107150 CCTGAGGACAGGGAGAGTCTGAAGAGCGCCTGTGTAGTGTGTCTGAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTTCAAGTCCTGCGTCTTTCTGGAGTGTGGGCACGTTTGTTCCTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107200 CTTCAAGTCCTGCGTCTTTCTGGAGTGTGGGCACGTTTGTTCCTGCACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGTGCTACCGCGCCTTGCCAGAGCCCAAGAAGTGCCCTATCTGCAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107250 AGTGCTACCGCGCCTTGCCAGAGCCCAAGAAGTGCCCTATCTGCAGACAG

   1050     .    :    .    :    .    :
   1024 GCGATCACCCGGGTGATACCCCTGTACAACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 107300 GCGATCACCCGGGTGATACCCCTGTACAACAGC