seq1 = pF1KE0415.tfa, 471 bp
seq2 = pF1KE0415/gi568815597f_25240487.tfa (gi568815597f:25240487_25460702), 220216 bp

>pF1KE0415 471
>gi568815597f:25240487_25460702 (Chr1)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-206  (102475-102587)   100% ->
207-274  (111140-111207)   98% ->
275-367  (112396-112488)   100% ->
368-428  (116307-116367)   100% ->
429-471  (120174-120216)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGATTTCTAGAGGGCTTGAGATGCTCAGAATGCATTGACTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGATTTCTAGAGGGCTTGAGATGCTCAGAATGCATTGACTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAAAGCGCAATACTATTGCTTCCATTGCTGCTGGTGTACTA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GGAAAAGCGCAATACTATTGCTTCCATTGCTGCTGGTGTACTAGTA...T

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   TTTTTTACAGGCTGGTGGATTATCATAGATGCAGCTGTTATTTATCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102473 AGTTTTTTACAGGCTGGTGGATTATCATAGATGCAGCTGTTATTTATCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATGAAAGATTTCAACCACTCATACCATGCCTGTGGTGTTATAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102523 ACCATGAAAGATTTCAACCACTCATACCATGCCTGTGGTGTTATAGCAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATAGCCTTCCTAAT         GATTAATGCAGTATCGAATGGGCAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||| ||||
 102573 CATAGCCTTCCTAATGTA...CAGGATTAATGCAGTATCGAATGGACAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGAGGTGATAGTTACAGTGAAGGTTGTCTGGGTCAAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111166 TCCGAGGTGATAGTTACAGTGAAGGTTGTCTGGGTCAAACAGGTA...AA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  GTGCTCGCATTTGGCTTTTCGTTGGTTTCATGTTGGCCTTTGGATCTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112395 GGTGCTCGCATTTGGCTTTTCGTTGGTTTCATGTTGGCCTTTGGATCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATTGCATCTATGTGGATTCTTTTTGGAGGTTATGTTGCTAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112445 GATTGCATCTATGTGGATTCTTTTTGGAGGTTATGTTGCTAAAGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368    AAAAAGACATAGTATACCCTGGAATTGCTGTATTTTTCCAGAATGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116304 CAGAAAAAGACATAGTATACCCTGGAATTGCTGTATTTTTCCAGAATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCATCTTTTTTGG         GGGGCTGGTTTTTAAGTTTGGCCGCAC
        ||||||||||||||>>>...>>> ||||||||||||||||||||||||||
 116354 TTCATCTTTTTTGGGTA...CAGAGGGCTGGTTTTTAAGTTTGGCCGCAC

    500     .    :    .
    456 TGAAGACTTATGGCAG
        ||||||||||||||||
 120201 TGAAGACTTATGGCAG