seq1 = pF1KE0414.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KE0414/gi568815577r_46061382.tfa (gi568815577r:46061382_46268389), 207008 bp

>pF1KE0414 558
>gi568815577r:46061382_46268389 (Chr21)

(complement)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-234  (106323-106474)   100% ->
235-558  (106685-107008)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCGGCCTAAGAAGGTGTGTTTCTCGGAGAGCAGCCTGCCCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCGGCCTAAGAAGGTGTGTTTCTCGGAGAGCAGCCTGCCCACCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACAGGACCAGGAGGAGCTACTACCTCAATG         AGATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GGACAGGACCAGGAGGAGCTACTACCTCAATGGTA...CAGAGATCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTTCGCGGGCGCCGAGAAGGACGCGCGCGTGGTGGGCGAGATCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106332 GCTTCGCGGGCGCCGAGAAGGACGCGCGCGTGGTGGGCGAGATCGCCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCTGGACCGCCGCATCCTGGCCTACGTGTTCCCGGGCGTGACGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106382 CAGCTGGACCGCCGCATCCTGGCCTACGTGTTCCCGGGCGTGACGCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACGGCTTCACGGTGGCCAACATCCCCGAGAAGATCGAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106432 CTACGGCTTCACGGTGGCCAACATCCCCGAGAAGATCGAGCAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   ACCTCCACCAAGTCTCTGGACGGCTCCGTGGACGAGAGGAAGCTGCGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106683 AGACCTCCACCAAGTCTCTGGACGGCTCCGTGGACGAGAGGAAGCTGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCTGACGCAGCGCTACCTGGCCCTGAGCGCGCGCCTGGAGAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106733 GAGCTGACGCAGCGCTACCTGGCCCTGAGCGCGCGCCTGGAGAAGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACAGCCGCGACGTGCACCCGGCGTTCAGCGAGTTCCTCATCAACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106783 CTACAGCCGCGACGTGCACCCGGCGTTCAGCGAGTTCCTCATCAACACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGGAATCCTGAAGCAGCGGCCCGACCTGCGCGCCAACCCCCTGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106833 ACGGAATCCTGAAGCAGCGGCCCGACCTGCGCGCCAACCCCCTGCACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCCCGGCCGCGCTGCGCAAGCTGGTCATCGACGTGGTGCCCCCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106883 AGCCCGGCCGCGCTGCGCAAGCTGGTCATCGACGTGGTGCCCCCCAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGGGCGACTCGCTGCTGCTGCTCAACTGCCTGTGCGAGCTCTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106933 CCTGGGCGACTCGCTGCTGCTGCTCAACTGCCTGTGCGAGCTCTCCAAGG

    550     .    :    .    :    .
    533 AGGACGGCAAGCCCCTCTTCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||
 106983 AGGACGGCAAGCCCCTCTTCGCCTGG