seq1 = pF1KE0412.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE0412/gi568815586f_26095673.tfa (gi568815586f:26095673_26331073), 235401 bp

>pF1KE0412 729
>gi568815586f:26095673_26331073 (Chr12)

1-279  (100001-100279)   100% ->
280-366  (128621-128707)   100% ->
367-729  (135039-135401)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAGAACAAGCAGCCACGCGGCCAGCAGAGGCAGGGGGGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAAGAACAAGCAGCCACGCGGCCAGCAGAGGCAGGGGGGCCCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGGACGCCGCTGGGCCCGACGACATGGAGCCGAAGAAGGGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCGGACGCCGCTGGGCCCGACGACATGGAGCCGAAGAAGGGCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCCCCCAAGGAGTGCGGGGAGGAGGAGCCCCGGACCTGCTGCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCCCCCAAGGAGTGCGGGGAGGAGGAGCCCCGGACCTGCTGCGGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGTTCCCGCTGCTGCTCGCCCTGCTGCAGCTGGCCCTGGGCATCGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGTTCCCGCTGCTGCTCGCCCTGCTGCAGCTGGCCCTGGGCATCGCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACCGTGGTGGGCTTCCTCATGGCGAGCATCAGCTCCTCCCTGCTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACCGTGGTGGGCTTCCTCATGGCGAGCATCAGCTCCTCCCTGCTAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGACACTCCATTTTGGGCTGGGATCATT         GTCTGCTTAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100251 GGGACACTCCATTTTGGGCTGGGATCATTGTA...CAGGTCTGCTTAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCTATCTTGGCTTGTTTATGCTTTGTGTCTCATATCAGGTTGACGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128633 GCCTATCTTGGCTTGTTTATGCTTTGTGTCTCATATCAGGTTGACGAACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACATGTATTCAATTTTCTATGAAA         CTGTTATACTTTCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 128683 GACATGTATTCAATTTTCTATGAAAGTA...CAGCTGTTATACTTTCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGTGCCCTGGGCCTGACGGTCTGTGTGCTGGCCGTGGCCTTTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135055 TGAGTGCCCTGGGCCTGACGGTCTGTGTGCTGGCCGTGGCCTTTGCCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACCACTATTCGCAGCTCACACAGTTTACCTGTGAGACCACACTCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135105 CACCACTATTCGCAGCTCACACAGTTTACCTGTGAGACCACACTCGACTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTGCCAGTGCAAACTGCCCTCCTCGGAGCCGCTCAGCAGGACCTTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135155 TTGCCAGTGCAAACTGCCCTCCTCGGAGCCGCTCAGCAGGACCTTTGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCGGGATGTGACGGACTGTACCAGCGTCACTGGCACTTTCAAACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135205 ACCGGGATGTGACGGACTGTACCAGCGTCACTGGCACTTTCAAACTGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTACTCATCCAGATGATTCTTAATTTGGTCTGCGGCCTTGTGTGCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135255 TTACTCATCCAGATGATTCTTAATTTGGTCTGCGGCCTTGTGTGCTTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGCCTGCTTTGTGATGTGGAAACATAGGTACCAGGTCTTCTATGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135305 GGCCTGCTTTGTGATGTGGAAACATAGGTACCAGGTCTTCTATGTGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    683 TCAGGATATGCTCCCTCACGGCTTCCGAAGGCCCCCAGCAAAAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135355 TCAGGATATGCTCCCTCACGGCTTCCGAAGGCCCCCAGCAAAAGATC